2003年，厦门市足球协会举办全国足球业余（丙级）队联赛（中国足球协会会员协会冠军联赛前身）厦门赛区的比赛。在此基础上，2007年正式举办厦门市十一人制业余足球联赛，2008年改称厦门市业余足球联赛。联赛一般分为预赛（厦门市业余足球联盟承办）、复赛、决赛三个阶段。

2012年，因举办福建省全民健身与八城会同行系列竞赛活动足球赛（厦门赛区）的比赛而未举办联赛。

2013年，联赛更名为厦门市足协杯业余足球联赛，分为预赛和总决赛两个阶段。

2018年，创办厦门市足球协会甲级联赛，作为2019年厦门市足球协会超级联赛的选拔赛。

2019年，首届厦门市足球协会超级联赛举办，甲级联赛成为其次级联赛。