埃克尔斯1925年毕业于墨尔本大学，在罗氏奖学金的资助下前往牛津大学深造并于1929年获哲学博士学位。1937年，埃克尔斯返回澳大利亚，在二战军事部门服务。战争结束后，埃克尔斯在新西兰奥塔戈大学任教授。1952年至1962年，他又在澳大利亚国立大学任教授。1963年，埃克尔斯获得诺贝尔生理学或医学奖和年度澳大利亚人奖。1966年，埃克尔斯移居美国。1968年起在纽约州立大学布法罗分校任教直至1975年退休。退休后，埃克尔斯移居瑞士。1997年，在洛迦诺逝世。