含清斋坐北朝南，房前为一狭长小院，院西侧开随墙小门。主体建筑以天井分作前后两部分：前房面阔3间，进深3间，平面略呈方形，覆三卷勾连搭式灰瓦卷棚硬山顶；后房面阔3间，进深1间，灰瓦卷棚硬山顶。前后房之西次间当中有穿廊相通。前后房之西山墙以院墙连为一体，使含清斋外观看去仿佛一座独立的小院。含清斋南侧东墙随墙门为花园东入口揽胜门。

前房明间开槅扇门，其余为槛墙支摘窗。后房西墙开一花窗，外设砖砌窗罩。穿廊朝向天井一侧开步步锦槅扇门。斋内以装修隔为小室，分隔形式灵活。整座建筑灰瓦、青砖，不施斗栱、彩画，装饰朴素，色彩淡雅，在慈宁宫花园浓荫茂木的掩映中，颇具江南建筑的情趣。斋前楹联「轩楹无藻饰，几席有余清」，正是其朴素的建筑风格的写照。

至于因何修建含清斋，乾隆皇帝曾在《建福宫题句》自注中写道：「慈宁宫花园葺朴宇数间，以备慈躬或不豫，为日夜侍奉汤药之所，丁酉正月即以为苫次。」乾隆四十二年（1777年）正月，乾隆之母孝圣太后崩逝，奉安于慈宁宫正殿，乾隆皇帝确于含清斋守孝。后因王公大臣恳请，又返回养心殿居住。