多边净额的主要运作特点是：对于某个交易者在某一天就某个证券的买卖进行净额轧差。交易者在某一交易日就某个证券可能会有多笔交易，其中有买有卖，而对方当事人可能有多个，但是在当日净额轧差处理结束时，该交易者并非就所有的交易与所有的对方交易者进行清算，而是由结算机构对多个债权债务进行互相冲抵，交易者只对结算机构产生一个债权或债务。

相对于全额结算，多边净额结算大大减少了结算处理量，提高了市场运行效率，降低了市场参与者的风险。大多数证券市场采取了多边净额结算模式，我国大部分证券交易也采取了这种结算方式。中国证券登记结算有限责任公司承担着中央结算机构的角色，为参与人提供多边净额结算服务。