第三阶段，是以安阳殷墟文化为代表的商代后期。这时，方国联盟发展到十分成熟的阶段，商氏族居于中商大邑商之内，成了方国联盟的真正共主。而且在行政上，出现了地域管理的观念。商称商王与贵族所居的中商大邑商为内服，而中商以外的广大地区，按亲疏关系分为侯、甸、男、卫、邦伯五个层次，合称外服。开启了西周分封授土授民制度的先河。

关于商社会性质的发展，《尚书·无逸》篇给我们提供了一个很重要的历史信息，这就是在商氏族历史上，到商代后期的武丁、祖甲以后，商氏族才进入以父系相承为特征的宗法社会，而在武丁、祖甲以前，商氏族一直处于以同辈兄弟先后执政为特征的氏族社会。直到商代之亡，殷商贵族遗民仍然有以血缘关系为纽带的不同族团的大量存在。这是武丁、祖甲以前商氏族在继承制度上一直实行兄终弟及制的社会基础。

商代先王时期的社会性质及其世系继承制既然如此，则早于商代的先商先公时期，在社会性质上应该是氏族血缘族团关系更为盛行，其兄终弟及继承制更为普遍。所以，前文所拟定的先商先公世系表中，从冥、季开始以兄终弟及制为主要特征当有相当的可能性。不仅如此，从冥、季往前推，直到始祖夒时期，其世系则可能还表现为隔辈相传的祖孙继承制。

在先公世系中，上甲微—报乙—报丙—报丁之间可能亦存在着隔代继承的关系，父子之间是分族的。如果按照昭穆制的形式来分析，则上甲与报丙为昭，报乙与报丁为穆。徐中舒先生认为，周代的昭穆制正是以此为蓝本的。

图腾崇拜作为一种原始宗教信仰。在玄鸟生商的传说中，很难看到原始图腾崇拜的特征。“甲骨文绝不见以鸟为祈子求生对象”，因而“玄鸟”在商部族的心目中根本没有生育之神的地位。在甲骨卜辞中，反映出商代有祈子求生习俗，而且有确指的祈求对象，但这个祈求对象不是王亥，也不是其他男姓先公列祖，而是集中于妣庚、妣丙、妣壬、妣己、母庚这5位先公先王的配偶身上。其中妣庚是先公示壬的妻子；妣丙是大乙的王妃；妣壬配大庚或大戊；妣己配中丁或祖丁；母庚或称妣庚则是武丁的母亲。武丁之后，求祈时见不到了妣壬，所保留的四妣又规范为分主四方，结合进了商王朝国家形态下的四方观念，寄托对商邑及四方商宗族的永生和子孙后代永继永昌。但是，由于强加给商部族的鸟图腾崇拜观念的误导，致使有人竟把对王妣祈子的习俗也误解为母系社会影响因素，根本忘记了商代包括夏代均去原始社会已远的史实，更不知安阳殷墟所代表的已是高度发达的古代文明。

甲骨文与青铜器研究的逐步深入，已从根本上动摇了由“玄鸟生商”所衍化的鸟图腾崇拜观念，郭沫若先生从不认为玄鸟之“玄”是指黑色，而有神玄之意；虽有时也从玄鸟即凤凰之说，但更主张无论是凤凰也好，燕子也罢，神话中的鸟都是《水浒传》李逵口中所说之“鸟”。郭老的妙解显然为原始生殖崇拜之说。也有人联系到商部族的崇日习俗，提出“日中有乌”或“金乌载日”，提出“日就是鸟”或“太阳鸟”的说法，附会出商是认“鸟”作为皇天祖神的氏族，总不愿意离开“鸟”的范围去思想，而是继续不断地为强加给商的鸟图腾寻找新的材料证明。

纵观商代青铜器物上反映的制造使用者崇拜象征意义的各类动物纹饰，一种被北宋人命名并一直沿用至今的被称为“饕餮”的神怪动物纹，始终占居着最主导的位置，被饰于器物的主题位置。虽然这种神怪动物在器物上的形象表现是变化多端或多种多样的，但是，它的显著、尊崇地位始终主导着其它动物纹样。令人费解的是这种被称为“饕餮”的神秘纹样在周克商以后逐步变形后消失。与上述“饕餮”纹样形成鲜明对照的是鸟形纹样，在属于早商时期的郑州二里岗所出的青铜器中，从未见到鸟形纹；鸟纹最早出现在器物上，大约已到了殷墟中期，但直到殷墟晚期，鸟纹多数只作为辅助纹饰；直到西周初年，鸟纹开始作为主题纹饰，西周中期前后大盛；到了春秋晚期，周所分封的各诸侯国铸制的青铜器上，仍有不同形态特征的鸟纹样主题。“饕餮”纹与鸟纹二者之间鲜明的、因为商亡周兴朝代更替原因致使的兴衰过程，一定蕴藏着各自部族过去的和心灵的秘密与寄托，其图腾与崇拜象征意义不言自明。对于被称之为“饕餮”的这类神奇怪兽所表现的内涵，其宗教意义与象征意义，中外学者多有探讨，但无一例外都避开其图腾意义。