南北朝时期，刘宋、南齐太医令、丞，属起部，也属领军。梁陈，门下省设太医令、丞。

北魏太医令复隶太常，增设太医博士及太医助教；门下省又有尚药局，设御师（即御医），与汉代的少府属官别置太医令的制度相似，以后历代多因之。

北齐承袭北魏制度，尚药局有典御、侍御师、尚药监总管御药事宜；尚书、门下、中书三省各设医师，掌医疗。

北周医事制度多有改革，设天官太医小医、 天官小医、 医正、疡医正、疡医等，又有主药。

隋唐五代时期

太医署的设置在刘宋时已露端倪，但史书记载过简，难于稽考。随建太医署，唐代扩充太医署成为规模宏大、影响深远的医学校，与宋元以后太医局（院）除管理医学教育外，主要是全国最高医药管理机关不同，为第三发展阶段。

隋代，太医署，隶太常寺，是医学教育和医药机关、太医令是最高官职，丞为之助理，下有主药、医师、药园师、 医博士、助教、按摩博士、祝禁博士，共215人。

高祖时（589～604）仿照北齐制度，在门下省设尚药局，专门负责皇帝的医药，下有典御、侍御医直长、医师等职。

炀帝时改隶殿内省，典御改为奉御。又增设司医、医佐员等职。

唐代，太医署因隋制且有所扩大，令、丞掌医政，府、史辅佐之，医监、医正掌教学，主药、药童司药材加工制剂，药园师适时种植采集药材，师生员共340人。尚药局袭隋制，增设咒禁师及合口脂匠等共96人。门下省另设奚官局，掌宫人及有罪后妃医药。在宫官中又设司药、典药、掌药三个药职及女史，专疗后妃疾病。

五代有翰林医官使之职。

宋辽金时期

宋代医事制度有所改革，中央分为四个部门，太医局专门负责医学教育，而医药政令和承招视疗则由翰林医官院掌理，为第四发展阶段。

宋代，太医局，隶太常寺，有丞、教授、九科医生，额300人。熙宁九年（1076）设提举、判局，并规定判局一职要选懂医的人担任。翰林医官院有正副院使、 直院、尚药奉御、医官、医学及□候等百余人。殿中省仍设尚药局，掌皇帝医药。至道三年（997）设御药院，为服务宫廷的医药机关，隶内侍省，近似清代的内药房。

神宗时（1076）在京师设卖药所（称熟药所），辨验药材，另设修合药所 2所（炮制药材）。这是官办药局的创始。徽宗时（1114）将卖药所和修合药所改为太平惠民局、和剂局，主要控制全国药品的炮制和买卖，并在各地设药局40处。药局兼医病，作为官办施药便民的医疗、卖药机构。

元时两代承袭此制，通称惠民药局。

辽代，北面官设太医局，有使、副使、都林牙等职。承应小底局，隶著帐户司，有汤药小底。南面官设翰林院，有提举翰林医官、翰林医官内侍省汤药局有都提点勾当汤药等，都是为皇室服务的。

金代，改太医局为太医院，隶宣徽院，掌医政和医学教育，有提点、院使、副使、判官、管勾等职。御药院有提点、直长。尚药局改由宣徽院统领，但是以管理皇帝饮食和药品为主，医疗次之。

