1954年4月，江苏省人民政府决定撤销江苏省南通博物馆，馆藏文物、家具大部分移交江苏省博物馆筹备处。

1956年5月21日，文化部副部长郑振铎在全国博物馆工作会议中提出：“中国博物馆事业的历史并不太久，最早的公共博物馆，除了帝国主义者们在沿海地区所办的几个之外，要算是张謇他们办的南通博物苑了。”6月9日，江苏省人民政府决定恢复南通博物馆。

1957年4月，江苏省人民委员会决定重建南通博物馆，作为南通市文化事业机构之一，由南通市领导。8月，南通博物馆筹备处成立。9月，开始维修馆舍。

1958年10月1日，南通博物馆正式恢复，由尤勉斋任馆长。

1968年9月，南通博物馆与南通市图书馆、文化馆、市劳动人民文化宫、唐闸工人俱乐部合并为南通市劳动人民文化馆，成立革命委员会。

1972年12月，南通市革命委员会决定将图书馆、博物馆从劳动人民文化馆划出，成立南通市图书、博物馆革命委员会。

1973年4月，建立中共南通市图书、博物馆支部。

1976年10月，南通市革命委员会决定撤销图书、博物馆革命委员会，分别成立南通博物馆革命委员会和南通市图书馆革命委员会。

1977年1月，启用“南通博物馆革命委员会”印章。

1978年12月，市委组织部任命：穆烜同志任南通博物馆党支部书记，徐冬昌同志任南通博物馆馆长。

1979年1月，恢复“南通博物馆”名称，同时启用新印章。

1984年4月，江苏省文化厅同意恢复南通博物苑原名及原貌。7月，正式恢复“南通博物苑”名称。

1999年12月28日，南通市人民政府决定：人民公园成建制并入博物苑，结束了原博物苑长期分为两个单位的状况，恢复到创苑初的包括园林部分的南通博物苑。

2000年11月，国家文物局批复《南通博物苑保护利用规划》。

2001年2月，南通市文化局副局长周德芝兼任南通博物苑苑长。

2002年8月14日，南通博物苑委托吴良镛院士为苑设计新展馆。

2003年3月，南通博物苑总体规划和新馆建设论证会在北京举行。5月，南通市市文化局副局长王栋云兼任南通博物苑苑长。7月，国家文物局批复《南通博物苑规划设计+单体方案》。

2004年3月15日，中华人民共和国文化部和国家文物局同意共同举办：南通博物苑一百年暨中国博物馆事业发展百年庆典活动。

2005年9月24日至26日，南通博物苑百年暨中国博物馆事业发展百年纪念大会庆典在江苏南通隆重召开。大会当天，举行南通博物苑新馆的开馆仪式。

2021年6月，南通博物苑被中央宣传部命名为全国爱国主义教育示范基地。

办公室：负责苑综合协调、人事、文秘、档案、对外接待、财务、票务、信息管理等各项工作。

藏品部（资料室）：承担藏品的收藏、保管、研究等工作。承担图书资料订购、保管、借阅；学术资料信息采集；图片保管与提供等工作。

社教部：负责展览讲解、青少年社教基地辅导，巡回展览组织等社会宣传教育工作。

自然部：负责动物、植物、矿石、化石标本的采集、收藏、保管、研究等工作。

园林部：负责绿化养护、环境卫生等工作。

保卫部：承担全苑安全保卫工作。

历史文化研究保护中心：负责不可移动文物的保护、管理工作；做好南通市境内地下文物的调查可勘探及考古发掘；地面文物的调查、保护维修和“四有”工作。

文物征集办公室：负责为博物馆向社会各方面征集文物。

学术研究委员会：负责制订全馆学术发展规划，学术研究课题的设立与评审，重要展陈大纲的审议，研究人员业务成果。

产业发展办公室：制订产业发展规划，组织文博产业工作。工会：依照《中华人民共和国工会法》的规定承担相关工作。

南通博物苑内文物、标本来源于各地人士和寺院捐赠、售予。1914年编印的《南通博物苑品目》，共收录文物、标本2973号，1933年增至3605号，每号一件至数件不等。

