康熙五九年，并列入官方春秋祭典，自此奠定了大天后宫卓尔不凡的尊贵地位。

后来乾隆、嘉庆年间都曾进行过整修。

日据时期，因原管理单位“三郊”益发衰微，大天后宫在年久失修、颓败不堪的窘境下，一度面临被拍卖命运，就在千钧一发之际，恰好台湾总督府文教局的官员来台南视察古迹，与拍卖竞标人在大天后宫不期而遇，在了解大天后宫历史背景后，向上级呈报，下令停售，才解除一场文化危机。

1946年，台南新化大地震，大天后宫也遭波及，乘整修之便，信徒决议拆除原有的木栅门面，并在单檐三线脊上加一假四垂顶，以增加气派，成为现今所见的庙檐景象。1985年，大天后宫以其历史与文化地位，被列入台闽地区一级古迹迄今。

大天后宫主要可分成四大部分，三川殿、拜殿、正殿、后殿，称之为“四进”。栩栩如生、尺寸硕大的妈祖神像是本宫最大的特征，是约300年前一位大陆泉州师傅所做，可说是台湾泥塑雕像的代表之一。

一般庙宇门上皆绘有门神，而大天后宫为了显示天后的尊贵，不绘门神，改以门钉替代来装饰。大天后宫由于地位崇高，所以历代名人所贡献的匾额不胜枚举，尤其历代帝王御笔亲题的匾额，更是深具历史价值。

拜殿左右两边的墙上分别嵌有两块古石碑，其中施琅将军于康熙24年（公元1685年）所立的“平台纪略碑”是现在台湾所保存的最早清碑，书写攻台之经过、安抚民心及善后处理的方法。大天后宫具有丰富的建筑特色与历史文物，穿梭其间，宛如置身艺术殿堂，令人有如获至宝的感觉。

由于台南大天后宫改建于明朝的王府，富丽堂皇，威严显赫，极尽古宫殿的豪华壮丽。气派及特色自然不同于其他的一般庙宇。加上历代官府整修保护，文物保存较多。庙中神像佛像多为名家雕塑。

来到正门前，首先看到的是门前一对石狮，刻工精细，造型独特。入口大门高而威严，并没有传统庙宇的彩绘门神，却装有许多突起的木质乳钉，两侧是由花岗岩雕刻的八骏马和龙虎图，雄浑粗犷。正殿前有一丹墀石壁，雕有飞龙，踏波腾云，颇有气势，为其他庙宇所罕见，充分显示帝王建筑的风格。

大天后宫为三进门式。由大门朝里望，透过三进逐次升高的天井和房舍狭长的空间，可以遥见那香烟缭绕、金黄帷幕下的全身妈祖神像。妈祖慈眉善目，神态安详。据说妈祖原来是粉红面，但经百年来受香火的薰绕，现在看到的妈祖已成了黑色的“香烟面”了。两旁配祀千里眼、顺风耳二将的泥雕，表情细腻，体态生动，古铜色的肌肤、一块块突起的肌肉，显得极为凶猛威严，雕刻精细入微，栩栩如生，实为雕刻精品。两边的神龛里还供奉着东、西、南、北四海龙王和水仙尊王。神奇古怪，嶙峋不凡，也都被烟薰成了黑脸。这些都是与海上的航海、救难有关的神。该庙还有一个特色就是除了正殿的妈祖称为大妈外，还配有所谓的“二妈”、“三妈”的妈祖神像，造型仅为大妈的一半，脸色为粉红色，两眼张开，与妈祖神像眼睑呈下垂状不同。

大天后宫各殿布置雅洁，具有古宫殿的气派，石雕、木雕的柱、窗、梁都有很高艺术价值。如宫中的柱子变化就很多，有圆柱、方柱、八角柱，上面刻写了不同字体的槛联。柱子底下安基的石珠也有方形、圆形、八角形、鼓形、梅花形、莲花座形等多种变化，并且刻有各式各样的美丽浮雕。在第二进的后面有一个水井，称为龙目井，至今仍有甘泉。

台南大天后宫还有许多古碑、古匾、古联等珍贵的文物。据说单单古匾就有200多块，平时无法全部挂出来。最宝贵的是雍正皇帝所赐的“神昭海表”、咸丰皇帝的“德侔厚载”、光绪皇帝的“与天同功”等御笔匾。还有三官大帝神龛上同治四年的“一六灵枢”匾，色泽乌黑，雕有云纹，书法俊秀，十分引人。古碑有施琅的《平台记略碑记》、《靖海将军侯施公功德碑记》、《重修天后宫增建更衣亭碑记》等8块。庙中还存有清代时期所铸的铜钟、香炉。