近代南苑正式驻军可从1894年清政府将神机营从通州调至南苑算起，当时在南苑共设兵营六座。1904年到1905年间，袁世凯整编陆军六镇，将前陆军第四镇从河北保定调防至南苑，并编成近畿陆军第六镇，由王世珍任统制。而南苑就成为陆军第六镇的司令部所在。当时冯玉祥在其中任司务长、排长。1907年，徐世昌任东北三省总督，调第六镇入东北。1912年，已升任营长的冯玉祥率部回驻南苑。1922年，冯玉祥任陆军检阅史，再次驻军南苑，其官署即设于现存旧址，所以又称“陆军检阅史署”或“七兵营”。1924年，冯玉祥发动北京政变，推翻曹锟直系政府，驱逐溥仪出宫时，将师部设于此址。其后，国民革命军第二十九军也曾将军部设在这里。1937年七七事变时，佟麟阁副军长所统军部各处遭到日军猛烈攻击，被迫转移途中因伤殉国。