1859年，英法公使各率领一支舰队进京换约，清政府指定英法代表从天津北塘登陆进京，英法公使却依仗武力，率舰队蛮横闯入大沽口。驻守大沽口的清军开炮阻击，英法联军狼狈逃出大沽口。

在通州谈判时，双方使节因枝节问题发生剧烈争议，英国的无理要求被清政府拒绝，清政府将其一行39人扣押送往北京当做人质。

1860年10月6日，英法联军占领圆明园。从第二天开始，为了报复，英法联军军官和士兵就疯狂地进行抢劫和破坏。为了迫使清政府尽快接受议和条件，英国军队首领额尔金、英军名义统帅格兰特以清政府曾将英法被俘人员囚禁在圆明园为借口，命令米启尔中将于1860年10月18日率领侵略军三千五百余人直趋圆明园。

1860年10月6日，英法联军绕经北京城东北郊直扑圆明园，当时，僧格林沁、瑞麟残部在城北一带稍事抵抗，即行逃散。法军先行，于当天下午经海淀，傍晚即闯至圆明园大宫门。此时，在出入贤良门内，有二十余名圆明园技勇太监同敌人接仗。“遇难不恐，奋力直前”，但终因寡不敌众，圆明园技勇“八品首领”任亮等人以身殉职。至晚7时，法侵略军攻占了圆明园。管园大臣文丰投福海而死。

10月7日，英法侵华头目闯进圆明园后，立即“协派英法委员各三人合议分派园内之珍物。”法军司令孟托邦当天即函告法外务大臣：“予命法国委员注意，先取在艺术及考古上最有价值之物品。予行将以法国极罕见之物由阁下以奉献皇帝陛下（拿破仑三世），而藏之于法国博物院。”英国司令格兰特也立刻“派军官竭力收集应属于英国人之物件。”法英侵略军入园的第二天就不再能抵抗物品的诱惑力，军官和士兵们都成群打伙冲上前去抢劫园中的金银财宝和文化艺术珍品。

紧接着，破坏开始了。48小时里，圆明园成了一场“有组织劫掠”的目标。士兵们砸碎花瓶和镜子，撕下画幅和卷轴，他们破开仓库抢夺丝绸，并用这些珍贵的织品包扎马匹；他们裹上皇后的凤袍，口袋里装满红宝石、蓝宝石、珍珠和水晶。鲁西记载道：“两天内，我拿到了价值3000万法郎的丝绸、珠宝、瓷器、铜器和雕塑”，这是一场令人错愕而迷幻的狂欢，“就像是吸食大麻者的幻觉”。

据参与的目击过劫掠现场的英法军官、牧师、记者描述：军官和士兵，英国人和法国人，为了攫取财宝，从四面八方涌进圆明园，纵情肆意，予取予夺，手忙脚乱，纷纭万状。他们为了抢夺财宝，互相殴打，甚至发生过械斗。

因为园内珍宝太多，他们一时不知该拿何物为好，有的搬走景泰兰瓷瓶，有的贪恋绣花长袍，有的挑选高级皮大衣，有的去拿镶嵌珠玉的挂钟。有的背负大口袋，装满了各色各样的珍宝。有的往外衣宽大的口袋里装进金条和金叶；有的半身缠着织锦绸缎；有的帽子里放满了红蓝宝石、珍珠和水晶石；有的脖子上挂着翡翠项圈。有一处厢房里有堆积如山的高级绸缎，据说足够北京居民半数之用，都被士兵们用大车运走。

一个英国军官从一座有500尊神像的庙里掠得一个金佛像，可值1200英镑。一个法国军官抢劫了价值60万法郎的财物。法军总司令孟托邦的儿子掠得的财宝可值30万法郎，装满了好几辆马车。一个名叫赫利思的英军二等带兵官，一次即从园内窃得二座金佛塔（均为三层，一座高7英尺，一座高6.4英尺）及其他大量珍宝，找了7名壮夫替他搬运回军营。该人因在圆明园劫掠致富，享用终身，得了个“中国詹姆”的绰号。

