主要从事卫生经济理论、卫生政策和卫生发展与改革问题的研究，并将研究成果转化为政策建议，向政府及其有关部门提供决策参考。本所设有卫生费用核算研究室、医院改革与管理研究室、卫生发展战略与卫生政策研究室、医药技术经济评价研究室、医疗保障制度研究室、卫生服务体系研究室、卫生财政研究室、卫生财会研究室、国家医学编码与支付方式研究中心、新型农村合作医疗研究中心、社区卫生发展研究中心、卫生人力资源研究室、卫生经济信息研究中心等13个研究室（中心）。设综合办公室、科研管理处和中国卫生政策支持项目（HPSP项目）管理办公室。另外，中国卫生经济学会秘书处和中国卫生经济培训与研究网络管理办公室设本中心办公。