中国人民银行深圳市中心支行前身是1984年成立的中国人民银行深圳经济特区分行，1998年根据人民银行大区行体制改革更名为中国人民银行深圳市中心支行。

中国人民银行深圳市中心支行积极推动香港人民币业务于2004年2月正式开办。根据中国人民银行授权，中国人民银行深圳市中心支行为香港人民币业务提供具体清算安排，并于2006年2月在中银香港设立了人民币发行基金代保管库。

2023年8月18日，中国人民银行深圳市分行挂牌，恢复省级分行制度，省内原有的城市中心支行更名为市分行。