元代忽必烈尊西藏萨迦寺法王八思巴为“国师”，在蒙古地区传布嘛教，得到迅速普及，蒙古和内地都建了不少嘛庙。

明代中叶，格鲁派(又称黄教)取代旧教,统治全部蒙藏地区。明朝承认嘛教的统系，也在内地建造嘛寺院。

清代大力尊崇嘛教，在西藏实行政教合一，黄教首领达赖和班禅统治全藏；内外蒙古也册封活佛分别统管境内寺院。