公元970年，法蒂玛王朝在开罗建造第一座宣传什叶派思想的清真寺。由执掌政教大权的哈里发亲自任命教法家主持宗教事务，并从宫廷拨专款支付费用。法蒂玛王朝大法官努尔曼常在该寺亲自召集知名学者，讨论什叶派教法问题。

980年，法蒂玛王朝大臣亚尔古布本·克力斯亲自确定并领导37名教法学家为爱资哈尔清真寺的专职教师，研究教学法问题，采用讲座形式进行教学，传播伊斯兰思想和科学文化。同时朝廷出资为教师建造住宅，按月由国库拨款发给固定工资，并为来自埃及农村、叙利亚和伊拉克地区的求学青年修建房屋。这样，爱资哈尔大学于988年正式开学。学习的基础科目为伊斯兰法律、神学、阿拉伯语。

在法蒂玛王朝（909～1171）统治埃及的两百多年中，爱资哈尔曾是宣传什叶派教义思想和进行教育及学术活动的中心，因之使开罗取代了巴格达的学术文化地位而成为世界伊斯兰文化的中心。

1171年法蒂玛王朝瓦解后，埃及阿尤布王朝素丹萨拉丁将其确立为逊尼派的教育阵地和阿拉伯一伊斯兰学术的中心。

12～13世纪，爱资哈尔的学科增多，吸引了各方著名教授、学者、文豪和著作家前来讲学，世界各地穆斯林学子亦纷至沓来，求学深造。爱资哈尔进一步发展成为具有较大规模的伊斯兰教育、研究中心。

18世纪至20世纪初，法国拿破仑军队和英国殖民主义者先后入侵埃及，爱资哈尔屡遭破坏，大量伊斯兰文物被毁，遂使爱资哈尔成为埃及教育界反对侵略，争取民族独立斗争的思想宣传阵地。

19世纪恢复哲学课。19世纪后期，爱资哈尔长老穆罕默德·阿布笃对其经院式的古老教育制度和教学方法进行了全面的改革，使学科设置增多，教学内容、方法和教学设施焕然一新。以后校舍进一步得到扩建，大学与大寺逐步分开，统一管理。已发展为自成独立教育体系的综合性伊斯兰大学。

20世纪60年代经改组引入现代大学体系，开设医学、工程、科学、农学、教育、商业等专业课程。另设有十几所学院以及语言与翻译研究所、伊斯兰与阿拉伯高等研究所等科研机构。1962年开始招收女生，并为妇女专门办了一个学院，开设医学、科学、商业和艺术等课程。在奈塞尔建有分校。

传播阿拉伯和阿拉伯民族的学术、思想遗产；

保护、研究、传播伊斯兰文化遗产和伊斯兰贤哲的思想主张，并对各民族行使伊斯兰使命承担责任；

加强同伊斯兰世界包括阿拉伯各国在伊斯兰教义、教法、文化、阿拉伯语言和《古兰经》研究等方面的联系。

该校设“爱资哈尔长老”（副总理级职衔）1人，其最高行政领导机构是“大学委员会”。

该委员会由大学校长（委员会主席）、副校长、各院系主任、埃及国家高等教育部代表、非伊斯兰研究院3名研究员和有教学经验的3名教授等人员共45人组成。

其任务是：对学校系统的教学、科研非行政组织、管理制度等重大问题进行决策。

大学委员会下设8个技术委员会为职能机构，分工管理各项工作。爱资哈尔大学制定了包括教育方针、培养目标及教学、科研和行政管理的法规《爱资哈尔法》，并办有综合性伊斯兰学术月刊《爱资哈尔杂志》。对生活困难的学生给予奖学金。

爱资哈尔大学的学位制分学士（4～5年）、硕士（2年）、博士（2～12年）3种。根据规定，未获得该校学士学位者不得在该校攻读硕士学位，攻读博士学位者亦要有该校硕士学位证书。

伊斯兰基础学院的课程主要有：《古兰经》与古兰学、圣训与圣训学、教义学、伊斯兰哲学、逻辑学、道德功修、西方语言学等。

伊斯兰法学院的课程主要有：《古兰经》、圣训、伊斯兰教法基础、逊尼派四大法学派教法、法律学科入门、宪法观点、伊斯兰立法史、阿拉伯语等。

医学院、商学院、工学院、农学院等一般院系的课程，按规定除开设各自专业课程外均要开设《古兰经》、圣训、教法3门宗教课程。毕业考试时宗教课不及格者不能毕业。

爱资哈尔大学现共有36所学院，开罗有14所：伊斯兰基础学院、伊斯兰宣教学院、伊斯兰研究与阿拉伯语学院、法学院、商学院、农学院、工学院、阿拉伯文学院、医学院、牙医学院、语言与翻译学院、教育学院、科学院、制药学院。

另在开罗建有女子学院1所，设有伊斯兰研究系、商学系、阿拉伯语系、医学系、基础科学系、人文学研究系、欧洲语言文学系等。

在开罗以外其他城市有22所：主要分布在亚历山大、索哈杰、阿西尤特、坦塔、少尔库姆等地，包括伊斯兰基础、宣教、伊斯兰研究、阿拉伯语等学院和女子学院。该校建筑规模庞大，各学院均设若干系，有教学楼、图书馆和其它辅助设施。