九月二十五日，杜文秀被推为“总统兵马大元帅”，升坛授命，授吕藩为军师，马金保为中军将军，杨荣为骠骑将军，刘纲为平东将军，陈义为镇西将军，马良为平北将军，朱开元为平南将军，蓝金喜为奋勇将军，杨德明为左翼将军，宝文明为右翼将军，马天有为前军将军，马朝珍为后军将军，张子经为总理军机正参军，马国忠为总理军机左参军，马印图为总理军机右参军。马安国为都掌教，管理伊斯兰教事务。此后又陆续设官授职。大抵武职为将军、大将军、都督、中郎将、翼长、领军、指挥、先锋、统制等，文职为参军、大参军、参议、参谋、主政、主簿、司务等；又有大冢宰为文职之最高领导，大经略为武职之长，有大司马为军事要员，承审司为司法之官。任用之人，开始以回民为多，其后则汉人之数目大增。对各少数民族旧有之土司根据其原来职位之高低授以抚夷大都督、抚夷大将军、宣政司、副宣政司等职。做到“外连夷长，内结汉民，进无异心，退有余地”①。宣布起义军的纲领：“遥奉太平天国南京之号召，革命满清。”

杜文秀手订《管理军政条例》，内有关于帅府执行5 条，关于镇守官吏执行14 条，关于军令执行28 条，关于行营23 条①。略见其政治建树之大概。

一、保举官员，须审查才能，酌量功勋。果然堪授此职，方可保举前来。亦须循序渐进，勿得越级滥保。若有不论才能功勋，或私自受贿，或亲故滥行保举，实属不重名器。一经查觉，本人罢职，该保举官滥保一员，降一级，二员降二级；如至十员以上，罢职。

二、地方税课，旧有例者，方准抽收。不得私加名目，妄自征收。如土产等类，亦不准勒逼抽取。违者，一经查觉，小者记过，大者参处。

三、府厅州县各衙门内，不须多养闲人。至六房书吏，两班差役，以及门房签押各行，须择忠厚明白者用之。一切猾吏，不准任用，以为民害，并量其事之轻重劳逸，每月分别等第，给以工食，不准私索民间分文。如有私索一两至五（十）两者，杖一百追赃；自十两以至二十两者，杖二百，追赃抄家；自二十两以至五十两者，拟绞；至一二百两以上者，拟斩。

四、文武官员，无论镇守地方，或攻开地方，不准估娶民间妇女，为妻作妾。违者，罢职。

五、发兵征讨地方须委统带官一员，如元帅亲临。所有各将官，无论何职，务须听号令，勿得违抗。如违，准管带官按所订军令认真惩办，而统带官亦须秉公提调，量能委派，不得于所喜之人委以平顺之事，故意使之成功；亦不得于所恶之人，委以凶险之事，故意使之获罪。如违，实属存心偏袒，有负委托至意，应参处拿问。

六、带兵官经过投诚地方，如有擅入村寨，妄动一草一木，奸淫吓诈等情，查出，不论官兵，均枭首示众。

七、族分三教，各有根本，各行其是。既同营干事，均宜一视同仁，不准互相凌虐。违者，从重治罪。

八、官兵如经过文武庙宇，不准驻扎。违者，治罪。

杜文秀深受清廷实行的反动民族政策之害，从永昌惨案和丙辰惨案中他认识到，直接下令杀害回族人民的罪魁祸首是清廷各级官吏，挑拨回汉“互斗”的也是清廷，汉族人民也“同受其害”，是无辜的。

杜文秀为此制订和执行了正确的民族政策，大力改善回汉关系，加强民族团结。他“重用汉人”，“不分汉回一体保护”，“回人犯罪较汉人定罪加严”。在他的297 名统属官职中，汉、白、彝、景颇、僳僳、纳西等族官员就有284 名，回族官员仅13人。文职36 名内阁参军中，大都为汉、白族。十八大司中汉族有大司寇李芳园，大司成梁国玉，大司略董飞龙；白族中有大司卫姚得胜；彝族有大司防李文学。杜文秀指出：“至若迤西，回之受职者数千，汉之受职者数万。”大理政权军队中，“汉兵十之七八，回民（兵）十之二三。”他对汉族和其他少数民族的风俗习惯和宗教信仰十分尊重。杜文秀在民族政策方面用力最勤，效果最突出。民族问题在当时当地是最不好解决的问题，杜文秀成功地解决了。从而实现了回、汉、白、彝、纳西、傣、僳僳、景颇各族人民联合反清的政治局面，为大理政权坚持18 年奠定了坚实的基础。

