《四库全书荟要》修成迄今已有二百余年，命运多舛。1860年，英法联军攻占北京，焚掠圆明园，藏于“味腴书屋”中的那套《四库全书荟要》被化为灰烬。而存于“摛藻堂”里的那套《四库全书荟要》，则一跃成为天壤间仅存的孤帙。但朝廷大内，宫禁森严，一般人无法涉足“摛藻堂”而得窥《四库全书荟要》。直到1924年，清逊帝溥仪迁出皇宫，民国政府组织清室善后委员会，清点故宫文物图书，才发现《四库全书荟要》依然尘封故处，安然无恙，触手如新。1937年抗日战争爆发后，国民党政府将此书运往重庆，1949年，又将此书运往台湾。