根据九广铁路公司对沙中线的建议，土瓜湾站会和马头围站合并，命名为马头角站。但在2007年7月的运输及房屋局的合并方案建议中，重新建议兴建土瓜湾站。然而，因应启德发展计划中可能兴建大型体育场馆，土瓜湾站的设立有可能影响到体育场馆的人流管制安排，因此，土瓜湾站的兴建细节仍会受该计划影响。

2009年5月21日，香港多份报章报道港铁推出马头围至启德一段走线之修订土瓜湾站将改设于世运道对出的启德新发展区边陲（约于旧启德机场原址之临时停车场），而车站出入口将接驳北帝街、太子道西、亚皆老街及真善美村一带。新走线更靠近马头围及九龙城旧区，方便更多区内市民使用东西线。

2009年10月，有消息指出土瓜湾站可能改名为“宋王台站”。

在2010年11月刊登宪报的沙田至中环线铁路方案中，土瓜湾站和马头围站是东西线上十个车站中的两个。