2000年2月，国家乳业工程技术研究中心正式挂牌成立。

1980年，黑龙江省纺织工业研究所成立。

2000年，根据《深化省属科研机构体制改革的实施意见》要求，黑龙江省纺织工业研究所纳入黑龙江省首批转制科研院所，逐渐转变成自收自支事业单位。

2001年9月，黑龙江省经济贸易委员会根据黑龙江省人民政府省长办公第55次会议纪要，决定组建黑龙江省亚麻集团有限责任公司，黑龙江省纺织工业研究所作为全资子公司划归黑龙江省亚麻集团管理。

2005年12月23日，黑龙江省纺织工业研究所由黑龙江省经济贸易委员会托管。

2006年4月11日，东北农业大学同意作为黑龙江省纺织工业研究所主管单位。

2009年3月，黑龙江省纺织工业研究所整体划归东北农业大学管理，仍属正处级事业单位。

2013年4月，由黑龙江省大豆技术开发研究中心、黑龙江省乳品工业技术开发研究中心、黑龙江省纺织工业研究所合并组建黑龙江省绿色食品科学研究院，对外挂国家大豆工程技术研究中心、国家乳业工程技术研究中心牌子。

据2024年1月研究院官网数据，黑龙江省绿色食品科学研究院拥有长江学者1人、万人计划入选者3人、国际食品科学研究院院士1人、国务院特殊津贴获得者3人、国家优秀青年科学基金获得者1人、科学技术部中青年领军人才3人、全国“五一劳动奖章”获得者1人、黑龙江“头雁行动”带头人1人、龙江学者特聘教授3人、“龙江学者”青年学者1人、龙江科技英才1人、黑龙江省杰出青年科学基金获得者6人、黑龙江省“五四”青年奖章获得者2人、黑龙江省教育厅青年创新人才2人。

长江学者特聘教授：姜毓君

国家“万人计划”领军人才：姜毓君

国家杰出青年科学基金获得者：隋晓楠

国家优秀青年科学基金获得者：隋晓楠

科学技术部中青年领军人才：姜毓君、陈庆山

全国“五一劳动奖章”获得者：姜毓君

黑龙江“头雁行动”带头人：陈庆山

龙江学者特聘教授：陈庆山

龙江学者青年学者：隋晓楠

黑龙江省杰出青年科学基金获得者：陈庆山

黑龙江省“五四”青年奖章获得者：隋晓楠

（注：名单不全）

据2024年1月研究院官网数据，黑龙江省绿色食品科学研究院拥有17个国家及省部级科研创新平台。

国家级工程中心：国家乳业工程技术研究中心、国家大豆工程技术研究中心、国家乳业技术创新中心

国家级科研平台：国家乳业加工技术研发分中心、国家大豆加工技术研发分中心、寒地小浆果开发利用国家地方联合工程研究中心加工分中心

国家级中试平台：大豆传统制品加工集成科研基地、干乳制品加工技术集成科研基地

国家级技术创新合作组织：乳业产业技术创新战略联盟、大豆产业技术创新战略联盟

国家级技术创新合作组织：国家乳制品质量监督检验中心、食品企业质量安全检测技术示范中心、全国乳品标准化中心、全国乳品工业信息中心

科技部人才平台：乳业创新人才培养示范基地

教育部重点实验室：乳品科学教育部重点实验室

国家博士后科研工作站：国家乳业工程技术研究中心博士后科研工作站、国家大豆工程技术研究中心博士后科研工作站

省级研究平台：食品工艺工程实践创新平台、食品分析测试共享中心、共享东北农业大学食品学院科研平台

院属科研机构：大豆加工技术研究中心、乳品加工技术研究中心、中试示范中心、食品标准与检测中心

2020年9月1日，黑龙江省绿色食品科学研究院与对青鹅业集团有限公司签约共建对青鹅业（食科院）发展研究中心。

据2024年1月研究院官网数据，黑龙江省绿色食品科学研究院先后获得过国家科技进步二等奖2项、中国食品科学技术学会科技创新奖技术发明奖一等奖1项、中国食品科学技术学会科技创新奖—突出贡献奖1项、省技术发明奖一等奖2项、省科技进步一等奖1项、省技术进步奖二等奖2项、三等奖1项、省长特别奖1项、省自然科学奖二等奖1项。

《中国乳品工业》是由国家轻工业联合会主管，黑龙江省绿色食品科学研究院（原黑龙江乳品工业技术开发中心）主办的自然科学类专业期刊。杂志专注于乳品科学研究及应用技术的报道，注重对行业的前沿领域和交叉学科领域方面的追踪，内容涵盖畜牧养殖，生物技术，发酵技术、机械设备、食品加工及营养学等多领域。

《乳品与人类》杂志是由中华人民共和国新闻出版总署、正式批准公开发行的优秀期刊。创刊于2001年，为双月刊，现主管单位为东北农业大学，由黑龙江省绿色食品科学研究院（原黑龙江乳品工业技术开发中心）主办。栏目包含特别策划、乳业透视、国际传真、公司报道、市场观察、营销策略，对中国乳业市场竞争态势、营销战略及乳业发展方向进行独到的深入剖析。

《大豆科技》原刊名《大豆通报》，1993年创刊，是在中国大豆泰斗王金陵先生、王连铮先生等老一辈专家的积极倡导和推进下创办的。为《中国核心期刊（遴选）数据库》收录期刊、《中国学术期刊综合评价数据库》统计刊源期刊、《中国期刊全文数据库》全文收录期刊。先后获中国北方优秀期刊奖、第二届黑龙江省期刊出版奖、黑龙江省期刊出版单位政府奖、黑龙江省服务社会主义新农村建设贡献奖”等荣誉，并连续被政府《农家书屋重点出版物推荐目录》收录。

《黑龙江纺织》创刊于1977年（季刊），是中国国内公开发行的纺织科学技术类期刊，原主办单位黑龙江省纺织工业研究所是国家亚麻工艺技术研究中心，期刊所发表论文依托黑龙江省内亚麻纺织优势资源，面向全国，所发表论文内容以亚麻纺织工程技术为主，兼顾棉、毛、丝、化纤等纺织工程技术，以及印染、服装等工程技术研发，现为东北农业大学主管、黑龙江省绿色食品科学研究院主办。

截至2020年10月，黑龙江省绿色食品科学研究院是经过省级资质认定部门认证的实验室（CMA），拥有805个参数。检测能力范围覆盖了婴幼儿配方食品、动物源性食品、矿泉水、食用植物油、酒类、肉制品、蔬菜制品、方便食品、饮料等近30大类食品类别。检验参数包括食品中营养成分、维生素、矿物元素、农药兽药残留、食品添加剂、真菌毒素、食品污染物及微生物指标等，覆盖了理化及微生物领域的检验项目。

黑龙江省绿色食品科学研究院院徽背景为绿色，中央为英文G，代表绿色，外环为研究院中英文名称。

指针：粮头食尾、农头工尾

2023年12月5日，由黑龙江省绿色食品科学研究院主办的2023年黑龙江省暨哈尔滨市食品安全宣传周—食安龙江护民生“校园行”主题活动在东北农业大学图书馆一楼报告厅举办。