侵略者除了大肆抢掠之外，被他们糟踏了的东西更不计其数。有几间房子充满绸缎服装，衣服被从箱子拖出来扔了一地，人走进屋里，衣物几乎可遮没膝盖。工兵们带着大斧，把家具统统砸碎，取下上边的宝石。一些人打碎大镜子，另一些人凶狠地向大烛台开枪射击，以此取乐。大部分法国士兵手抡木棍，将不能带走的东西全部捣碎。

然而，侵略者的恶行并非到此停止，根据法国人皮埃尔·马蒂埃的《从巴黎到八里桥》、埃利松的《翻译官手记》和帕吕的《远征中国纪行》等资料记载，10月7日下午，英法联军开始放火，圆明园大宫门外朝房被焚烧，时值西北风起，火势越发旺盛。10月9日，英法联军撤出圆明园后，清军才将大火扑灭，此次大火连续烧了三天。11月8日（农历九月二十五日），内务府大臣明善、内务府总管王春庆两人亲往圆明园详查情况，根据随后奏报的《明善奏查得圆明园内外被抢被焚情形折》记载，八月二十三日（10月7日），英法联军焚烧了圆明园的九洲清晏各殿、长春仙馆、上下天光、山高水长、同乐园、大东门等处。

与此同时，其他皇家园林的境遇又是怎样的呢？咸丰十年九月初三（10月16日），内务府大臣宝鋆在《宝鋆奏禁园被抢印信遗失折》中说，八月二十三日（10月7日），有200名侵略军闯入万寿山清漪园，“将各殿陈设抢掠，大件多有伤损，小件尽行抢去。”第二天，侵略军又冲进玉泉山静明园，抢掠一番。在这封奏折上，宝鋆还说：“静宜园（即香山），夷人并未前往，各殿陈设，照旧封锁。”可见，英法联军第一次侵入三山五园后，主要烧毁了圆明园，清漪园和静明园遭受了抢劫，但没有被焚烧。香山静宜园也许是距离的原因，英法联军没有到达那里。

1860年10月17日，英国人额尔金以清政府“不讲道义，不顾国际法”将抓获的18名英法“侨民”虐待致死为借口，发誓要焚毁圆明园，“作为对中国皇帝背信弃义的惩罚”。10月18日，额尔金下令火烧圆明园。于是，英国米启尔中将率领3500名英军蜂拥而入，圆明园第二次遭受大火。这次大火，火势猛烈，给圆明园带来极大损失。在其后的两天时间里，士兵们被分派到各个宫殿、宝塔和其他建筑中放火。尤为惨重的损失是帝国的图书及档案馆（指文源阁——译者注），约一万零五百卷图书档案，包括有关中国历史、科技、哲学及艺术最为稀世及精美的著作，都在额尔金的大火中灰飞湮灭。

由于不少楼阁由易燃的松木构筑，卷着松香的浓烟一连数日弥漫于北京北郊的天空。“再也没有一双眼睛能够见证另一个时代的艺术天赋和品位了”，英军随军牧师罗伯特·麦吉（Robert McGhee）这样写道，语气中毫无愧疚，“一个也不留，一栋房屋也不剩，让这里再无宫殿的痕迹吧。现在，咱们回北京去，大功已告成。”

事后据清室官员查奏，偌大的圆明三园内仅有二三十座殿宇亭阁及庙宇、官门、值房等建筑幸存，但门窗多有不齐，室内陈设、几案均尽遭劫掠。与此同时，万寿山清漪园、香山静宜园和玉泉山静明园的部分建筑也遭到焚毁。

据有关材料记载，10月18日，英国侵略军烧毁安佑宫时，因他们来得突然，主事太监又反锁着安佑宫的大门，所以，当时有太监、宫女、工匠等共300人，被活活烧死在安佑宫。

圆明园陷入一片火海的时候，额尔金得意妄行地宣称：“此举将使中国与欧洲惕然震惊，其效远非万里之外之人所能想象者”。放火的主使者把这种行径看作了不起的业绩，而全世界的正直人们却为这野蛮的罪行所激怒。

