1997年，西千佛洞文物保管所成立。

2014年，设立敦煌石窟监测中心。

2016年12月，甘肃省人民政府决定，将由甘肃省文物局管理的天水麦积山石窟艺术研究所、永靖炳灵寺石窟文物保护研究所、庆阳北石窟寺文物保护研究所整建制划归敦煌研究院统一管理。

2023年9月，由敦煌研究院发起的“敦煌艺术研究中心”成立；11月，敦煌研究院金昌市文化遗产联合研究中心在甘肃省金昌市揭牌成立。

2024年8月23日，2024·石窟寺保护国际论坛上，敦煌研究院与多个共建“一带一路”国家相关文博机构签署备忘录，共同推进文化合作。根据备忘录内容，敦煌研究院将与乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦、斯里兰卡、柬埔寨的相关文博机构，围绕文化遗产保护、学术研究和文化交流等方面开展合作。

据2024年1月研究院官网信息显示，敦煌研究院下设保护研究部、人文研究部、艺术研究部、文化弘扬部，并设有12个业务部门、11个管理服务部门、5个直属事业单位、7个文化企业。是国家古代壁画与土遗址保护工程技术研究中心、古代壁画保护国家文物局重点科研基地、甘肃省敦煌文物保护研究中心的依托单位。

院属业务部门：保护研究部（保护研究所、敦煌石窟监测中心、文物数字化研究所）、人文研究部（考古研究所、敦煌文献研究所、编辑部、敦煌学信息中心）、艺术研究部（美术研究所、敦煌石窟文物保护研究陈列中心）、文化弘扬部（融媒体中心、文化创意研究中心、档案馆）

院属管理服务部门：办公室、人力资源处、科研管理处、计划财务处、审计处、保卫处、总务处、国际合作与交流处（港澳台处）、兰州分院办公室、监察室、工会委员会

院属事业单位：麦积山石窟艺术研究所、炳灵寺文物保护研究所、榆林窟文物保护研究所、北石窟寺文物保护研究所、西千佛洞文物保护研究所

院属文化企业：敦煌莫高窟旅游服务公司、甘肃恒真数字文化科技有限公司、敦煌研究院文物保护技术服务中心、敦煌艺术公司、甘肃莫高窟文化遗产保护设计咨询有限公司、甘肃鸿文敦煌艺术研修中心、甘肃敦煌魂文化艺术传播有限公司