杜文秀依李芳园的建议，“改正朔，蓄全发，易衣冠”。废除府厅州县制，把属地改为64 四，每设大使1 人（镇守使）、参军1 人（州县官）、主簿1 人（管财务）、承审司1 人（管司法）。进而严明法制，廉洁吏治，稳定了社会秩序。传说，当时滇西“偷盗绝迹，夜不闭户”。

杜文秀采取了一系列恢复和发展生产的措施。对发展农业、商业、矿业、手工业生产极为重视。兴修水利，发贷耕牛、籽种给农民耕种。农忙季节则避免大量调动军队和征调夫役。规定“田赋征粮米，除丁银”。“地方税课，旧有例者方准抽取。不得私加名目，妄自征收”。“每年征粮一次，其余大小苛敛一律豁免”。并轻征商税招徕外地商人、商贩和手工业者免税；在交通要道或险要地带派兵保护，以利外地商人通行。

在外商贸易之地设立专门办事机构；对进入滇西货物数量及其价值进行登记，如其在境内被盗或遗失，由地方当局负责赔偿；整修道路，促进滇西与四川和缅甸之间的贸易；在大理南门外、永昌、腾越等地设立行店和货栈为商人提供方便。滇西地区商业和手工业发展较快，一些城市的商品经济比较发达。大理城内呈现出一片繁荣景象，滇西地区“百姓安居乐业”。

伊斯兰教受到了保护，还有了一些发展。掌教阿訇有一定的地位，有的大掌教直接参与政事②。文秀下令修复了各地被清军毁坏的清真寺，在大理城内新建了几座清真寺，各清真寺设立“经馆”，聘请著名经师担任“经馆教谕”、“训导”，发展经堂教育，培养伊斯兰学人。同治元年（1862）刊刻《古兰经》，名曰《宝命真经》，这是中国历史上第一部《古兰经》刻本。自咸丰六年（1856）杜文秀得大理建立政权，延揽人才，励精图治，扩充军队，向四方发展。经11 年之久，至同治六年（1867）十月，大理政权已奄有云南之半。

昆明西之镇南、姚州、赵州、弥渡、宾川、云南、邓川、浪穹、云龙、丽江、鹤庆、剑川、永昌、永平、龙陵、腾越、顺宁、云州、缅宁、永化、蒙化、大姚、姚安、广通、中甸、维西、禄丰、安宁；昆明南之思茅、普洱；昆明北之罗次、武定、元谋、禄劝，均已归大理政权掌握。其最盛时已占有云南53 座城池。昆明东之曲靖、寻甸，表面上受云南政府的任命，实际上暗中听从杜文秀的指挥。贵州方面，则有金万照、张翎翔、马河图等，占据新兴府及普安厅所属各州县。陕西、四川方面，则有蓝大顺、蓝二顺、蓝朝鼎等先后攻至绵竹、西安。这几方面都是大理政权的别动队。此时大理政权几乎掌握西南各省。

咸丰六年（1856年），大理政权建立伊始，提督文祥奉朝廷命自姚州向大理进发。都司何有宝奉恒文命西上，与文祥会师。何有宝骁勇当前锋，所向披靡，从镇南直攻至红岩、赵州，距大理30里。杜文秀亲率大军前往迎敌。暗派吕藩诱说何有宝之子自清。文祥拟诱捕何有宝父子斩之。何有宝杀捕者，远遁。杜文秀挥兵掩杀，文祥营溃乱，退回镇南。清军第一次西征，被杜文秀击败。

十年（1860）二月，提督褚克昌倾师西犯，连陷姚州、大姚、云南等县后，又分兵进攻红岩、弥渡、宾川。大理震动。杜文秀亲率大军于红岩、赵州对敌，急调扬威大都督蔡发春于云州星夜来援，乘其不备，相继克复红岩、弥渡、云南县等要地。时迤东南友军马如龙率领东南回民义军赴迤西援助，自曲江出发，取道通海、.峨（峨山），出易门，入南安州（今双柏）。宜良汉族诸生李芳园亦率部由安宁经易门至南安州，联合攻取广通县，进占楚雄，截断褚克昌后路。褚克昌粮运不济，军心动摇。七月，蔡发春攻克褚克昌的宾川大营，褚克昌兵败身亡，全军覆没。清军第二次西征，也被杜文秀击败。

