中年以后，吴佩衡集中精力深研仲景学说，倡导经方学理，强调阴阳学说为中医理论的精髓，辨证论治是临床诊疗的准则，冲破了当时某些世风俗习。他尊古而不惟古，力求实际，大胆创新，古方今用，拯救了不少垂危病人。时一高官的独子患伤寒病，病势垂危，奄奄一息，经中、西医多次治疗均未获效，已宣告无救。吴佩衡照仲景法，采用大剂四逆、白通诸方，一举而险除。吴佩衡回春绝技，最突出地表现于伤寒坏症、肺脓疡、阴胆症、肝水肿等阴症险疾上，经他放手治疗，都得救治痊愈，显示了他在医术上的超群技艺和个人胆识。逐渐名扬全市。

他一贯以治病救人为己任，日理百诊，来者不拒，从不马虎了事。他诊治病人，不分高低贵贱，无不精心医治。对贫穷无钱的病人，除免费义诊外，还经常免交药费；对疑难重病，则亲自前往督促病人服药；有的病家缺乏煎煮附子经验，他也耐心指导。

中医中药是中华民族的优秀宝库，但是国民党政府1929年4月24日却提出“废止中医案”。令全国中医界一片哗然，佩衡也怒火万丈，召集昆明中医界开会以商对策。会上同仁推选他为代表到上海去抗争。在上海会议上，到会的有17个省的237个集体457个代表。此次会议又选出27个代表到南京请愿，他是其中一员。他们到南京面对面地向国民党中央政府提出：中医中药是中国的国宝，决不能丧尽天良来“废止中医”，要求撤销此案。中央政府不得不妥协。之后他在上海行医6年，1937年2月返回昆明。1939年被选为昆明市中医师公会理事长。1942年云南省建立中医师公会，他又当选为省公会理事长，后又兼任云南省中医考试委员会主试委员和贵州考铨处中医考试襄试委员及检复委员。1945年创办《国医周刊》。1950年创立云南省私立中医药专科学校，任校长兼主讲教师。

他在中医事业上成效显著，声名远播，1956年、1959年两次上北京出席全国政协会议和全国文教卫生群英大会。1959年加入中国共产党，先后任云南中医学校校长、云南中医学院院长、中华医学会云南中医分会副会长、《云南医药杂志》编委会副主任、云南省政协常委。

在中医中药方面吴佩衡有许多独特见解，如，用四逆二陈麻辛汤治疗寒湿痰饮咳嗽及寒喘；用吴黄四逆汤治疗虚寒胃痛及血寒气滞等疾病；以白通汤治疗体弱神迷、疹出性慢色暗的麻疹患儿；以辛温扶阳剂挽救衄血、崩漏及寒闭危症；重用当归、杭芍治热痢下重；参麦阿胶适当配伍以收润燥养阴之功，等等。

吴佩衡十分重视培养中医中药人才，桃李满云南。他言传身教，毫无保留地把经验传授给门徒和学生。一家三代从医人员有20余人。他在中医药专科学校主持中医病理学及伤寒论的讲授，培养学生140多名，为云南中医办学开了先例。解放后，他仍继续从事中医保健和医学教育事业，虽年过花甲，除坚持临床诊疗外，还从事中医教学。

1971年4月25日因病与世长辞，终年85岁。

吴佩衡先生得学于郑钦安火神派学术思想，多注重扶人之阳气，擅用附子，长于使用经方，应用附子，胆识过人，对疑难重证、失治、误治之阴寒重症，每以大剂附子力挽沉疴，处方每剂附子辄用60g，重则每剂250-500g。先生的主要著作有《中医病理学》、《伤寒论条解》、《伤寒与瘟疫之分辨》、《麻疹发微》、《吴佩衡医案》、《吴佩衡中药十大主帅古今谈》、《附子的药理及临床应用问题》、《医药简述》、《伤寒论新注》等。他在自己的著作中多次引用郑钦安的学说，在临床实践中，处处发扬郑氏学说，如总结辨别寒热证的十六字要诀：寒证“身重恶寒，目瞑嗜卧，声低息短，少气懒言”；热证“身轻恶热，张目不眠，声音洪亮，口臭气粗。”这些均来源于郑钦安的阴阳辨诀之中，出于一源，可谓是进行简化、深化郑氏的阴阳辨证之法。与郑钦安一样，吴氏临床擅用四逆辈之类、郑氏创用方及自创用的回阳饮（附子、干姜、炙甘草、肉桂）等方剂。吴佩衡先生精辨寒热、十六字诀，推重阳气、擅用附子，崇尚经方、善用峻药，独步医林，为后世学习火神派的扶阳学术思想留下了重要的学术经验，可谓是当代火神派重要传人、重量级人物之一。吴佩衡从事中医和医学教育60多年，擅长中医内、妇、儿科，学术上多尊重内经、难经、仲景学说。在实践过程中，继承传统医学优秀成果，开创滇省经方学理，对云南中医事业的发展起到促进作用。他强调贵在早治、急治，以免导致病邪传里。伤寒表症初期，他能切实地把握住“太阳”这一关，采用桂枝汤、麻黄汤、麻黄杏仁甘草石膏汤或麻黄附子细辛汤等方剂分别施治，对症下药，一汗而解。他对阳虚阴寒症治疗经验尤为丰富，极为尊崇《伤寒论》“温扶阳气”的治疗法，主张抓住温扶先天心肾阳气这一主要环节，才能获得阳复阴平，克敌制胜效果。尤为可贵的是：对于因附子煎煮不透而发生乌头碱毒性反应的病人，他用煮透的附子水或四逆汤加肉桂予以解救，收到显著效果，此为突破性的创新。

