公司总经理室是生产经营的决策机构和管理中枢。

总经理室下设4个分公司和8个职能部门。

分公司：第一运输公司、第二运输公司、站务公司和修理厂，分别从事公营班车、承包班车、汽车客运站的经营、汽车修理业务等

职能部门：公司办公室：1.行政工作：负责公司行政、法律事务、合同管理、文档、人力资源管理、职工教育、质量管理、内部考核、信息信访、董事会事务、公务车、业务费管理、会务工作。2.党群工作：负责党务、工会、共青团、妇女工作；财务审计部：负责财务管理、会计核算、审计监督、综合统计、资金管理和结算工作；安全机务部：负责行车安全、机务技术、设备管理、计量能源、治安消防工作；运输经营部、公交部：负责运输生产、计划统计、结算、市场营销工作；结算中心：负责公营车辆、承包车辆的统计结算、单车核算工作；稽查部：负责稽查、运纪运规、规章制度检查、行风建设工作；行政内保部：负责基建管理、后勤保障、内部保卫等工作。