战国时代，圣方济·沙勿略来到日本传教，不少大名皈依了天主教，并支持天主教在其领地内的传播。1587年，丰臣秀吉颁布《伴天连追放令》，定天主教为邪教，禁止天主教的传播。多数大名被迫改信佛教和神道。

文禄庆长两战后，在日被抑留朝鲜人多数，改宗吉利支丹。

江户时代后，幕府于1613年发布禁教令，将天主教大名有马晴信处死，高山右近流放菲律宾。此后，幕府对天主教徒进行迫害，将他们蔑称为“鬼利死丹”。第五代将军德川纲吉之后，为避纲吉之讳，改称为“切支丹”，蔑称“切死丹”。

1637年，九州地区爆发岛原之乱，被幕府镇压。幕府对支持天主教的人士进行搜捕，而天主教徒的活动亦转入地下。

如今，“吉利支丹”一词一般作为对当时天主教大名或者伪装放弃天主教信仰而在地下秘密活动的人士（隠れキリシタン）的称呼，日本天主教徒往往不会自称“吉利支丹”。尤其是当年被江户幕府迫害最为严重的长崎县一带，因“吉利支丹”一词的历史原因，被天主教徒视为侮辱性称呼。