元明清时期

元明清三代医事制度大同小异，元代太医院成为独立的中央医药机关，为第五发展阶段。

元代，中统元年（1260）设宣差，统领太医院，掌医事，制奉御药物，秩正二品，为历代医官最高的品级。其后官医职称、员额屡有改变。至元九年（1272）又设医学提举司，有提举、副提举，掌各路学生课义、考验太医教官、校勘名医著述、辨验药材、教导太医子弟。至元二十五年（1288）又设官医提举司，有提举、同提举、副提举、掌医户差役词讼。河南、江浙、江西、湖广、陕西各设一司，其余各省设太医散官。管理御药机关有：①御药院，掌受各路乡贡、各国进献的珍贵药品，及药材加工制剂。②御药局掌大都（北京）和上都（多伦）的行箧药物，分立行御药局之后，只掌上都药仓。③行御药局，掌行箧药物，大德九年（1305）设置。④典药局，掌东宫的药物加工制剂。⑤行典药局，掌东宫的药物供奉。⑥广惠司，至元七年（1266）设，专用阿拉伯医生加工制剂御用回回药物，并治疗各宿卫士及在京平民。至元二十九年（1292）在大都和上都各设一所回回药物院，掌回回药物，至治二年（1322）拨隶广惠司。主管惠民药剂机关有：①广济提举司，掌药物加工制剂，施药平民。②大都惠民局，为官办卖药机关，优惠平民，中统二年（1261）始置，受太医院领导。③上都惠民局，中统四年（1263）始置。

明代，太医院，秩正三品，有院使、院判，下有御医、吏目。生药库、惠民药局各有大使、副使。永乐十九年（1421）迁都北京后，南京仍置太医院、生药库、惠民药局，员额减少。太医院的职责有：①为皇宫大臣、外国使者医疗疾病；②医生的晋升与考选；③太医子弟的教育；④药物的采办。

药物管理机关：①御药房，属于内府，洪武六年（1373）置，嘉靖十五年（1536）改为圣济殿，又设御药库诏御医轮值供事。其职责是辨验药材、检定制剂；验收保管各地贡供的药品。②惠民药局，承袭前制，洪武三年置，地方也有设置，治疗贫病的士兵和平民，但由于管理不善和经费不足，多名存实亡。

清代，太医院，有院使、左右院判，掌医政及医疗，下有御医、吏目、医士、医员（司医疗）；医生、切造生（司加工药剂）等职。历朝员额增减不一。太医院太医都以所业专科分班侍值。此外也受委承担王公大臣、国外使者、 驸马、军营、监狱、 试场的医疗及辨验药材等工作。太医院职官的升补和告退也有明确的管理规定。

顺治十年（1653）设御药房、隶太医院，管理药物的采办、贮存和配制。侍值内府设东、西御药房，西药房归院使、院判及御医、吏目，分班轮值，东药房则归御医、吏目及医士，分班轮值。清代无惠民药局的设置，而有地方性的官办社会抚恤机关，如育婴堂、普济堂、养济院等。清末在资本主义民主革命的压力下，政府体制作了革新，民政部内设卫生司，郎中为最高官职、员外郎次之，下有主事、小京官、医官等职。

中国古代医学教育一般是师徒传授或私淑学习，没有专门医学教育机构。刘宋元嘉二十年（433），太医令秦承袒奏置医学以广教授。这是中国设置医学教育机构的开端。北魏仿效南朝创立太医博士和太医助教之职。详情不可考。

隋代

隋代，在太医署中设太医博士、 助教、 按摩博士、禁咒博士，分别教授学生,又有药园师、主药、药监、担负药物教学。

唐代

唐代，太医署发展成为制度健全、分科和分工明确的医学教育机构，分医学和药学两部分。医学部分有医、针、按摩、咒禁等四种，以医科为最大，培养的绝大部分是临床医生。药学部分有主药、药童，管理具体业务，并在京师设有面积为三顷的药园，置药园师，作为训练药园生种植药材的实验园地。各州府也设医学，有医药博士任教。唐太医署设立于 624年，是当时世界上唯一的规模最大、最完备的医学校。

五代

五代，后唐清泰年间（934～935）于太医署和诸道置医博士、药博士。

宋代

宋代，对医学教育颇为重视。嘉□五年（1060）分医学为9科，后来一度分为13科。当时学生多至300人。熙宁九年（1076）医学教育也依王安石三舍法而分班学习。编校医书在宋初已开始，至嘉□二年（1057）设置校正书局于编集院。由掌禹锡等为校正医官，系统地校订和印行历代重要的医籍，历时10余年，对医学的发展、古典医籍的推广普及都有重要的作用。