至1989年底，馆藏品有40115件，其中自然标本6126件，一级文物55件。藏品具有地方特色，如海安青墩新石器时代遗址出土的石器、陶器、玉器和骨角器，以及汉代的煎盐工具盘铁、1973年南通市出土的晚唐（公元827～907年）青瓷皮囊式壶（越州窑仿北方游牧民族革囊水壶形制烧造）。“陈若虚记”瓷乳，是明万历间（1573～1620年）南通名医陈实功（号若虚）特制研药用具。书画、刺绣等艺术品中，有扬州八家的李方膺（南通人）的画和近代刺绣家沈寿的绣品。革命文物中有抗日战争时期反清乡斗争的文献、手稿、武器和烈士遗物。博物苑陈列面积450平方米，分历史文物、革命文物、自然标本3个基本陈列。

历史部分有金、玉石、陶瓷、拓本、土木、车器、画像、卜筮、军器、刑具、狱具等展品；美术部分有书画、雕刻、漆塑、织绣、缂丝、编物、文具等类，其中露香园的《昼锦堂记》字绣长屏12幅、沈寿绣《耶稣》像为美术精品；教育部分有科举、私塾、学校3类，有科举时代的考卷、夹带、窗课，有学校教学用的教具、模型。

历史文物陈列的展品，上自原始社会，下至清末，其中有博物苑早期的藏品，如战国的于、汉代的铜鼓、宋代龙泉窑青瓷炉、元代磁州窑白地黑花瓷枕、明代墓葬中出土的棉布；近代文物中，有张謇的手迹、文献及其创办大生纱厂、盐垦以及文化教育事业方面的实物和历史图片；历史文物陈列的最后部分是辛亥革命烈士、曾任北方革命军参谋长的白雅雨（南通人，李大钊的老师）的事迹；

革命文物反映了从1919年五四运动到一二·九运动、抗日战争、解放战争各个历史时期，南通人民的革命斗争历程。文物中有1922年入党的中国共产党党员吴亚鲁创办的《平民声》报，有土地革命时期的共产党党旗，反清乡斗争的历史文献、证件和武器等。

自然部分有动、植物活体、标本、化石和矿物。动物类有国外的标本，如南洋群岛的时乐鸟，印度的鳄鱼，俄罗斯的斑鼠，美洲的袋鼠、蜂鸟，朝鲜的笔贝，新加坡的石蚕等标本；植物类中有羊齿植物化石、各种果木和药用植物；矿物类有1910年清末官商合办的博览会南洋劝业会结束后捐赠的各省矿石标本。

自然标本陈列品中，有须鲸亚化石和现代鲸骨骼以及启东陨石、本地珍稀鸟类和昆虫标本。

乘5、8、12、51路均可抵达南通博物苑。

从南通火车站乘32路公交线至永兴汽车总站，转乘19路抵小石桥，转51路至南通博物苑；

从南通火车站乘32路至南通长途汽车站，转乘8路至南通博物苑；

从南通火车站乘41路抵濠西书苑，转乘51路至南通博物苑。

从南通港上岸后，乘公交4路线抵钟楼广场后转乘公交51路可抵达南通博物苑。

抵南通机场后乘客运班车至小石桥后转乘51路至南通博物苑。

门票价格：全年免票

开放时间：9:00—17:00；16:30谢客入内（周一闭馆）

2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号。

2021年6月19日，南通博物苑（张謇纪念馆）被中央宣传部命名为“全国爱国主义教育示范基地”。

2021年8月，入选江苏“运河百景”标志性运河文旅产品公示名单。

2021年11月，被授予“全国文化和旅游系统先进集体”称号。

2022年4月，入选江苏省五一劳动奖状拟推荐对象公示名单。

2020年11月12日下午，在上海出席浦东开发开放30周年庆祝大会后，习近平总书记赴江苏南通考察调研，他来到南通博物苑，参观张謇生平展陈并指出，张謇是中国民营企业家的先贤和楷模。他的事迹很有教育意义，要把南通博物苑作为爱国主义教育基地，让更多人特别是广大青少年受到教育，坚定“四个自信”。

2022年4月，获江苏省五一劳动奖状。

2023年1月，入选2022年度全国热搜博物馆百强榜单。