1986年，以高知县县政府及和其沿线多个自治体（地方政府）等集资所组成日本第三部门铁道，以便承接日本国有铁道特定地方交通线中村线的后续营运。后来透过“国铁再建法”，再投得宿毛线及阿佐线的兴建权。

开业初期，公司的营运未如理想。其中，1998年及2005年先后发生了两次重大的铁道事故，更令资金出现经紧拙，经营环境更见恶劣。后来他们聘请了原任职近畿日本铁道的寺田敏春为社长，并进行一系列精简开支政策，包括采用“上下分离分式”管理资金。

2002年，土佐黑潮铁道邀请高知县出身的著名漫画家柳濑嵩（即面包超人画图者）为公司进行形象推广，设计了一连串的卡通人物及为列车设计图案，引入观光式走廊列车等，随着阿佐线近年的收入有所提升，令公司这几年的整体状况稍为好。