吴格教授长期从事古籍整理研究工作，长于版本目录学，尤精于明清文献的整理和研究。是我国知名的文献学专家和四库学专家。在古籍整理方面，他有《金石学稿抄本集成》《诗三家义集疏》《逊志堂杂钞》《嘉业堂藏书志》《李鸿章未刊函稿》《许经籍题跋》《三冈识略》《金盖樵话》等成果，尤重视前人学术著作未刊稿本的辑校出版，发掘影印馆藏善本《明词汇刊》《清国史》等；又撰有《中国图书馆古籍工作的现状及展望》《近年来中国图书馆对古籍的整理与开发》《近年来图书馆古籍修复工作的调查与回顾》，及关于翁方纲、林则徐、胡玉缙、刘承干、王欣夫等的研究论文。

吴格教授在四库学方面，成果非常显著。主持和参与了《续修四库全书总目提要》《四库未收书提要续编》《四库提要分纂稿》《翁方纲纂四库提要稿》《续修四库全书》《四库存目丛书》《四库禁毁书丛刊》《四库未收书辑刊》等重要著作的编撰，为四库学的发展做出了重大贡献。