截至2021年6月，敦煌研究院职工总数为1507人。

“文物保护杰出贡献者”国家荣誉称号获得者：樊锦诗

全国文化系统先进工作者：樊锦诗

全国文物系统先进工作者：苏伯民、陈港泉

国务院政府特殊津贴专家：樊锦诗、苏伯民、郭青林、李正宇

文化名家暨“四个一批”人才：苏伯民

国家“百千万人才工程”入选者：郭青林

大国工匠年度人物：李云鹤

全国优秀科技工作者：汪万福

甘肃省拔尖领军人才：汪万福

甘肃省领军人才：樊锦诗、苏伯民、汪万福、郭青林、杨秀清

甘肃省宣传文化系统“四个一批”人才：于宗仁、汪万福、吴健、张先堂

科技部中青年科技创新领军人才：郭青林

文化和旅游部优秀专家：赵晓星

文化部文化产业先进个人：汪万福

国家文物局“文物保护优秀青年计划”入选者：于宗仁

甘肃省优秀青年文化人才：赵晓星

2021年3月19日，腾讯与敦煌研究院共同签署新三年战略合作协议，助力敦煌文物深度数字化保护。

2022年5月24日，敦煌研究院与甘肃省广播电视总台、敦煌市签署战略合作协议。

2023年9月7日，敦煌研究院与读者出版集团签署战略合作框架协议签约仪式在莫高窟举行。

2024年9月，敦煌研究院与上海美术馆联合主办的“何以敦煌”敦煌艺术大展在上海开幕。

1995年，敦煌研究院获国家文化部、国家人事部授予的“全国文化先进集体”称号。

1998年，敦煌研究院获国家文物局、国家建设部、中国联合国教科文组织全委会授予的“中国世界遗产保护管理先进单位”荣誉称号。

2010年，在巴西召开的世界遗产委员会第34届会议上，莫高窟被誉为“有效保护与可持续旅游管理方法的典范”。

2017年1月，敦煌研究院荣升国家一级博物馆。

2020年1月，敦煌研究院文物保护利用群体获中共中央宣传部授予的“时代楷模”称号，获中共甘肃省委宣传部授予的“感动甘肃·陇人骄子”称号。

2023年9月，敦煌研究院获联合国教育、科学及文化组织（UNESCO）授予的杰出贡献奖。

2024年1月，敦煌研究院文物保护团队被授予“国家卓越工程师团队”称号。

2024年4月，敦煌研究院获得“2023年度十大著作权人(作品综合类)”称号。

截至2020年，敦煌研究院参与国家重点研发计划1项，参与甘肃省文博单位文物安全风险评估体系建设设计示范应用研究2项，完成院辖六处石窟的13项文物保护工程，修复各类壁画病害近400平方米，修缮彩塑70余身。成功申报10项国家重点研发项目、国家重点研发课题和国家自然科学基金课题，同时参与3项国家重点研发课题的研究任务，获批研究经费总额达4300余万元。推动8项地方标准编制，促进文物行业标准化发展。完成壁画数字化方案设计22项，彩塑三维重建数字化方案设计5项，洞窟前期勘察24项等基础工作，涵盖了除石窟寺以外的大遗址、长城、古建筑等不同类型文物；承担国家级、省部级以及院级课题总计14项；有序推进可移动文物数字化，拍摄和扫描白描稿、佛教铜造像等240余件。

截至2020年，敦煌研究院完成考古报告初稿1卷，完成《敦煌石窟内容总录》的修订，完成考古报告方案编制工作1项。完成瓜州县锁阳城塔尔寺遗址发掘面积600平方米。推进莫高窟第172窟整窟复原临摹项目、东千佛洞壁画临摹项目（二期），临摹独幅壁画、创作岩彩画及泥版画28幅，雕塑作品2件。完成专著20部，发表学术论文127篇。开展省部级及以上课题58项，完成2项国家社科基金课题的结项验收；新立项国家重点研发计划项目3项，国家社科基金项目5项，院级课题24项。授权技术专利10件，其中发明专利2件、实用新型专利8件。

截至2020年，敦煌研究院参与国家重点研发计划1项，参与甘肃省文博单位文物安全风险评估体系建设设计示范应用研究2项，完成院辖六处石窟的13项文物保护工程，修复各类壁画病害近400平方米，修缮彩塑70余身。申报10项国家重点研发项目、国家重点研发课题和国家自然科学基金课题，参与3项国家重点研发课题的研究任务，获批研究经费总额达4300余万元。推动8项地方标准编制，促进文物行业标准化发展。完成壁画数字化方案设计22项，彩塑三维重建数字化方案设计5项，洞窟前期勘察24项等基础工作，涵盖除石窟寺以外的大遗址、长城、古建筑等不同类型文物；承担国家级、省部级以及院级课题总计14项；拍摄和扫描白描稿、佛教铜造像等240余件，有序推进可移动文物数字化。

《敦煌研究》是敦煌研究院的院刊，创办于20世纪80年代初，于1981年和1982年出版了试刊第一期和第二期，1983年出版创刊号。1986年作为季刊定期发行，2002年改为双月刊发行。至2021年底为止，该刊出版正刊190期，特刊8期，共发表敦煌学相关的各类文章3900余篇，内容涉及到敦煌学的所有专业，除了对敦煌学领域，还对中国佛教考古、美术史研究、历史研究、古代汉语、古代民俗学、古代科技、音乐舞蹈研究、文物保护研究等领域产生了深远的影响。

《石窟与土遗址保护研究》是敦煌研究院主办的中文学术期刊（季刊），于2022年创刊。该刊重点围绕中国国内外石窟寺、土遗址、科技考古等方向的基础研究和实践应用，主要栏目有石窟寺保护、壁画保护、土遗址保护、科技考古、文物数字化、保护材料与工艺、文化遗产保护理论、保护与修复案例、遗址考古等。

敦煌研究院管理的世界文化遗产：敦煌莫高窟、天水麦积山石窟、永靖炳灵寺石窟

敦煌研究院管理的全国重点文物保护单位：瓜州榆林窟、敦煌西千佛洞、庆阳北石窟寺

敦煌研究院院徽分别为红色和黑色，左侧为敦煌莫高窟，右侧为研究院的中英文名称。

工作方针：保护、研究、弘扬

莫高精神：坚守大漠、甘于奉献、勇于担当、开拓进取

2023年12月2日，长安十二时辰主题街区联合敦煌研究院莫高学堂举办“2023·唐潮节之从敦煌到长安”系列活动。