南宋初年，转运副使程大昌创建于澹台灭明墓前。南宋绍兴间，洪州地方官钟薄发现澹台灭明墓，为之修澹台祠，后改为友教书院，取意于子羽南来友教于豫章（南昌），祀澹台子羽明。清朝时迁至今棉花市小学；明万历年间巡抚王佐移于棉花街，改称澹台祠书院。清顺治十一年，巡抚蔡士英重修，与白鹿洞、白鹭洲、鹅湖并称为江西四大书院（又一说为白鹿洞、白鹭洲、鹅湖、豫章书院）。1896年，江西巡抚德寿在友教书院增设算学科，主张裁减旧的诗文词章之学，在保证传统的经史之学的基础上，“兼习算学，凡天文、地舆、农务、兵事，与夫一切有用之学，统归格致之中，分门探索，务臻其奥”，并于省城各书院颁发京师同文馆译各国史略、西艺新法等书，聘请专人主讲，友教书院成为近代全国最早改良的书院之一。后清末改为学堂。