8月1日5时45分，香港天文台将“妮妲”升格为台风。20时50分，日本气象厅将其升格为台风，但在事后发布的“最佳路径”当中将这次升格撤销。

8月2日2时15分，中央气象台将“妮妲”升格为强台风。3时35分，台风“妮妲”在广东省深圳市大鹏半岛登陆，登陆时中心附近最大风力有14级（42米/秒），中心最低气压为965百帕。4时许，在深圳市盐田区第二次登陆。日本气象厅和香港天文台先后在6时及7时45分将其降为强热带风暴。7时40分，“妮妲”在广州南沙作最后登陆，穿越番禺和佛山并深入内陆。中央气象台和香港天文台先后在11时5分及45分将其进一步降为热带风暴。

8月3日0时45分，香港天文台将“妮妲”降为热带低压。8时，中央气象台对“妮妲”停止编号。

在事后发布的最佳路径中，中央气象台将“妮妲”的巅峰风速由42m/s下调至38m/s；日本气象厅则将“妮妲”的强度下调为强热带风暴，巅峰风速下调为60kt，中心最低气压上调至975hPa；8月3日，香港天文台发表网志指出，为了更准确掌握“妮妲”的强度，天文台与香港飞行服务队合作，在8月1日下午派出定翼机飞越“妮妲”的风眼，并在其眼壁附近的强对流区录得飓风程度的风速，证实妮妲的强度达到台风级别。

2016年第4号台风“妮妲”具有6个显著特点：

一是形成缓慢，后期强度发展迅速。受副热带高压、大陆高压、菲律宾群岛地形等多重影响，“妮妲”编号前期形成缓慢。擦过菲律宾进入中国南海海域后，强度快速提升，短短24小时内从强热带风暴升级到强台风，中心附近最大风力超过14级。

二是能量强大，鼎盛时期正面登陆。“妮妲”云系密实、覆盖范围广，台风移动区域内的海水温度均在30度以上，有利于台风强度的维持和发展，能量不断聚集。“妮妲”于鼎盛时期正面登陆广东中部沿海，中心附近最大风力可达13至15级，10级风圈覆盖南海中北部、广东大部及广西东部，风力强度高、持续时间长、破坏力大。

三是环流复杂。西北太平洋大气环流形势十分复杂，洋面还有多个热带云团活动，相互交织影响。

四是海况恶劣，强风暴雨高潮巨浪碰头。“妮妲”登陆时恰逢天文高潮期，沿海部分区域风暴增水多、巨浪狂浪高、降雨强度大。

五是历时较长，降雨集中强度偏大。“妮妲”云团对称、水汽充沛，外围云系从8月1日起影响中国华南沿海，降雨影响持续到4日，影响时间较长。广东、广西、海南、贵州、云南等地有大到暴雨，部分地区大暴雨，降雨量达100-200毫米，其中广东南部、广西东北部等地有250-400毫米的特大暴雨，局部点雨量可能超过500毫米。强降雨极易引发山洪、滑坡、泥石流等灾害。

六是影响广泛，部分地区重复受灾。“妮妲”登陆后继续西行并深入内陆，对广东、广西、海南、云南大部，贵州、福建、江西、湖南南部造成较大影响。部分地区前期受台风及降雨影响，洪涝灾害严重，水毁工程尚未完全修复，物资材料消耗大，台风接连登陆、强降雨过程频繁，增加了防御的难度。特别是广西梧州苍梧县及相邻地区，与台风影响区重叠，刚刚发生5.4级地震，地质条件脆弱。

中央气象台于2016年7月30日18时发布台风蓝色预警；7月31日10时发布台风黄色预警；7月31日18时发布台风橙色预警；8月1日18时发布2016年首个台风红色预警；8月2日6时发布台风橙色预警；8月2日10时发布台风黄色预警；8月2日18时发布台风蓝色预警；8月3日06时解除台风蓝色预警。

8月1日9时，针对第4号台风“妮妲”的影响，国家安监总局发布红色预警信息。同日，国家海洋预报台拉响风暴潮、海浪红色警报。

香港天文台于7月31日22时10分发出一号戒备信号。

8月1日11时40分，天文台发出三号强风信号。20时40分，天文台发出八号西北烈风或暴风信号。

8月2日4时40分，天文台改发八号西南烈风或暴风信号。12时40分，天文台改发三号强风信号以取代八号西南烈风或暴风信号，并于17时10分取消所有热带气旋警告信号。

8月1日17时，广东省重大气象灾害应急办公室启动一级最高级别台风应急响应。截至8月1日15时，全省各市县气象局先后启动台风应急响应127站次；共发布台风预警信号237站次，其中广州、东莞、惠州、汕尾等16市发布了台风红色预警信号。

