10月15日5时，联合台风警报中心将该系统升为热带低压，并给予热带气旋编号25W；当日8时，台风“海马”在菲律宾吕宋岛东南方2700公里的西北太平洋生成，风力8级（18米/秒），气压998百帕；当日9时25分，日本气象厅将该热带低压正式升为热带风暴，并命名为海马，给予国际编号1622；联合台风警报中心在之后的一报（11时）也作出此项升格。

10月16日5时，中央气象台将台风“海马”由热带风暴级升格为强热带风暴级，其中心位于菲律宾马尼拉东偏南方大约2020公里的西北太平洋洋面上，即北纬10.1度、东经139.0度，中心附近最大风力有10级（25米/秒），中心最低气压为985百帕，七级风圈半径为120~200公里；当日6时45分，台风“海马”进入香港天文台责任范围时已被评为强热带风暴；当日9时05分，日本气象厅将其升格为强热带风暴级；当日11时，联合台风警报中心将其升格为台风级；当日14时，中央气象台将其由强热带风暴级升格为台风级。

10月17日8时，中央气象台将台风“海马”由台风级升格为强台风级，其中心位于菲律宾马尼拉以东大约1700公里（闽粤交界东南方大约2360公里）的西北太平洋洋面上，即北纬13.0度、东经136.6度，中心附近最大风力有14级（42米/秒），中心最低气压为955百帕，七级风圈半径为260~300公里，十级风圈半径为100-120公里，十二级风圈半径为60公里；当日17时，中央气象台将其由强台风级升格为超强台风级，其中心位于菲律宾马尼拉以东大约1550公里（闽粤交界东南方大约2200公里）的西北太平洋洋面上，即北纬13.5度、东经135.2度，中心附近最大风力有16级（52米/秒），中心最低气压为935百帕，七级风圈半径为300~330公里，十级风圈半径为110~150公里，十二级风圈半径为70公里；当日22时，香港天文台也将其升格为超强台风级。

10月18日17时，联合台风警报中心将台风“海马”升格为超级台风级；当晚至19日日间，台风“海马”达到巅峰强度，其强度达到萨菲尔-辛普森飓风等级下的五级标准。

10月19日23时40分前后，台风“海马”在菲律宾吕宋岛东北部沿海登陆，登陆时中心附近最大风力16级（55米/秒，超强台风级）。

10月20日凌晨2时25分，中央气象台将台风“海马”降格为强台风级；当日3时半，香港天文台将其降格为强台风级；当日5时，联合台风警报中心将其降格为台风级。

10月21日凌晨2时45分，香港天文台将台风“海马”降格为台风级别；当日12时40分前后，台风“海马”（强台风级）的中心在广东省汕尾市海丰县鲘门镇登陆，登陆时中心附近最大风力有14级（42米/秒），中心最低气压为960百帕；当日14时20分，中央气象台将其降格为台风级，2小时后更降为强热带风暴级；当日14时50分，日本气象厅将其降格为强热带风暴级；当日19时15分、45分及20时50分，中央气象台、香港天文台和日本气象厅先后将其降格为热带风暴级；当日23时20分，中央气象台将其降格为热带低压级。

10月22日凌晨1时45分和2时50分，香港天文台和日本气象厅先后将台风“海马”降格为热带低压级；当日5时，中央气象台对其停止编号；当日6时15分，香港天文台将其降格为低压区。

10月25日，日本气象厅认定台风“海马”减弱至强风级。

10月26日，日本气象厅认定台风“海马”完全消散。

作为深秋台风，“海马”有四个特点：

一是前期强度较强，发展速度快。“海马”自2016年10月15日8时生成后，强度一路发展，短短48个小时内就由热带风暴级加强为强台风级，并在18日20时达到顶峰强度。此外“海马”也是2016年第一个登陆菲律宾的超强台风（68米/秒，17级以上）。

二是结构保持完好。原来认为台风经过菲律宾高山后强度会减弱，但实际上进入南海的台风仍然保持了良好的结构，是有气象记录以来10月下旬以后登陆广东的首个强台风。

三是台风路径比较异常。一般来说秋冬季进入南海的台风大多为西行或转向，很少在广东东部沿海地区登陆。这是受到副热带高压和南亚高压共同影响造成的。

四是影响范围比较广。除了台风本体将给广东中东部、福建西部、江西南部带来降水影响，台风北上以后会形成一个台风倒槽，与北方南下的冷空气结合，广东、福建、浙江、江西、湖南、湖北、安徽、上海、江苏等9省市都出现明显风雨。可以说这个台风给整个东南地区都带来了影响。

菲律宾大气地球物理和天文服务管理局在10月19日8时和11时接连发出三号和四号风暴信号。午后海马加强为当地之超强台风，当局在14时针对卡加延省、伊莎贝拉省发出五号风暴信号。这是菲律宾大气地球物理和天文服务管理局在2013年台风“海燕”过后增设五号风暴信号以来，首次发出最高风暴信号。

