站台

地下二层车站，一个岛式站台，四个出入口。本站设有低站台门。

本站与邻近的中正纪念堂站，以及古亭站均设计为民防车站，本站至古亭站间天花板到地面街道间有60公分厚的防爆板，以防止空袭及炸弹破坏[3]。

出口1、2位于车站南端，出口3、4位于车站北端，无障碍电梯位于出口2、3（台大医院侧）。出口1、4也同时作为二二八和平公园的出入口。出口1：二二八和平公园（公园路西侧、常德街口）出口2：台大医院（常德街、公园路口）出口3：中央健保局台北分局（公园路东侧、襄阳路口）出口4：襄阳路（公园路西侧、襄阳路口），本处除捷运站外，车站出口旁的公园路设有“捷运台大医院站”公车站牌，有多条公车路线行经。由于车站接近台北站前商圈南边，且临近二二八和平公园与台大医院，因而有分散台北车站人潮的效能。根据2012年9月资料，台大医院站每日旅运量约为46,933[1]，在台北捷运各站中排行第21名。1998年12月24日：随着淡水线“台北车站－中正纪念堂”段、新店线“中正纪念堂－古亭”段与中和线正式通车而启用。