自7月29日以来，深圳市气象台根据台风动态分别及时发布台风白、蓝、黄、橙色预警信号，并于8月1日17时将台风预警信号正式升级为台风红色预警。这是深圳自从1994年开始发布预警信号以来，第一次对外发布台风红色预警信号。

7月29日，江门市气象台发布首期“妮妲”气象快报，提醒政府和有关部门加强防范。8月1日下午，江门市气象台提升气象灾害台风二级应急响应到一级应急响应，除恩平发布台风橙色预警信号外，各市区均发布台风红色预警信号。

8月1日14时，广州市气象局将台风预警信号升级为红色。这是广州市气象台首次发布最高级别台风预警信号。

8月1日16时27分，中山市气象台将台风预警信号升级为橙色。16时34分，中山市启动防御台风一级响应。

7月31日18时，广西壮族自治区气象局启动重大气象灾害（台风）三级应急响应，广西壮族自治区气象台发布台风黄色预警。

8月2日8时，广西壮族自治区气象局将重大气象灾害（台风）三级应急响应升级为二级应急响应。

8月2日9时30分，广西壮族自治区来宾市气象局提升重大气象灾害（台风）三级应急响应为二级应急响应。

7月31日8时，福建省气象局进入四级应急响应工作状态。6时40分，福建省气象台发布台风蓝色预警信号。

8月1日6时，福建省气象局发布福建省南部沿海地区台风警报，同一时间发布台风黄色预警信号。

8月2日10时，湖南省气象局启动暴雨（台风）气象灾害四级应急响应，要求省局有关单位以及湘东南、湘西南地区气象部门进入暴雨（台风）气象灾害四级应急响应状态。

8月2日中午，贵州省气象局启动暴雨四级应急响应，特别强调关注强降水引发的地质灾害、山洪、城镇内涝等。

菲律宾大气地球物理和天文服务管理局在7月29日17时发出一号风暴信号，7月30日17时对伊莎贝拉省发出二号风暴信号，随后扩展至卡加延省及巴布延群岛。

台风“妮妲”吹袭香港期间最少有12人受伤，另有超过400宗塌树报告、两宗水浸报告、一宗山泥倾泻报告及多宗高空坠物意外。

上环有一个直径约六呎的卫星接收器遭强风吹至飞坠行人路。湾仔菲林明道一幢商业大厦外墙一幅棚架倒塌。北角孔雀道一株大树塌下，导致两辆私家车损毁。轻铁天悦站及三圣站附近也有树木塌下，列车服务一度受阻。观塘绕道的一支灯柱在强风吹袭下折断。大角咀有趸船受巨浪影响撞向石壆，西贡亦有游艇搁浅岸边。

妮妲引致的风暴潮令鲤鱼门、大澳、屯门、西环等低洼地区出现轻微水浸及海水倒灌。新界约300公顷的农地受到影响。香港国际机场约有500班航班需要重新编配。

2016年7月31日，广铁集团对外通报，因受第4号台风“妮妲”影响，广东普速铁路线和高铁线路大面积调整，深圳站等火车站长途列车全部停运，进出海南岛的列车已全部停运。广铁集团管辖内的湖南娄底火车站也有多趟列车停运。

截至8月5日9时，据广东省民政厅报告，韶关、佛山、江门等15市38个县（市、区）45.5万人受灾，6.3万人紧急转移安置，2400余人需紧急生活救助；300余间房屋倒塌，500余间不同程度损坏；农作物受灾面积23.8千公顷，其中绝收700余公顷；直接经济损失5.2亿元。

截至8月5日9时，据湖南省民政厅报告，长沙、衡阳、常德3市5个县（区）4.5万人受灾，500余人紧急转移安置，近100人需紧急生活救助；1100余间房屋不同程度损坏；农作物受灾面积2.3千公顷，其中绝收400余公顷；直接经济损失近3100万元。

截至8月5日9时，据广西壮族自治区民政厅报告，南宁、桂林、梧州等7市27个县（市、区）22.6万人受灾，4500余人紧急转移安置，300余人需紧急生活救助；400余间房屋倒塌，1200余间不同程度损坏；农作物受灾面积7.9千公顷，其中绝收800余公顷；直接经济损失1.3亿元。

截至8月5日9时，据贵州省民政厅报告，遵义、毕节、黔西南等5市（自治州）16个县（区）5.6万人受灾，近8400人紧急转移安置，100余人需紧急生活救助；近1600间房屋不同程度损坏；农作物受灾面积3千公顷，其中绝收近300公顷；直接经济损失4600余万元。

截至8月5日9时，据云南省民政厅报告，红河、文山、德宏3自治州8个县（市）1.9万人受灾，1人失踪；400余间房屋不同程度损坏；农作物受灾面积2.2千公顷，其中绝收1.3千公顷；直接经济损失9300余万元。