2006年，广州呼吸疾病联合实验室向科技部提出了筹建“呼吸疾病国家重点实验室”的申请。

2007年，实验室获科技部批准建设。

2010年，实验室通过科技部论证验收，正式成为中国呼吸疾病领域的首个国家重点实验室。

2011年，实验室顺利通过了国家重点实验室首次评估。

2012年，实验室被评为广东省呼吸医学工程实验室。

2013年，获批成立中国首批13家国家临床医学研究中心之一，广东省过敏反应与免疫重点实验室获批。

2017年，实验室以“优秀”的成绩通过了科技部第二个五年评估，广州呼吸中心奠基。

2018年，实验室研究方向提升拓展：在原有四大研究方向的基础上拓展为七大研究方向，广东省血管疾病重点实验室获批。

2019年，粤港澳大湾区呼吸疾病研究中心立项建设，粤港澳呼吸系统传染病联合实验室获批。

2020年，国家呼吸医学中心获批建设。

2020年，牵头参与广州实验室组建，广州实验室暨广州医科大学附属第一医院国家呼吸医学中心临床基地正式落成挂牌。

2023年，通过科技部国家重点实验室重组。

呼吸疾病全国重点实验室拥有1个国家呼吸医学中心，1个国家临床医学中心、1个国家临床药物试验机构，1个广东省呼吸医学工程实验室，3个广东省重点实验室（广东省呼吸疾病研究重点实验室、广东省过敏反应与免疫重点实验室、广东省血管疾病重点实验室），1个粤港澳大湾区呼吸疾病研究中心和1个粤港澳呼吸系统传染病联合实验室。

实验室拥有1个国家重点学科（呼吸病学）、5个国家临床重点专科（呼吸内科、重症医学、变态反应疾病学、肿瘤学和胸外科）和1个中医药管理局国家重点建设学科（中西医结合临床）。

呼吸科自2009年起连续13年蝉联复旦大学医学管理研究所组织的中国医院专科排行榜第一；胸外科连续7年前六名，2020年排名第四；变态反应科连续4年前三名，2020年排名第二；重症医学科连续6年华南地区专科声誉榜前二名。呼吸科自2014年起连续10年蝉联中国医院科技量值排行榜排行第一；胸外科连续6年前五名；变态反应科连续9年前四名，2020年排名第一；重症医学科2017年排名第十。

重大呼吸道传染病，从SARS到禽流感再到MERS，一直以来都危害民众身体健康的疾病。呼吸道病毒的感染可以导致严重的肺损伤，从而导致患者的死亡，为了更好的从临床和基础相结合研究重大呼吸道传染病所致的肺损伤的机制，提高临床救治率。呼吸疾病国家重点实验室设立了重大呼吸道传染病与肺损伤研究方向，聚集国内外知名的学者，承担了国家重点研发计划等多项重大科研项目，牵头或参与制订一系列国内外指南、规范和专家共识，共同探讨呼吸道传染病与肺损伤的基础研究和临床救治。本方向设立两个学组：呼吸道病毒与感染学组和呼吸疾病中西医结合防治学组。

呼吸道病毒与感染学组

呼吸道病毒与感染学组围绕重大的呼吸道病毒感染与肺损伤相关的基础和临床问题开展科学研究，以基础和临床相关结合的模式，促进基础的研究向临床转化应用，提高中国重大呼吸道病毒感染性疾病的临床防治率。

呼吸疾病中西医结合防治学组

呼吸疾病中西医结合防治学组围绕呼吸系统感染（病毒为主）的综合防治研究为主线，以现代中药和交叉学科研究为两翼，提升救治水平。

慢性阻塞性肺疾病（简称“慢阻肺”或COPD）是一种严重危害民众身体健康的常见病。其发病与吸烟、生物燃料和空气污染物暴露，病毒、细菌等病原体感染以及个体遗传变异等因素均有密切关系，这些因素间交互作用，共同造成气道和血管的慢性损伤，导致肺功能下降，呼吸困难、低氧，病变波及全身，引起患者运动耐量和生活质量下降。呼吸疾病国家重点实验室慢阻肺方向设立了两个学组，即慢阻肺学组和血管学组，汇聚了一批对中国和国际慢阻肺防控事业有重要贡献的中青年专家和学术骨干。