受郑钦安影响，此方吴老论述和运用最多，并在治阳虚阴寒证得基础上有所发展。吴老说：“此方起死回生，易如反掌，实乃补火种之第一方也，使用得当，因病加减，应用无穷，可以治数百病。”四逆汤中的附子是该方的君药，在治疗“阳虚阴寒”证中，具有举足轻重的作用，其用量的多少关系着临床的治疗效果。纵观全本医案，吴老用附子之量十分惊人，一般在30g以上，多至100g、200g、300g。最多用至450g。前几日和云南中医学院的一位老师聊到吴老用附子，该老师透露说吴老为方便患者，在院子里常年摆一大锅，一刻不停在熬四逆汤，病人来了，一经诊断明确就舀一勺给病人当场服用。这也算从另一侧面了解吴老用附子的盛况吧。但是，吴老大剂量使用附子，是建立在严格的辨证基础上，真正做到了辨证准确而又胆大心细。吴老认为：“只要诊断确切，处方对证，药量充足，即能克敌制胜，转危为安。古有病大药大、药毒病毒之说。顾面临危重征候勿须畏惧药毒而改投以轻剂，否则杯水车薪，敷衍塞责，贻误病机，则危殆难挽矣！”他还说：“用药不在医家的好恶，而在于审证之明确”、“余素谙于用姜附者，尚不敢以温剂枉投。”

吴老对附子的应用堪称古往今来第一大家，达到了登峰造极的地步，无怪乎他在云南有“吴附子”的美誉。

张xx之次子，生甫一岁，住四川省会理县鹿厂街。

1914年3月，患小儿惊风证，病颇危笃，三日来抽搐不已。余诊视之，指纹青黑透达三关，脉沉细而弱，舌苔白滑，面唇青黯，闭目沉迷不省，时而手足拘挛抽掣，乳食不进，夜间发热，大便泄泻绿色稀粪。询及病由，其母述及，患儿始因受寒感冒起病，初有发热咳嗽，大便溏泻。某医以清热解表药二剂，服后白昼身热见退，夜晚又复发热，咳、泻未止。继又拟消食清热药二剂，服后病不减，忽而风动抽搐。

该医以为肝经风热，又以乎肝驱风镇惊药二剂，病情反见日趋沉重而成是状。时病已十余日，按脉证病情诊察，余思寻之，良由小儿气血未充，脏腑娇嫩，不耐克伐。风寒初起，只须轻宣透表，其病当愈。尔乃误以清热之剂， 又复以消食、平肝、驱风等法，元阳受损，正不胜邪，遂致寒痰内壅而成三阴虚寒之慢惊风证。病势已危重，若辞不治，实非我医者应尽之责，力主逐寒荡惊汤挽救之。

上肉桂6克（研末，泡水兑入） 公丁3克 炮姜10克 白胡椒3克（捣） 灶心土130克（烧红淬水，澄清后以水煎药）

上方喂服二次，稍顷，呕吐涎痰一小盏，风状略减，抽搐较轻，两眼已睁， 目珠己能转动锑视。再喂药一次，又吐涎痰盏许，风状已定，抽搐不再发作，咳嗽亦平，夜晚已不再发热。患儿之父母见病已恢复，甚为欣慰，但见其子体质赢弱，认为宜培补脾胃， 自拟理中地黄汤一剂喂服。殊料服后移时，风动抽搐又起。余往视之，询问缘由，方知患儿大病虽有转机，然寒痰邪阴尚未逐尽，滋补过早，固必增邪，且有碍于阴邪外祛，寒痰内阻，遂致慢风复作。此时，病家始知误施补剂亦有弊端。余仍以逐寒荡惊汤并加附片15克，喂服后又吐涎痰盏许，畅泻酱黑色稀便二次，抽搐平息，且能吮乳，并闻啼声。照原方去胡椒、公丁，加砂仁6克、甘草6克，附片增至30克，煎汤频频喂服。二剂尽，诸证痊愈。