敌军很优待依纳爵，用担架送他回家，他到了老家，从邻近邀来的内科医生，一致认为应当再度动手术，调查碎骨的位置。这次的手术是很痛苦的。施行手术后，伤势恶化。到了圣伯多禄圣保禄二位宗徒瞻礼的前夕，医师认为假如到了半夜还没有转机，就一定要死了。午夜，病势好转，数天后脱离危险。

依纳爵腿上的碎骨结接起来了。可是，膝盖下有一根骨横跨在别一根骨上，那只腿就短了一些，而且那一根骨过度隆起，很不美观。依纳爵那时还没有脱掉虚荣心，再度请医生施痛苦的手术。医生用锯把隆起的骨锯去，再用夹板的方法，恢复腿的长度。这个痛苦的手术，经过了漫长的时期，依纳爵住在病房。为了消磨漫长的光阴，叫人找几本英雄传奇的书来。可是罗耀拉的堡屋里，一时找不到这一类的书，人们就递了一本《耶稣传》和一本《圣人言行》给他阅读。

依纳爵看书的原来目的，不过是为了消磨光阴，不料越看越有味，就一天到晚看下去。《耶稣传》和《圣人言行》所叙述的事迹，圣人的各项德行，高超的人格，深深打入依纳爵的心坎。他向天主道：“这些圣人们也是凡人，同我没有什么分别；他们既然能够抵达这样高超的境地，为什么我就不能够呢?”他认识过去的生活太无聊了。一个人活在世上，决不是为了谋取短短数十年的功名福乐，世财世福太虚幻，不能满足我们的心灵，能满足我们心灵的目标只有一个：无限美善的天主。

依纳爵恍如大梦初醒，他不再迟疑，立下决心，向这最高的目标进发，步诸位圣人的后尘，仿效他们的德行。他开始痛哭过去的罪过，克苦自己的身体。天主的圣宠已在这位武士的灵魂上产生作用，一个伟大的任务，正等待着这位伟大的人物。

有一天晚上，圣母显现给依纳爵，光彩夺目，手里抱着圣婴耶稣。这次的神视，给他很大的神乐。伤势一痊愈，就启程往蒙沙利瞻拜圣母圣龛。他在蒙沙利圣龛三里外的蒙莱沙城，逗留了一年，默想祈祷。

好景不常，继神乐神慰之后，一连串的恐惧、疑虑侵袭依纳爵的心灵。他在祈祷中找不到安慰，严斋苦行不能给他任何鼓舞，整个灵魂沉浸在恐怖忧苦中。无论做什么事，都担忧有犯罪的危险。就在那一段时期，他将亲身经历的事实记述下来，作为日后撰写的那部不朽名著《神操》的资料。

渐渐地，他的心灵恢复平安，充满神乐。经过了这一段波折，他对诊疗灵魂的“多疑病”亲身有了经验。日后辅导人灵，纠正这一类的病症，更觉游刃有余。

1523年2月，依纳爵身上穿了苦衣，颈上挂着一尊苦像，胸间怀着一帧圣母七苦像，徒步踏上巴塞罗那大道。到了巴塞罗那，依纳爵行乞度日。一来为了乞取他的日粮，二来为了募集旅费，到巴勒斯坦朝圣。有一天，一个人见他仪态华贵，服装破烂，厉声叱责他说：“你一定是一个甘入下流，不成器的东西!”依纳爵很谦恭地答道：“你说得对。我是个浪子，我是个大罪人。”那人听了这几话，深为感动，急忙向他谢罪。

依纳爵搭船横渡地中海，在罗马过了复活节。8月到了圣地，瞻拜各著名朝圣处所后，1524年回到西班牙。

从那时起，依纳爵发愤读书。对一个32岁的人，读书并不是一件容易的事。可是依纳爵有毅力。他在巴塞罗那研究了两年文学，转入亚加拉大学，攻读伦理学、物理和神学。他住在贫民收容所里，每天靠乞讨度生，穿的是一件灰色的粗布长衣。

依纳爵为小孩们讲解要理，劝化许多冷淡的教友。他不计侮辱，渴慕神贫，热心救灵，向圣德的峰顶迈步走着。

当局怀疑他淆惑人心，散布不正确的言论，将他逮捕。详细调查后，证明他确是一位有圣德的人，便下令释放。

依纳爵恢复自由后，赴法国，一路上赤足步行。1528年2月到了巴黎，他在这个学府中心的巴黎住了七年。最初两年在蒙德瞿学校研究拉丁文学，又在圣女巴尔伯公学研究了3年半的哲学。依纳爵在学校里，一面读书，一面不忘劝导同学每主日专务念经祈祷和各项善功。教师怕学生荒废学业，唆使校长对依纳爵公开惩罚。依纳爵向校长说明操务善功和读书毫无冲突。校长听了，一言不发，拉了依纳爵到礼堂，当着众学生的面，向他谢罪。

