光绪三十一年（1905年）正月组成。光绪三十年（1904年）日俄战起，十二月袁世凯奏请以武卫右军主力和张之洞的南洋自强军主力，加上从第三镇抽调步队各标第二营（共四营）等合编组成。次年正月成镇。初为北洋第四镇。光绪三十一年（1905年）6月，全国军队统一编号，改称陆军第六镇。驻北京南苑。辖第11协和第12协。历任统制有段祺瑞、王士珍、赵国贤、吴禄贞、李纯。徐树铮曾任段祺瑞的参谋。

武昌起义爆发时，其统制是吴禄贞。11协协统李纯，12协协统吴鸿昌，参谋官张联棻。1911年11月7日，吴禄贞被马步周暗杀。之后，李纯接任六镇统制，参加南下镇压辛亥革命军事行动。

民国之后改名为陆军第六师，李纯任师长，1913年率部进入江西参加镇压二次革命，后任江西都督，再后江苏都督。李纯为冯国璋的嫡系。