此外，南昌站也有不少自助服务设施供乘客使用，包括自动柜员机及自动售卖机。大厅近B出入口设有香港邮政邮箱方便乘客在车站内投寄邮件。收费区内亦设有卫生间。

本站收费区内亦设有自动饮料售卖机。

南昌站设有2个侧式月台及1个岛式月台，全部设有月台幕门。

南昌站位于西九龙填海区内、西九龙公路架空路段下面，附近是深旺道、钦州街西和东京街西。这里原本是深水埗码头，因邻近公共屋邨南昌邨而得名，但最接近这个站的公共屋邨是富昌邨。

A1 -富昌邨

设有升降机及失明人士引导径往返地面

A2-V walk 商场地下

富昌邨、碧海蓝天、兴华街西、丽阁邨、东京街西、长沙湾蔬果批发市场、英华书院、英华小学

B - 副食品批发市场

设有升降机往返地面

长沙湾副食品批发市场

C - 连翔道北

连翔道北、海辉道、海帆道

D -南昌邨

设有失明人士引导径往返地面

D1 -深旺道、长沙湾政府合署、港湾豪庭、南昌邨、深水埗警署、钦州街西

D2 -公共运输交汇处

南昌邨

富昌邨

海丽邨

长沙湾副食品批发巿场

长沙湾鱼类批发巿场

南昌公园

深水埗公园/游泳池

南昌站的“南昌”，与附近深水埗南昌邨的南昌街有关。“南昌”这个名字，来自旧时深水埗富商陈南昌。

南昌站名称取自附近的南昌邨，而南昌街街名有观点认为乃取自香港开埠初期富商陈南昌先生，因此南昌邨名称有可能间接源于陈南昌先生，但此观点存有争议。另外，车站在早期的规划时，曾经一度被称为钦州街站（英语：Yen Chow Street Station）。

南昌站於2000年10月5日动工，由九广铁路公司起，车站嘅土木工程（建筑工程）由九广铁路负责，而机电工程就由地铁负责。

南昌站于2003年12月16日配合九广西铁试搭日而率先试用，并在2003年12月20号九广西铁全线通车时正式启用。车站启用初期由九广铁路同地铁共同营运。

由于车站是首个九广铁路同地铁共用的铁路车站，为方便乘客由九广西铁转东涌线前往香港岛及大屿山，因此车站售票及转乘设施都同其他两铁转车站不同。南昌站中间有几部换乘闸机和墙（现已停用或拆除），用于分隔两铁管理范围。而持有八达通乘客可以于换乘闸机直接往返两间公司的收费区，无需自其中一个收费区出闸然后再入闸。

两铁合并

2007年12月2号，由於两铁合并，南昌站统一由港铁管理，九广西铁改名为西铁线。由当日起，乘客利用八达通转乘西铁线或东涌线转车，可减免转车费用。

港铁公司为了统一形象，在两铁合并前后于西铁线范围内更改有关指示牌并清除九广铁路字眼。

随着两铁合并，港铁已于2008年9月28号简化西铁线同东涌线之间的转乘设施，包括拆除南昌站大堂的换乘闸机，并在1号及4号月台间开设转车通道，使得东涌线往香港方向嘅乘客，可以横过月台转乘西铁线往屯门方向的列车。

九龙南线

2009年8月16号，九龙南线通车，西铁线延长去红磡站，南昌站改做西铁线中途站。

屯马线贯通

2021年6月27日，西铁线并入屯马线，南昌站成为屯马线中途站。

由于此站位置偏离原有的发展地带，而邻近的大多为住宅区，所以自开幕以来均倚靠接驳交通前往各区。虽然本站曾经设有免费接驳巴士K16号前往尖东站及转乘九广东铁(现称东铁线)，但九广西铁车费高昂，甚少乘客使用本站转车，导致初期人流稀疏。

前九广铁路推出九广西铁节日通（九广西铁自悠通）及九广西铁全月通等，以低于巴士的车费吸引乘客使用九广西铁。

其后，前九广铁路与新巴于2004年8月22日起，为九广西铁转乘新巴的701及702号路线提供免费转乘巴士优惠。由于该两条巴士路线分别直达旺角及深水埗，因此吸引乘客改用九广西铁经本站进出市区，使本站人流大幅上升。

适用于九广西铁自悠通的新巴路线转乘优惠先行于2007年1月1日起取消；两铁合并后，港铁公司维持月票及日票计划，但月票于2007年12月1日起取消新巴路线转乘优惠，再加上港铁自2008年9月28日起把南昌站、美孚、九龙塘站的收费区统一，令前往九龙市区的乘客改经美孚站转车，车站人流稍为回落。2009年九龙南线通车后，东涌线乘客亦可以转乘屯马线（原属西铁线）来往尖沙咀及红磡，利用车站转乘的乘客有所回升。