慢性阻塞性肺疾病学组

呼吸疾病国家重点实验室慢阻肺学组是教育部“长江学者”创新团队，是广东省“珠江人才”计划本土创新团队，2016-2018年期间共承担国家重点研发计划项目7项。

血管学组

呼吸疾病国家重点实验室血管学组正式成立于2018年，是整合原呼研所肺血管病研究团队、附二院心血管研究团队及基础医学院血管稳态研究团队资源后，战略重组的新的学组，学组定位为解决肺血管的重大生理机制及肺血管疾病的重大基础、临床问题。

支气管哮喘和慢性咳嗽方向承担了国家重点研发计划等多项重大科研项目，牵头或参与制订一系列国内外指南、规范和专家共识，积极开展哮喘和咳嗽防诊治综合研究，深入基层医疗单位进行指导和推广，促进基础研究与临床应用相结合。本方向设立两个学组：过敏性肺疾病学组和慢性咳嗽学组。

过敏性肺疾病学组

本学组以过敏性鼻炎和支气管哮喘的治疗与预防为主要任务，联合多学科合作进行疑难少见病诊治研究等为显著特色。

慢性咳嗽学组

本学组主要开展慢性咳嗽与支气管哮喘的诊治及发病机制研究，目前设有专科门诊、临床咳嗽实验室、基础实验室和新药研发平台等多个平台，编写首部中国《咳嗽的诊断与治疗指南》，开创了国内慢性咳嗽研究的新领域。

肺部肿瘤微创学组

肺部肿瘤诊疗与基础研究学组

肺纤维化与肺结核病研究方向是实验室于2018年7月新设立的研究方向。本研究方向承担多项国家级、省级、市级科研项目，在研项目经费达3900多万。研究成果被肺纤维化指南收录引用，参与制定多项肺结核病诊治专家共识，获得多项国内外发明专利。

肺纤维化学组

肺纤维化学组旨在对肺纤维化的发病机制、病程严重程度评估以及疾病诊断、治疗方法进行研究，建立一个在肺纤维化研究领域基础研究、临床诊治和技术咨询为一体的国际中心。承担多项国家级、省、市级科研项目，研究成果被全球特发性肺纤维化（IPF）诊治指南收录引用，得到国际同行认可。

肺结核病

呼吸研究成果产业化方向主要聚焦于呼吸道病毒感染疫苗、抗体药物、院感防控仪器等方向的基础与产业化应用；专注于肿瘤细胞免疫治疗，主要包括CAR-T细胞治疗和肿瘤治疗性疫苗的研发及产业化，以及创新型诊断试剂研发及产业化，特别是呼吸疾病诊治技术和产品的开发应用。生物医学工程学组主要研究开发具有生物活性及组织修复等功能的各类医用材料，同时研究新型生物医用纳米载体材料及医学影像技术。

呼吸相关仪器设备与药物研发和产业化

本学组主要聚焦于呼吸道病毒感染疫苗、抗体药物、院感防控等方向的基础与产业化应用；专注于肿瘤细胞免疫治疗，主要包括CAR-T细胞治疗和肿瘤治疗性疫苗的研发及产业化；以及创新型诊断试剂研发及产业化，特别是呼吸疾病诊断技术和产品的开发应用。

生物医学工程学组

生物医学工程学组隶属于基础医学院生物医学工程系，在陈晓明教授的带领下，主要从事生物医学材料相关科学研究与产品开发工作。课题组现有教授4人，副教授5人。近年来，获省重大和国家基金等项目18项，经费1000多万元，发表论文40余篇，获发明专利授权9件，实用新型专利权授权7件，出版专著1篇。关键技术主要包括：骨修复材料技术、药物缓控释技术、3D打印支架材料技术、超临界技术、MRI成像技术、多肽折纸技术等。

