仿晁公武、陈振孙书目体例，所辑《薰习录》（一作《绣谷亭薰习录》），是其专记所藏秘册、叙述原委、购书、读书记，与《读书敏求记》颇为相似，但篇幅较小，仅经部1卷，集部2卷。又有《瓶花斋书目》今已不传。精校勘，手自丹黄，每购一书，必兼数本，相互参比，如有考证心得，辄书诸卷首。小山堂赵昱回忆与吴焯的交往时曾说“绣谷藏书颇矜惜，不轻借人，独许予抄，予所藏多绣谷亭本。予偶得善册，先生见之亦必取以勘定。”乾隆三十八年（1773），诏开四库馆，采访天下遗书，次子吴玉墀以古书百余种进呈朝廷，与鲍廷博“知不足斋”、汪宪“振绮堂”、孙宗濂“寿松斋”、汪启淑“飞鸿堂”，各整比所藏，踊跃呈献，获赐《佩文韵府》1部及书数种。藏书印有“绣谷手典”、“疏雨薰习”、“流传勿污损”、“性命以之”等多枚。刻书甚富，达50余种，数千卷。与厉鹗、赵昱等往来极密，每得一秘本，彼此互相抄录，抄书用纸印墨格或绿格，版心刻有“绣谷亭”三字，有的左栏外刻有“西泠吴氏绣谷亭抄书”或“绣谷亭抄书”等字样。所藏书身后大多归于汪宪“振绮堂”、许宗彦“鉴止水斋”及马氏兄弟等家。藏书印有“绣谷所藏”、“绣谷薰习”、“尺凫”、“愿流传勿损污”等。著有《绣谷杂抄》、《药园诗稿》、《陆渚飞鸿集》、《玲珑帘词》、《经山游草》等。与厉鹗、赵昱合撰《南宋杂事诗》。