元明以来

元明以来，医学分为13种，其中有正骨兼金疮肿科，把骨科置于首要地位，因元人重骑兵，易发生骨伤疾病，故设此科。明清后随着经济文化的发展及西方火器的传入，金镞等科废止。明代医学，考试重于教育，各县虽有医学训科，而设官不给禄，与阴阳学同。故此时期，医学教育呈衰落的趋势。

清代

清代因明制，而太医院内设教习厅，分作内、外教习，内教习以太监为学生，外教习则教授医官子弟。1840年以后太医院经费不足，医学也近乎消亡。光绪三十四年（1908）设新医学，略仿各省学堂的章则。

医事考核仅限于官医，考核可划分为考绩与考试两种形式。早在周代即已建立医生平日临床治疗效果的记录制度，年终时总结其治愈率高低，据以评定医师。其技术水平的优劣，及给薪水之薄厚，可以说是中国医事考核的开端。此后，历代基本沿袭这一考核办法。自南北朝官办医学教育出现后，有了答卷式的考核，以所取成绩优劣，评定技术高低，选拔任用。唐代，太医署考试登用人才，仿照国子监方法。通常上选的充当御医，其次派去州府任医学博士官职。考试比较严格，有博士主考的月试、太医令丞主考的季试，年终则由太常寺卿、少卿总试。学习九年不及格者，令其退学。

宋代

宋代，太医局新生入学，经太医保举，听读一年后，考试及格者补为正式生。熙宁九年，医学推行三舍法，学生每月私试一次，每年公试一次，学品兼优者可以补内舍，由内舍补入上舍。上舍者大都留太医局任职。绍熙二年（1191）规定考试分墨义、脉义、大义、论方、假令、运气六项，以六通为合格。还规定医学生轮流给太学、律学、武学的学生及各营将士医疗，年终考查其成绩，分为三等，报中书省复核，依次递补，并给予奖赏。医疗失误多者，太医局酌情予以责罚，甚至开除学籍。乾道元年（1165）制定了州县官医缺额的升补和医技平庸的官医经长吏验实后黜出的办法。

元代

元代，医学生学习成绩优良的可直接擢用，或由科举选录。为了防止无学滥充的弊端，对各路医学教授除每年的教学质量考查外，三年内要完成太医院颁布的13科题目的解答，视考核结果定夺升补。凡教学质量低劣，学生不能完成课程时，要扣发教授1～2月薪俸。官医考试三年一次，考中者次年赴省试，再中者可收充太医，承应医事。府试合格者，任随路学官，由省试收补录用。明代，太医院学生由医户子弟选入，称医丁，学习3～5年，每季考试一次，三年总考，成绩合格者送礼部选用，一等者充医士，二等者充医生，不及格者可补考，学习一年再试，三试不及格者黜出为民，原保官吏治罪。如五年考试成绩优良者，本学教授奏请量材加升。隆庆间，医士、吏目升补，采取告补办法。万历时又有丁如一户缺人，准令通晓医业嫡派子孙一人补役的规定。这种办法产生出很多流弊。

清代

清代，太医院学生由医官子弟保送，学习三年期满，由本院堂官在所学课程中出题考试，合格者经礼部复核录取的为医士，未被录取的继续学习，可再试。凡学习一年以上，经三次季考名列一等的学生，遇太医院食粮医生缺额，可呈礼部递补。还规定，每届寅、申年，吏目以下各员生由太医院院使、院判合同礼部堂官会考一次。成绩为一二等者，如无过犯，依次递补，三等者原职不升转，四等者罚停会考一次，不列等者革职，发回教习厅学习，下届可再考。民间习医者，令其学习《内经注释》、《本草纲目》、《伤寒论》，医理精通者，呈报巡抚，发给证书赴太医院考试，成绩优良者授以吏目、医士。年老不能赴京者，留为本省教授待考。清末有了西方近代医学堂，举行留学生考试，内有医学一门，及格者有医科进士之称。