肥胖与肠道细菌分布有关，肠内厚壁菌门多于拟杆菌门导致更有效吸收食物中的热量从而导致肥胖。美国华盛顿大学医学院的杰弗瑞-戈登等人发现，肥胖者肠道内游弋着一种与苗条者体内迥然不同的细菌。前者体内的微生物群实际上是在帮助肥胖者发胖。研究人员认为，这种“肥胖细菌”从食物吸收了过多的卡路里（能量），后者被身体吸收并沉积起来成为多余的脂肪，肥胖便形成了。每个人的肠道中都寄居着数以亿计的不同的细菌和其他小小的寄生虫。这些微生物是人体所必须的，因为它们除了帮助分解食物外，还能防御外来病原体的入侵。戈登等人收集并提取了12名肥胖志愿者粪便中的细菌，并用基因遗传序列鉴定不同的细菌种类，最后与5名瘦的志愿者粪便中的细菌进行比较。这两组志愿者的细菌大多数都可归为两类细菌，一大类是厚壁菌门，包括李斯特菌、葡萄球菌、链球菌等。另一大类是拟杆菌门。对比发现，肥胖者比瘦者多出约20%的厚壁菌，同时又比瘦者少了约90%的拟杆菌。也就是说肥胖者的厚壁菌多而拟杆菌极少。然后，在一年的时间内对肥胖志愿者给予低脂肪低碳水化合物的食物，结果他们体重最多减少了约25%。在这段时间，肥胖者体内的厚壁菌比例有了下降，而拟杆菌的比例则上升了。当然，这两类细菌的比例水平尚未达到瘦者体内两种细菌的比例。这个结果说明，人体体重的调节与肠道内的细菌有关，而肥胖可能搅乱了正常的细菌平衡。在小鼠身上做的实验进一步证明，如果改变细菌类型就能够影响体重，比如减少厚壁菌的数量，增加拟杆菌的数量，可能会让人减肥。当然，也有专业人员认为，细菌类别与肥胖有关闻所未闻，因为有大量内容并没有证实。而且也不清楚肠道细菌是否真的催人肥胖，而其他因素是否就不重要。同时，如果真是“肥胖细菌”造成的肥胖，那么瘦人与肥胖者一起吃饭是否会被传染“肥胖细菌”而发胖？这也是一个有待解决的问题。但戈登坚持认为，能够比较清楚地证实肠道菌所产生的化合物影响脂肪的沉积，而且还可能利用肠道菌作为治疗肥胖的一种新方法。但是这种方法还不明了。因为不清楚是否可以把厚壁菌去除或减少，并增加拟杆菌就可以减肥。而且，这种增减肠道内细菌的做法是否会引起肠道中菌群平衡的失调也是一个未知数。