1534年，依纳爵修完大学课程，考取文学硕士学位。那时他已是四十三岁的中年人了。

那时，参加依纳爵举办的神操者，共有6人：方济各沙勿略、西满罗德利葛、伯多禄法华、雷尼、沙墨隆、尼各老巴伯弟拉。在不同的时间，这6个青年，热忱地做了30天神操后，决定献身事主，准备领受神品圣事。

1534年依纳爵和这6位青年，热心祈祷，恳求天主光照他们的明悟。反复思考后，一致决定：毕业后，誓守神贫，誓守贞洁，誓往巴勒斯坦劝外教人归化；假如赴巴勒斯坦的计划无法实现，就共去罗马，请求教宗指定任务。他们一致通过：择定圣母升天瞻礼，为他们的神圣宣誓日。

1534年8月15日圣母升天瞻礼，他们在巴黎致命山集合。伯多禄法华刚在同年7月12日领受铎品，所以那天的弥撒由他举行。领圣体时，依纳爵发了三圣愿，然后，他们从法华手里，领了耶稣圣体。依纳爵列入圣品之后，人们在这个历史性的地点，铺设了一块嵌壁的大铜板，上面铭刻了如下的文词：“以依纳爵为父，以巴黎为母的耶稣会，诞生于此。”

依纳爵继续用各项神修善功训练他的同伴。不幸，1535年春季，依纳爵因健康关系遵医生的命，返故乡休养。他不肯住在自己的堡屋里，在贫民收容所栖身。

两年后，大家在威尼斯集会。那时，依纳爵的同志已增至10人，准备向巴勒斯坦进发。可是威尼斯和土耳其处于战事状态，航运停顿。到各地传教的计划无法实现，就一同到罗马朝觐教宗保禄三世。教宗对他们优礼有加，准他们领受神品。他们都领受了神品，在举行首次弥撒圣祭前，作一次热心的准备。他们大约在这年8月或9月举行首祭。依纳爵准备了整整一年，才举行首祭。

大家决定派依纳爵、法华和雷纳三人，到罗马觐见教宗，表示愿听教宗驱策，接受教宗指定的任何工作。大家也决定：假如人们问起他们属于哪个团体组织，就答说是：耶稣会，因为他们在耶稣的旗帜下，团结一致，击溃罪恶。

依纳爵偕同法、雷二氏走进拉沙德小堂。正当祈祷时，他突见圣父圣子站在他的面前，圣子身上背着一个笨重的十字架。圣父对圣子说： “我要你收纳这个人做你的佣仆。”圣子向依纳爵说：“我要你做我的佣仆。”圣父又说：“我将在罗马支持你。”

三人到了罗马，觐见教宗保禄三世。教宗选派法华到上智大学教授士林哲学，雷纳教授圣经，依纳爵在罗马用神操的方法，辅导人灵。他们虽然意大利话讲得不纯熟，然而他们有的是满腔的神火，言语的隔膜，丝毫不影响他们的传教成绩。

为了使他们的工作永久继续下去大家决定创办一个正式修会。除了神贫、贞洁二圣愿以外同时加发服从的圣愿，借以更美妙地效法吾主谦逊“服从至死”的精神。大家也决定公推一位总会长，总会长是终身职，全会会士均应绝对服从。耶稣会完全隶属教宗管理，服从教宗的命令。同时又决定在三圣愿外，加发第四个圣愿：为了拯救人灵，绝对服从教宗委派，往任何地区工作。会士应献身从事各项爱德善功，主要的爱德善功，是向儿童或其它人士讲解天主的诫命。

会章起草完成，呈请教廷审查批准。1540年9月27日，教宗保禄三世颁诏正式核准耶稣会成立。依纳爵被公推为第一任总会长。依纳爵坚决推辞，后来遵从听告解司铎的命令，才接受任命。1541年耶稣复活节，依纳爵就任耶稣会总会长。复活节后第一个星期五，依纳爵和他的同志们，同去朝拜罗马的七座大殿。到了城外的圣保禄大殿，他们互相告解。依纳爵在苦架小堂举行圣祭。领圣体前，依纳爵把圣饼放在圣盘里，右手拿着一纸誓词，在他的同志前宣读：“我依纳爵·罗耀拉，在全能天主，和他的地上的代表：教宗，在殊福童贞圣母和天朝诸圣前宣誓：依据吾主耶稣会的通牒，以及现在和将来会典规定的生活方式，确守永久的神贫、贞洁、听命圣愿。此外，我宣誓服从教宗通谕中所载的使命。”依纳爵拿起圣体，领入心中。在“吁告吾主”，“怜悯汝等”，及“卑污罪人”后，雷纳等都上前跪念誓词，并且从他们的领导手中领了圣体。

