2007年，因安全运营问题，欧盟向包括狮子航空在内的多家印尼航空公司发出禁飞令，直至2009年取消。

2012年，在马来西亚成立了马印航空。

2013年，泰国狮子航空及巴泽航空（BatikAir）成立，总部分别为曼谷和雅加达。

2024年1月18日，印尼交通部表示，确认印尼狮航运营的3架波音737 MAX 9飞机与阿拉斯加航空出事飞机的紧急出口配置不同后，已于本周早些时候解除停飞令。

专门服务于东南亚如印度尼西亚、马来西亚、新加坡；中东地区的国家如沙特阿拉伯以及澳大利亚等地之间的航线。其总部设在雅加达苏卡诺-哈达国际机场，次要转运点是泗水朱安达国际机场及峇里岛伍拉·赖国际机场。其下属子公司有Wings Air、马印航空、泰国狮子航空、BatikAir等。其中，巴泽航空（BatikAir）为全服务航空公司。

截至2022年6月23日，数据来源

● 2004年11月30日——狮航JT538班机从雅加达苏加诺—哈达国际机场前往泗水期间，于经停中爪哇省梭罗市(Solo)时冲出跑道末端撞毁，机上153人当中有5人遇难。

● 2013年4月13日——狮航客机降落巴利(Bali)机场时过早着地，致飞机坠海，断成两截，但只有数人受伤，无人死亡。

● 2016年4月——狮航子公司Batik Air 客机在雅加达哈利姆⋅珀达纳库苏马国际机场起飞时，撞上一架正被拖车拖行横过跑道的TransNusa航空公司空载客机，Batik Air 客机上56人全部生还。

● 2016年5月——两架狮航客机在雅加达苏加诺—哈达国际机场地面相撞。

● 2018年10月29日，一架隶属于印尼狮航集团（LION AIR）的波音737MAX-8客机起飞不久后坠毁，机上载有189人，无人生还。印尼方面搜救队员在失事地点找到了属于该飞机的油箱，以及疑似为机身的残骸。搜救人员已经在失事地点找到了飞机的油箱，并称油箱发生过爆炸。

2019年1月14日，印尼狮航坠毁737MAX8客机上的驾驶舱语音记录仪已找到。

2019年10月25日下午，印尼国家运输安全委员会(KNKT)在雅加达总部举行新闻发布会，公布了去年10月该国狮航客机坠海空难最终调查报告，列出失事客机设计缺陷和飞行员应对失误等原因。

报告显示，失事的波音737 MAX8客机防失速的机动特性增强系统(MCAS)设计和认证没有充分考虑飞机失控的可能性。波音公司MCAS设计允许对飞机水平尾翼进行调整的角度从0.6度提高至2.5度，而这一改动并未及时在提交给美国联邦航空管理局(FAA)的相关文件中进行更新，因此FAA未能重新评估该设计更改的安全性。

报告称波音公司未能向飞行员提供有关MCAS系统的任何信息，导致机组人员在危急时刻无法及时了解面临的情况。由于飞机手册和飞行员培训中没有关于MCAS系统的信息，机组人员很难诊断出问题并及时采取纠正措施。

报告显示失事飞机的攻角传感器出现了故障，MCAS系统根据错误的传感器数据进行了错误的调整。而类似传感器故障在失事飞机失事前一天的飞行中就曾发生过，但是狮航并没有停飞该架飞机。

报告称，执飞失事航班的两名飞行员应变能力不足，尤其是副驾驶不熟悉操作程序。机长在飞机系统发生故障、已成功对抗飞机俯冲20次后，将操纵飞机的权力交给当时紧张不已的副驾驶，而副驾驶当时根本没有保持操纵飞机的能力，随后飞机坠海失事。

当地时间2024年10月29日，印尼狮航一架A330（注册号为PK-LEH）落地沙特麦加机场后，一名女乘客不慎从飞机客梯车上失足摔下，因伤势严重，立即被送往医院救治，最终抢救无效死亡。

2022年1月3日入境中国的印尼狮子航空有限公司JT2619航班（雅加达至武汉）确诊新冠肺炎旅客5例；1月11日，民航局发出熔断指令，自1月24日起，暂停该航班运行2班。