圆明园还在熊熊燃烧之时，奉命留守北京的恭亲王奕訢，就全部承诺了侵略者的一切条件。不久即分别与英、法、俄诸国交换了《天津条约》文本，签订了《北京条约》。这样，帝国主义列强霸占了中国的九龙半岛和北部的大片领土，勒索去1600万两白银的巨额军费赔款。

圆明园被毁后，仍为皇家禁园。同治年间在慈禧太后的授意下，曾试图择要重修。当时拟修范围为20余处共3,000多间殿宇，主要集中在圆明园前朝区、后湖区和西部、北部一带，以及万春园宫门区、敷春堂口清夏堂等处。

但开工不到10个月因财力枯竭被迫停修。此后，慈禧太后虽然修了颐和园，但并未完全放弃修复圆明园，直至光绪二十二年至二十四年，还曾修葺过圆明园双鹤斋、课农轩等景群。1900（光绪二十六年）年，八国联军入侵北京，慈禧太后挟光绪皇帝逃奔西安，京畿秩序大乱，八旗兵丁、土匪地痞即趁火打劫，把园内残存及陆续基本修复的共约近百座建筑物，皆拆抢一空，使圆明园的建筑和古树名木遭到彻底毁灭。

其后，圆明园的遗物，又长期遭到官僚、军阀、奸商的巧取豪夺，乃至政府当局有组织地损毁。北洋政府的权贵们包括某些对圆明园遗址负有保护责任者，都倚仗权势，纷纷从园内运走大批石雕、太湖石等，以修其园宅。诸如京畿卫戍总司令王怀庆、巡阅使（后贿选为民国总统）曹锟、步军统领聂宪藩、京师宪兵司令车庆云、公府秘书长王兰亨等都有此般劣迹，仅京兆尹（相当于后来的北平市市长）刘梦庚一人，在1922年秋季25天内，就强行运走长春园太湖石623大车、绮春园云片石104大车。

当时先后驻防西苑一带的陆军十三师、十六师、国民军十一师、东北军五十三军、宋哲元二十九军等。都曾强行拆除圆明园围墙，私行出售砖石，或用以圈建西苑操场。颐和园、中山公园、燕京大学、北平图书馆等处，也相继运走大批石件。

20世纪30年代初，在翻建高梁桥经海淀至玉泉山的石碴公路时，经北平市特别政府批准，将圆明园南边（4800米）和东边的虎皮石围墙全行拆除，砸成石碴用以铺路。于此前，还多次公开变价批卖园内的大城砖、虎皮石和云片石，乃至西洋楼残存的大理石石柱等，这样终至圆明园沦为一片废墟。

火烧圆明园无疑是历史上最为野蛮恶劣的文化毁灭行为，或许亚历山大大帝图书馆的焚毁及哥特部落践踏罗马可以与之相提并论。法国人当时就已指出，这就如同卢浮宫和法国国立图书馆同时被毁。而且，这一暴行是两个国家所谓“教化”非欧洲世界的代表性行为。火烧圆明园充分说明了这一行动的伪善及其种族主义根基。在欧洲文明国家间，此类文化毁灭行为甚至在战争期间都是不可想象的，但中国显然未被包括在这一道义原则之内。中国人没有忘记这个教训，它在今天仍记忆犹新。

法国大文豪雨果于1861年对圆明园做出这样的评价：“你只管去想象那是一座令人心神往的、如同月宫的城堡一样的建筑，夏宫（指圆明园）就是这样的一座建筑。”人们常常这样说：希腊有帕特农神殿，埃及有金字塔、罗马有斗兽场，东方有夏宫。这是一个令人叹为观止的无与伦比的杰作。”

火烧圆明园这场浩劫，正如法国著名作家雨果所描绘和抨击的那样：有一天，两个强盗闯进了夏宫，一个进行抢劫，另一个放火焚烧。他们高高兴兴地回到了欧洲，这两个强盗，一个叫法兰西，一个叫英吉利。他们共同“分享”了圆明园这座东方宝库，还认为自己取得了一场伟大的胜利。

有评论说：一代名园圆明园的毁灭，既是西方侵略者野蛮摧残人类文化的见证，也是文明古国落后了也会挨打的证明。