呼吸相关与交叉学科研究方向由以下五个学组构成：呼吸疾病与组织工程学组、呼吸药理学组、呼吸病理生理学组、呼吸免疫学组、环境污染与呼吸疾病学组。以呼吸相关基础研究及临床应用转化研究为核心和特色，从多角度研究呼吸相关疾病发病与治疗的分子机制。

《胸部疾病杂志》

Journal of Thoracic Disease（《胸部疾病杂志》；简称JTD；pISSN： 2072-1439；eISSN：2077-6624；月刊；www.jthoracdis.com），广州呼吸健康研究院（原广州呼吸疾病研究所）和呼吸疾病国家重点实验室的官方出版物，于2009 年12 月正式创刊，2011 年12 月被Pubmed／PubMed Central（PMC） 收录，2013年2月被SCI收录。由钟南山院士担任总编辑，广州医学院第一附属医院院长何建行教授担任执行总编辑，广州呼吸健康研究院（原广州呼吸疾病研究所）院长陈荣昌教授担任副主编。

JTD设数个专题编委组，分别为胸外科组、呼吸内科组、心脏疾病组、食管疾病组、乳腺疾病组、放疗组、肿瘤内科组、统计学组、医学人文组和医学论文写作栏目组。其栏目包括专家述评、论著、综述、病例讨论、医学继续教育等。主要刊登肺部疾病（肺部手术，呼吸医学），心脏、食管及乳腺方面，预防、诊断与治疗等最新研究进展。读者为从事胸部疾病诊疗的医生与研究人员，如胸外科、呼吸内科、肿瘤内科、放疗科和影像科等专业人员。

2015年6月19日，Thomson Reuters发布科技期刊引证报告（JCR 2014）,获创刊以来的首个影响因子1.783。

实验室《通讯》以各个课题组科研秘书/通讯员网络为基础，通过约稿和课题组自觉投稿的形式，将各个课题组的科研进展、技术创新、发表文章、学术交流等新闻动态作出综合报道，并在微信平台同步推送。《通讯》经过四年的常态化出版沉淀，现以形成固定的栏目与供稿来源，全面性地总结归纳实验室在各个季度的成果与产出。

根据《国家重点实验室建设与运行管理办法》，实验室通过实验室主任领导的室务会决策管理实验室。实验室室务会成员由实验室主任及各职能部门负责人组成。实验室设主任1名，副主任2名。

职能部门包括临床实验部、科研管理部、仪器设备部、实验动物部、综合办公室、科学城实验部。

临床实验部包括支气管镜中心、肺功能室、咳嗽室、呼吸病理中心、药物临床试验机构、红外室和统计室等临床检查和辅助科室。肩负临床检测项目、临床研究项目开展、临床药物试验研究、为临床及基础研究提供实验平台、负责本专科生、研究生、规范化培训及PCCM培训等医教研工作。负责人为赖克方教授。

科研管理部主要负责组织举办实验室各类型学术讲座，跟踪国家有关部委的科技政策及项目指南，协助部门主任组织科研项目申报、评审、进度考核及结题、以及实验室科研成果及科研奖励的统计，年度总结及科研档案管理。负责人为卢文菊教授。

对内处理实验室内部事务，对接实验室各相关部门；对外对接上级行政部门，具体工作职责包括：负责协调实验室的日常工作，具体的财务、人事管理和实验室门户网络的建设与维护等工作。

乘“十四五”东风，实验室将继续确保领先优势，努力建设成为呼吸疾病研究理论、技术和产品创新高地，重大呼吸疾病诊治基地，创新人才培养摇篮，国际合作交流中心，并为有效应对重大呼吸疾病、保障人民生命健康、维护社会经济稳定和国家安全提供强大科技支撑。