垣恭祖，略阳桓道（今陕西南郑）人，南朝宋将领垣护之次子，勇果有父风。

宋明帝泰始二年（466年），晋安王刘子勋僭号，宋明帝遣沈攸之率郭季之及辅国将军步兵校尉杜幼文、宁朔将军屯骑校尉垣恭祖、段佛荣等三万人，诘旦进战，奋击，大破之，斩获数千，追奔至姥山而反。酬功，授垣恭祖为左军将军，梁、南秦二州刺史。泰始三年（467年）春正月，张永足指亦堕，与沈攸之仅以身免，垣恭祖等为魏军所虏。

宋孝武帝孝建元年（454年），南郡王刘义宣反。兖州刺史徐遗宝，垣护之妻弟也。远相连结，与垣护之书，劝使同逆，垣护之驰使以闻。徐遗宝时戍湖陆，垣护之留子垣恭祖把守历城，自率步骑袭徐遗宝。

祖父：垣苗，宋文帝屯骑校尉。