法华在拉底图本听到依纳爵当选总会长和耶稣会士在圣保禄大殿发愿的消息，非常兴奋。圣母往见瞻礼后第8日(1541年7月9日)，他在圣母堂内，领圣体前，朗诵誓词。次日，把那篇亲手写的誓词，寄呈总会长谦虚地求他收录自己为耶稣会士。

巴伯弟拉奉教宗保禄三世的命令，往德国传教。路过罗马时，他在圣保禄大殿中，也在圣依纳爵手里矢发了圣愿。自那时起，圣依纳爵常驻罗马，治理这个日趋庞大的修会。他在罗马营建了一座收容所，专收容信奉圣教的犹太教徒。他也创建了一座堕落女子的慈善机构。有人说：“这些女子真心改过的很少。”依纳爵道：“假如我吃了千辛万苦，只要能阻止一个人犯罪，我也心满意足了。”

1540年，方济各·沙勿略和罗德利葛，由会方派往葡萄牙传教。沙勿略又由葡萄牙往东印度传教，向亚洲民族传扬福音。二位耶稣会会士派往北非摩洛哥传教。过了不久，刚果、阿比西尼亚，葡属南美洲都有耶稣会会士的踪迹。这些传教士出发前，依纳爵郑重叮嘱他们务须谦逊，切勿炫弄才学，对贫苦的人，尤应充分发挥博爱精神。

教宗保禄三世召集脱利腾会议，邀请耶稣会会士出席参加，任神学顾问。

在这个新生的修会团体中，人才辈出，最著名的，在欧洲方面，首推圣伯多禄·加尼削，他被奉为教会圣师，在亚洲方面，有圣方济各·沙勿略。

耶稣会在圣依纳爵的英明领导下，全力提倡学术。耶稣会会士圣方济各·玻尔日亚在罗马创办了罗马大学。这座学校的规模与水准，堪称首屈一指。圣依纳爵命各地耶稣会的大学均应奉这座罗马大学为模范，师资和设备必须是第一流的。耶稣会的各项学术机关，如雨后春笋，相继在各地设立。

远在1542年，耶稣会会士已在英国展开传教工作。第一批在英国遇难而荣列真福的殉道烈士中，耶稣会会士有26位之多。

那时候，圣依纳爵和他手下耶稣会会士，针对誓反教的活动，在英国展开著名的反改革运动。这运动分为对内对外两部分。对内全力整顿和巩固教会内部，充实教会的力量，对外全力与誓反教斗争。耶稣会是誓反教的克星，耶稣会会士遏阻和击溃了誓反教的势力。他们以讲道和其它方法，争取了千千万万的异教徒。圣依纳爵敦嘱会士必须以基督的博爱精神对待异教徒。

圣依纳爵对圣教神修生活最伟大的贡献之一，是他手着的那部不朽名著：《神操》。这书是依纳爵在蒙莱沙时开始撰写的。1548年在罗马出版。这部神修巨著的精神，与其它圣人的著作，基本上是一致的。退省默想原是教会人士常用的进攻工具，可是如何运用这神修工具，依纳爵有独特而且灵验有效的具体方法。这些方法，是修德成圣的捷径。数百年来，有志神修的人，采用《神操》，莫不事半功倍，获得惊人的成绩。

这确是一部有益人灵的神修名著。

圣依纳爵是一位伟大的领袖人物。他非常爱护下属，待会士如亲生子女一般，照顾他们灵魂和物质方面的各项需要。他虚怀若谷，接受批评，从不拘泥个人的主观见解。他异常注重学术，鼓励会士研究学问，利用学术完成荣主救灵的使命。可是他绝对痛恨恃才傲物的作风，认为德行比才学更重要，宁可无才，不可无德。

圣依纳爵最杰出的德行是：爱德、爱天主、为天主而爱人，依纳爵常说：“主呀，除了你以外，我还想要什么。”真的爱德是以行为来表现的。他为天主而辛劳，为天主而受苦。“愈显主荣”(Ad Majo rem Dei gloriam简化为AMDG人们普遍使用)四字，是圣依纳爵的座右铭。

圣依纳爵担任了耶稣会总会长15年。在这15年内，会士人数由10人增至1000人。分院遍设欧洲九国、印度和巴西等地。1556年7月31日，这位伟大的耶稣会领袖与世长辞。

依纳爵于1662年荣列圣品。教宗庇护十一世，封他为神修和退省的主保。

在今天，耶稣会所办的大学和中学，何止千百。所培植的学生有20余万，会士人数本世纪上半叶已达3万。