二级学科博士点：内科学、外科学、妇产科学、老年医学、肿瘤学、影像医学与核医学、眼科学、耳鼻咽喉科学

一级学科硕士点：临床医学、基础医学、口腔医学、食品科学与工程

临床医学硕士专业学位开设专业领域：内科学、外科学、妇产科学、儿科学、肿瘤学、影像医学与核医学、全科医学

据2021年9月学院官网显示，学院有教学医院9个、精品课程10个、教研室17个。

▪国际交流

据2021年9月学院官网显示，学院与美国、英国、法国、加拿大、瑞典、泰国、香港等国家或地区的多所大学或科研机构建立了长期的合作关系，每年都邀请中国国内外医学专家、院士、学者来院讲学。

学院有长期工作外籍教师4人，其中麦金麟教授2017年获天津市“海河友谊奖”。学院与美国拉斯维加斯牙科学院等机构建有友好合作关系，每年均邀请该院专家来该院开设专业课程，双方每年互派教师开展师资交流培训，选派学生互访学习等。学院与美国太平洋大学建立长期友好合作关系，派送眼视光医学专业学生通过美国实地访学、专家网络授课等多种形式，培养学生国际视野，以期达到国际专业水平与能力。

▪联合办学

据2021年9月学院官网显示，学院长期与京津地区十多所三甲医院保持良好合作关系。

2007年，南开大学与中国人民解放军总医院在北京人民大会堂正式签署战略合作协议，实行全面联合办学，并于2017年开始成为该院临床硕士研究生主要规培基地。

2009年南开大学与南开大学附属口腔医院共同办学，成立口腔医学系，承担口腔医学专业五年制本科教育。

2017年，南开大学与天津市第一中心医院等12家三级甲等医院签署合作协议，确立战略合作关系，在医疗技术服务、科研平台建设、教学研究改革、医学人才培养等方面紧密对接。

2022年5月，南开大学医学院2019级本科生临床医学专业五班团支部被授予“天津市五四红旗团支部”称号。