全书共100卷，卷1有“历世圣贤名医姓氏”，介绍270多名医家传略。卷2～5为《内经要旨》、《翼医通考》、《内经脉侯》、《运气易览》等；卷6～7为经穴针灸；卷8～92为临床各科证治，包括内、外、妇、儿、骨伤、五官科以及老年病400余种，每病载有病机、脉候、治法、方药、易简诸方、灸法、导引法等项。卷93～98为经验秘方，本草性能、功用及制法，通用诸方等，卷99～100为养生余录。

书中除引古说外，徐氏在医理、方药上均有阐发。书中所载医家传略是研究医史的重要资料。

根据“凡例”，该书撰取历代医源与圣贤立法制方，足为天下准绳者；取诸名医家书与文集，其学本《内经》（《黄帝内经》的简称）而方法醇正者。医道以脉为先，分类病证首论病源，病机祖述《内经》与《诸病源候论》。各病宜针灸者，经穴随附本证之后。医者须知不可治之症，悉备本草以识药性，养生导引选修真道藏之可法者。详释运气学说，记奇方、秘验药方与日常闻说。徐氏自序写于嘉靖三十五年（1556 年），以近十年时间完成此书之编纂。惟初刻约迟至万历三年 (1575 年) 至六年 (1578 年) 间，捐资助印者有明代政治人物朱希忠等三十余人。