嘉靖十八年（1539年）闰七月，明世宗升任夏邦谟为都察院右副都御史，督理粮储，同时兼任巡抚应天等地方。

嘉靖十九年（1540年）六月，兵科都给事中冯亮等人参奏海盗充斥，但巡抚都御史夏邦谟没有向上报告，玩寇费职，不应该置之不理。部批复遵照圣旨，全部按照冯亮的建议办，责成夏邦谟捉拿消灭海盗，不允许他坐视误事。十一月，崇明盗贼秦璠、黄艮等在海沙出没，劫掠造成危害，副使王仪大规模率领船队，与他们作战失败，明世宗以夏邦谟玩忽职守，命夏邦谟戴罪立功，会同总兵官汤庆协同调度指挥，弹劾期限剿灭海盗。一个月后，汤庆率领官军出海口与盗贼作战，盗贼聚集二十八艘船来迎战，敌人则败退而去，于是追赶斩杀秦璠等人二百余人，夺获二十艘船只，余党逃向远方躲藏起来。明世宗大加赞扬，并升任汤庆为署都督同知，夏邦谟加俸禄一级。

嘉靖二十一年（1542年）二月，明世宗升任夏邦谟为南京户部左侍郎。

嘉靖二十二年（1543年）五月，夏邦谟举荐池州府知府柯实卿，说他把豪民徐正本等人绳之以法，人心称快，请求提拔他。随后，巡按御史江浚上奏弹劾柯实卿，说他残暴凶猛，富家徐正本无罪却受到伤害，都为之震惊，请求罢免他。于是，吏科都给事中沈良才等人上奏说夏邦谟与江浚两人的说法相互矛盾，这样做不仅破坏了选拔举荐官员的制度，而且极大地破坏了法纪。他们认为这不仅关系到民情、政体，而且影响很大。因此建议应命令接任的抚按官员审查核实后上报，吏部按照他们的意见照办。十一月，应天巡抚喻茂坚、巡按陈与音审查明池州府知府柯实卿所审理的重要犯人徐正本等人，家财巨万，世代助长凶恶。柯实卿敢于承担责任，让奸猾的罪犯受到应有的惩罚，但他刚愎自用，嫉恶太过分，不免因偏执而造成处理过当。夏邦谟根据他的处理结果而举荐他，江浚抓住他偏执这一点而弹劾他，虽然情况各有原因，但事情处理上显得轻率。请将柯实卿抓捕审查按照法律处理，对江浚量加处罚，夏邦谟给予责备，徐正本交由衙门从重处理。明世宗说：“柯实卿既然能为一方除掉大害，就宽恕他，改为调到其他府用。”江浚被扣除两个月的俸禄，夏邦谟则不再追究，其余按议定的办。

嘉靖二十三年（1544年）十一月，明世宗将夏邦谟调任为户部右侍郎，提督操江。

嘉靖二十四年（1545年）三月，夏邦谟以考察时自陈请求辞职，明世宗让他像以前一样供职。四月，明世宗升夏邦谟为户部左侍郎，调任抚治郧阳。

嘉靖二十五年（1546年）三月，夏邦谟升任南京户部尚书。

嘉靖二十六年（1547年）九月，明世宗调任夏邦谟为户部尚书。

嘉靖二十七年（1548年）二月，明世宗停止耕种耤田，派遣尚书夏邦谟祭祀先农之神。四月，夏邦谟等人因为孝烈皇后梓宫将要出殡，请求供给途中以及坟墓所在地所需的各种费用。明世宗认为称坟不合规格，责令他们说明情况。夏邦谟等人回答说：“错误出自工部，臣等一时失察。”明世宗责备他们属于懒惰和欺骗，说他们又把责任推到别人身上。诏令夺去夏邦谟以及侍郎李士翱的俸禄一个月，郎中张旦的俸禄三个月。

嘉靖二十八年（1549年）七月，夏邦谟三年考核期满，明世宗派遣宦官赐给新钞、羊肉和酒。九月，明世宗将夏邦谟改任为吏部尚书。起初，闻渊已经离职，适逢推举礼部尚书徐阶，明世宗不同意，命令再推选，于是选用夏邦谟。十一月，南京科道官郑维城、杨顺等人联名上奏章弹劾夏邦谟谄媚攀附，贪婪乖戾，刚刚改任铨曹，与人们的期望不符。奏章下发有关部门，夏邦谟上疏为自己辩护，并请求辞职，未获批准。

嘉靖二十九年（1550年）八月，夏邦谟等人陈奏十八件事，大致是请求录用贤能，申明赏罚，清理补充营所空缺的人员，查访关厢入城的百姓，整修大政以保卫仓库场地，发出德音以安定反叛作乱的人。明世宗采纳了这些建议并加以推行。夏邦谟等又上疏称人心惶恐时，皇上不亲自上朝听政，接见群臣，不足以维系人心、振奋威武，而这些都被部议没有提及。十月，俺答兵临京郊，请求通贡，沈炼坚决反对，严嵩很奇怪，而问夏邦谟，夏邦谟为了迎合严嵩，就斥责沈炼说：“你为什么这样多话？”沈炼用目光威摄他说：“大官们闭口不言，所以小吏才多话，而且不说主辱臣死吗？”

嘉靖三十年（1551年）正月，沈炼弹劾夏邦谟说：“吏部尚书夏邦谟名义上是公室之臣，实际上是私门之吏，大事要事先对严嵩说明然后才敢执行，小事要写信通告严世蕃而后才敢办理，因贿赂而得到官位。”请求将严嵩、夏邦谟罢斥掉，以谢天下，明世宗袒护夏邦谟，没有执行，反而将沈炼贬职。三月，南京给事中张承宪等人以考察拾遗的身份弹劾吏部尚书夏邦谟，明世宗没有搭理。不久，夏邦谟致仕归乡。

嘉靖四十三年七月十九日（1564年8月25日），夏邦谟去世于家中，终年八十一岁，赐祭葬如例。

夏邦谟早期为官时多有德政，在德州时，一切财赋的收入和支出，他都亲自过问和监督，杜绝了地方官贪污挪用的弊端；在户部时，他持论公正，不依附权贵，因此遭受排挤，后来被贬为两淮运判。在两淮富庶的地方，权势者贪污成风，豪族巨贾霸道横行，连官府都不敢过问，但夏邦谟将其绳之以法，打击了权贵巨商们的气焰。虽然权贵们企图伺机报复，但最终因为找不出他的差错而未能得逞。在道州时，他积极倡导推行一条鞭法，每年为朝廷节省上万两银子，又相对减轻了人民的负担，这为张居正后来在全国范围内改革赋税法提供了借鉴。

但是，夏邦谟晚年期间，没有坚持自己的初心，而是选择依附严嵩，并间接导致名臣沈炼的死亡，从而身败名裂，为后人所诟病。

明世宗朱厚熜：夏邦谟、王学夔、周伦皆巡抚重臣，玩寇殃民。（《明世宗实录》引）

沈炼：吏部尚书夏邦谟名为公室之臣，实则私门之吏，大事面白嵩而后敢行，小事书通世蕃而后敢发始也。（《明世宗实录》引）

万规夏随

据《广西通志》记载，万潮在广西任职期间，因丧事而离职了，夏邦谟代替万潮行使藩政事务，完全沿用万潮的方法。有人说：“为什么不多宽松一些呢？”夏邦谟说：“财物宝物储藏的地方，怎么能不慎重？我看到万公不宽容但很严厉。”最后沿用这种方法办理政务，最终与万潮齐名。

《世宗肃皇帝实录·卷五百三十六》