叉毛蓬生长在戈壁、盐碱土荒漠、干山坡等处。是中温超旱生耐盐一年生草本植物。是半灌木或小半灌木荒漠草场常见的组成植物。在新疆多生长在阿尔泰山东南山麓、准噶尔盆地北部和北塔山西北麓，处于山麓洪积扇、低丘或沙漠边缘。适应沙砾质棕钙土与灰棕荒漠上，群落是以毛蒿为建群种。共建种还有盐生假木贼、直立猪毛菜。伴生种除叉毛蓬，还有角果藜、四棱芥、盐生草等。也常以伴生种出现于准噶尔盆地西南部的古老淤积平原和土壤为壤质或黏壤质荒漠灰钙土的琵琶柴与梭梭柴群落中。其他伴生种有翅花碱蓬、肥叶碱蓬、西伯利亚白刺、无叶假木贼等。草层高度为20-40厘米，总盖度10%。种类较丰富，伴生种除叉毛蓬外，还有散枝梯翅蓬、紫筒草、葫芦巴、刺果鹳虱、东方旱麦草等。也常以伴生种出现于准噶尔北部，处于额尔齐斯河一乌仑古河古老阶地广大面积上，也小面积出现于天山北麓洪积扇和低丘上的盐生假木贼群落中。土壤为盐化或碱化的棕钙土和灰棕荒漠土。有的土壤甚至还含有石膏，机械组成为砾质、砾沙质或壤质，群总盖度5-10%，乃至15-30%，其他伴生种木地肤、博乐蒿、地白芦、木本猪毛菜、驼绒藜等。在天山北坡乌鲁木齐一带低山黄土荒漠草场上，可成为优势种，伴生种有角果黎和猪毛菜、假木贼等。