1936年春天，莫拉加入了前军事领导人荷西·桑胡霍将军所组织的西班牙军事联盟，计划推翻西班牙第二共和国，并在国内替桑胡霍造势。内战爆发后，莫拉成为国民军重要的指挥者，在桑胡霍因为飞机意外而死后，国民军的指挥权即分为北部的莫拉和南部的佛朗哥将军，之后莫拉国民军南下进攻马德里，并发起几场大型战役。