根据四川省教育科学研究所(以下简称四川省教科所)的主要职能和上级有关部门核定的本所编制，现内设15个机构。四川省基础教育监测评估中心、四川省教育科学规划领导小组办公室、四川省教育学会秘书处3个机构挂靠本所。

(一)所办公室

综合协调全所政务、事务及各部门工作，负责文秘、人事、财务、资产及后勤管理等工作。按照教育行政部门规定，参与全省普通中小学教材选用管理相关工作。

(二)科研管理室

负责四川省教育厅普教科研资助金课题的立项评审、过程指导、结题管理;负责本所及本所教科研人员承担的省级以上课题的管理工作;负责全省教育科研成果的推广;承担全省教学成果奖评选的组织工作;承担四川省教育科学规划领导小组办公室的日常事务。

(三)教育发展与改革研究室

开展全省教育改革发展战略与决策研究和教育热点、难点问题研究工作;开展相关教育政策法规研究;开展中小学校发展咨询服务工作;负责调查研究、决策研究类课题的过程指导和结题管理;协助组织全省教学成果奖评选;总结推广教育发展与改革研究成果和经验，编印《科研与教育改革》;负责本所学术报告活动相关工作。

(四)义务教育及学前教育特殊教育研究室

负责全省义务教育、学前教育及特殊教育教学研究、指导、业务管理工作;负责义务教育、学前教育及特殊教育质量检测与评估工作;负责义务教育、学前教育及特殊教育课程改革的有关工作;参与中考改革研究，负责本所承担的义务教育、学前教育及特殊教育教师培训工作并开展与之相关的管理、研究、咨询、信息服务与资源开发工作;负责全省义务教育“以校(园)为本”教研制度建设工作;负责全省义务教育、学前教育及特殊教育课程资源和地方教材的开发工作;负责编辑出版《四川基础教育课程改革》杂志。

(五)普通高中教育研究室

负责全省普通高中教育教学研究、指导和业务管理工作;负责全省普通高中教育质量检测与评估工作;负责全省普通高中课程改革的有关工作并提出执行课程计划的建议;参与中考改革与普通高中招生制度改革研究、高考自主命题研究和普通高中学业水平考试研究等相关工作;负责本所承担的普通高中教师培训工作并开展与之相关的管理、研究、咨询、信息服务与资源开发工作;负责全省普通高中“以校为本”教研制度建设工作;负责全省普通高中课程资源和地方课程教材的开发工作;负责编辑出版《四川基础教育课程改革》杂志。

(六)德育与心理健康教育研究室

负责全省中小学德育研究、指导和评价工作;负责全省中小学心理健康教育教学研究、指导和评价工作。负责全省中小学品德与生活、品德与社会、思想品德、思想政治学科教学研究、指导和业务管理工作;负责全省普通高中课程改革思想政治学科的有关工作;参与中考改革与高中招生制度改革研究、高考自主命题研究、学业水平考试研究中的思想品德和思想政治学科相关工作;负责本所承担的中小学品德与生活、品德与社会、思想品德、思想政治学科及中小学心理健康教育教师培训工作，开展与之相关的管理、研究、咨询、信息服务与资源开发工作。

(七)体育与艺术教育研究室

负责全省体育、艺术(或音乐、美术)的教育教学研究、指导、业务管理工作和教学质量检测与评估工作;负责全省中小学体育、艺术(或音乐、美术)骨干教师培训工作;负责全省中小学体艺学科课程改革有关工作。

(八)技术教育研究与信息资料室

负责全省中小学技术类课程(信息技术、通用技术)教育教学研究、指导、业务管理工作和质量检测与评估工作;负责教育测量信息数据收集、统计工作;负责本所图书情报资料建设和管理工作;负责本所办公自动化系统的建设和管理工作;负责本所网站建设。

(九)职业教育与成人教育研究室(藏区免费中等职业教育教学研究室)

负责全省中等职业教育教学研究、指导和业务管理工作;负责全省职教学科与主要专业教学指导委员会的组织与管理工作;负责全省职业教育、成人教育骨干教师的培训工作;负责相关教育质量检测与评估工作;负责对口高职升学考试的研究等相关工作。

负责全省“9+3”教育教学管理、学校管理等的研究工作;参与“9+3”免费教育计划重大、重点问题的研究工作;总结藏区学生到内地中职学校学习的经验、指导各地搞好教育教学教研工作。

(十)民族教育研究室

负责全省民族地区教育政策、教育发展与改革研究工作;负责民族地区中小学教学研究、指导和业务管理工作。

暂与教育发展与改革研究室合署办公。

(十一)高等教育研究室

开展高等教育理论、实践与政策研究;协助政府相关职能部门在教育规划、教育评价、思想政治、党的建设、创新教育、教育现代化、教师继续教育、学科建设与院校管理等领域进行调查及决策咨询研究;搭建高教研究协同创新平台，促进我省高等教育改革与内涵发展，组织开展学术交流与成果推广等活动。

(十二)四川省基础教育监测评估中心办公室

负责组织开展基础教育监测评估理论、政策研究;负责基础教育监测评估指标体系的研发与应用;承办上级教育行政部门和省基础教育监测评估中心交办的其他事项。

(十三)四川省中小学教师继续教育四川省教育科学研究所培训中心办公室

负责开展全省教师发展研究，参与教师教育的各项决策研究;负责面向全省中小学(幼儿园)开展教师培训工作;负责对各市(州)教师培训机构开展业务指导，联络省外培训机构工作;负责承担并组织完成上级教育行政部门、业务部门下达的各种教师培训任务。

(十四)《教育科学论坛》编辑部

负责《教育科学论坛》杂志的编辑、出版、发行等相关工作。

(十五)《四川教育年鉴》编辑部

接受省教育厅《四川教育年鉴》编纂委员会和编辑委员会的领导，负责承办《四川教育年鉴》的组稿、编纂、宣传和交流等工作。

刘涛为四川省教育科学研究院院长；

曾宁波为四川省教育科学研究院副院长；

董洪丹为四川省教育科学研究院副院长；

陈立兵为四川省教育科学研究院副院长。

2021年9月26日，荣获全国教材建设先进集体称号。