10月19日10时，中央气象台发布台风黄色预警。

10月20日8时，中央气象局提升重大气象灾害（台风）四级为三级应急响应；当日18时，中央气象台发布台风红色预警；当日18时30分，中国气象局提升重大气象灾害（台风）三级应急响应为二级。

10月21日18时，中央气象台发布台风黄色预警和暴雨黄色预警。

香港天文台于10月20日早上8时20分发出一号戒备信号，当日20时40分发出三号强风信号。

10月21日6时10分，香港天文台发出八号西北烈风或暴风信号，当日14时15分改发八号西南烈风或暴风信号，下午海马移入内陆及减弱，香港风力逐渐缓和，天文台于17时20分改发三号强风信号，取代八号西南烈风或暴风信号，并于当晚22时10分取消所有热带气旋警告信号。

10月19日至20日，广东共发布台风预警信号116站/次，其中台风白色预警信号70站/次，台风蓝色预警信号46站/次。

10月19日17时前后，佛山市发布台风白色预警信号；10月20日10时前后升级为台风蓝色预警信号，佛山市三防随后启动台风四级应急响应。

10月20日晚20时，广州市气象台发布台风黄色预警信号。

10月22日8时，广东省气象局解除气象灾害（台风）Ⅲ级应急响应。

福建省气象台于10月18日17时发布“南部沿海台风警报”，同时启动台风预警Ⅳ级；10月19日9时32分发布台风黄色预警信号。

福建省气象局于10月20日8时起将重大气象灾害台风四级应急响应提升为三级。

厦门市气象局于10月18日起通过多种渠道发布《重要天气预警报告》5期，发布台风蓝色预警信号2次；10月20日9时30分，厦门市防指根据气象部门预报启动防台风三级应急响应。

上海市气象台于10月21日的15时55分和16时56分分别发布暴雨黄色和雷电黄色预警信号。

2016年10月19日深夜，菲律宾北部伊萨贝拉省（Isabela）沿海城市圣巴勃罗（San Pablo）遭超强台风“海马”重创，导致多处大规模停电，农田被淹，损失巨大，至少有八人死亡。

联合国人道主义事务协调办公室网站报告显示，截至2016年12月8日，台风“海马”给菲律宾造成农业损失1.54亿美元，其中农业生产设施、设备损失500万美元，农业生产损失1.49亿美元。2016年10月19日台风海马在菲律宾农业主产区卡加延（cagayan）、伊莎贝拉（Isabela）和伊洛克斯（ilocos）地区登陆，受灾农地达19.7万公顷，受灾农民4.13万人。主要粮食作物水稻损失最为严重，达1.11亿美元，其中卡加延（cagayan）损失5500万美元、伊莎贝拉（Isabela）3100万美元和南伊洛克斯（ilocos sur）900万美元和北伊洛克斯（ilocos norte）800万美元。其他农作物如经济作物损失2533万美元、玉米1192万美元。

截至2016年10月25日9时统计，台风“海马”导致江苏、福建、广东3省11市51个县（市、区）189.9万人受灾，11.4万人紧急转移安置，6.2万人需紧急生活救助；农作物受灾面积239.5千公顷，其中绝收14.6千公顷；600余间房屋倒塌，3200余间不同程度损坏；直接经济损失47.6亿元。具体灾情如下：

据江苏省民政厅报告，南通市海安县7人受灾，4人紧急转移安置；6间房屋不同程度损坏；直接经济损失1.4万元。

据福建省民政厅报告，三明、漳州、龙岩3市12个县（市、区）3.4万人受灾，1.9万人紧急转移安置；近100间房屋不同程度损坏；农作物受灾面积29.3千公顷；直接经济损失3亿元。

据广东省民政厅报告，汕头、惠州、梅州等7市38个县（市、区）186.5万人受灾，9.5万人紧急转移安置，6.2万人需紧急生活救助；近600间房屋倒塌，3100余间不同程度损坏；农作物受灾面积210.2千公顷，其中绝收14.6千公顷；直接经济损失44.7亿元。

2016年10月21日6时10分，香港天文台挂起8号风球。根据香港法例，8号风球挂出，则雇员可以不用上班，学校停课。股市、金市及银行也宣布暂停交易及服务。所有法院及审裁处聆讯因天气延期，入境事务处、运输署辖、工业贸易署等宣布暂停服务。同时，多项安排于当日的活动被取消。香港迪斯尼乐园及香港湿地公园等也暂停开放。许多商铺暂停营业，除少数线路之外，公交巴士也几乎全线停运，港铁则大部分路线维持10分钟一班车。

台风“海马”吹袭香港期间，最少有13人受伤，另有近300宗塌树报告及多宗高空坠物意外。荔枝角消防局附近及西贡龙尾村分别有大树塌下，压毁三辆私家车。东铁线大学站附近的塌树则导致列车服务一度受阻。大围及沙田分别有帆布檐篷及围板被吹翻，导致两人受伤。一人在西贡早禾坑对开海面划独木舟时堕海，其后获救。在强风的影响下，深圳湾公路大桥一度封闭。香港国际机场有超过730班航班取消或延误。