托管费通常按照基金资产净值的一定比例提取，逐日计算并累计，至每月末时支付给托管人，此费用也是从基金资产中支付，不须另向投资者收取。

基金的托管费计入固定成本。基金托管费收取的比例与基金规模和所在地区有一定关系，托管费收入与托管规模成正比。在一些国家和地区，托管人也通过提供绩效评估、会计核算等增值性服务来扩大收入来源。托管费从基金资产中提取，费率也会因基金种类不同而异。新兴市场国家和地区的托管费收取比例相对要高。托管费年费率国际上通常为0.2%左右。我国封闭式基金按照0.25%的比例计提基金托管费，开放式基金根据基金合同的规定比例计提，通常低于0.25%；股票型基金的托管费率要高于债券型基金及货币市场基金的托管费率。我国规定，基金托管人可磋商酌情调低基金托管费，经中国证监会核准后公告，无需因此召开基金持有人大会。