同治二年（1863）八月，署云南布政使岑毓英镇压了迤东曲靖等地回民起义军，率大军西征，破杜文秀于罗川，进占楚雄，分军取景东，复元谋、镇远。邓川、云南、赵州、浪穹、鹤庆、弥渡、宾川均不战而得。继陷永北，败杜文秀于镇南。岑毓英遂命张润、张愉等攻上关，钱大川攻下关。杜文秀督师力战，清军攻上下关者皆败。杜文秀挥兵追击，诸城已失复得。岑毓英腿部中伤，命李惟述扼楚雄，余部退归省城。清军第三次西征，历时一年，终被杜文秀击败。

同治六年（1867）正月，马如龙已降清，为临沅镇总兵，继署提督，久久无功，不为清廷大吏信任，急于立功自效。清军分中路（西路）、北路和南路发起攻势。中路又分为二支：一由参将杨振鹏、副将李惟述指挥，自楚雄攻镇南；一由参将杨先芝、游击合安国指挥，夺取姚州。北路由昭通镇总兵杨盛宗指挥，自昭通进攻永北，再出鹤庆、丽江，攻占上关。南路由署腾越镇总兵田仲兴和署普洱镇总兵李锦文指挥。其一自景东攻蒙化，一自普洱攻威远、云州和缅宁。马如龙亲自率兵9000人，在楚雄、定远之间往来策应①。四月，杜文秀分三路反攻，一出大小骠川进攻楚雄；一援镇南，攻大姚；一驰援姚州。马如龙本与杜文秀同时起兵反清，其部下大都为回民，今马如龙同室操戈，屠杀同族兄弟，部下多不乐意。合安国、杨振鹏且与杜文秀暗有联络。马如龙军容虽盛，实无战志。未几，杨振鹏溃于宾川，合安国溃于姚州，李惟述退保楚雄。其北路杨盛宗溃于永北，撤回昭通。南路以“瘴疫盛行，粮饷不继”为借口，田仲兴退守新平，李锦文部撤归普洱①。马如龙称病，引兵东归昆明。清军第四次西征，又被杜文秀击败。

清朝云南地方当局对大理政权实行军事围剿不能得手，巡抚徐之铭奏请朝廷从事招抚。以马德新为云南伊斯兰教著名学者，人望甚著，马如龙与杜文秀同为回民，遂委马德新、马如龙出面遣人西上议和。同治元年（1862）二月，派马载堂抵大理，招抚未成，马载堂反被杜文秀说服留居大理任职。五月，遣督标中军副将杨振鹏奉命再赴大理劝降。行前马德新、马如龙分别致函杜文秀。杨振鹏尚未到大理，五月十五日杜文秀即致书杨振鹏，说明不可议和及难于议和之故，并劝其“无烦尊驾到榆”。

其文云：想滇南大势，自兴师以来，我等所据城池不少，所戕官员甚多，而今竟转和息，复予官职，是无异杀刺史者为刺史，杀宰相者为宰相。体制何存？在朝廷岂不虑贻笑于天下后世乎？推其心，不过因江南未靖，西洋复来，各省纷争，天下鼎沸，暂为缓此急彼。俟彼处稍定，必将举全师以压我境。迨至彼时，我兵已散，我将各离，始知朝廷包藏祸心，则谋不及施，勇不及逞，嗷嗷待毙，悔之晚矣。此不可和者，一也。

数年以来，我兵到处，杀其父母，夺其子女，搂其玉帛，焚其房屋。凡受害者，无不饮恨于心。所恃者，用威之后，继之以恩。纵有一二不平之人，亦因兵权在我，一切精壮尽为我用，彼即思逞，附和无人。若一从和，则精壮散，兵权分，不平之人于以得计，暗中调为，乘隙生变，以雪前仇，以报前仇。彼时外兵压境，内患迭兴，真使我等手足无措，必将坐受其困矣。此不可和者，二也。

当此时也，我以图谋大事，渐民以仁，摩民以义，凡有驱策，莫不听命。则此时之民，无不视我为父母，即视彼为仇雠。为我驱策，无不听命。若一从和，是为朝廷之民，归之朝廷。彼又将视朝廷为父母，视我为兄弟。一旦有变，犹欲驱百姓以迫敌，则是驱兄弟以攻父母。有是理乎？有是理乎？况为兄弟也者，势必顾父母以攻抗傲之兄弟，未有顺弟兄以攻恃怙之父母。此不可和者，三也。

若一从和，则半年两载之后，或朝廷另委督抚，另委提镇，来滇视事，将现受其职者调往别省。欲不从，则抗违君命。欲从之，则虎已离穴。当乎其际，势必不从。不从，即叛矣。昔日之叛，实因灭回激成，犹可说也。后日之叛，必因违君命而起，有何言哉？则前日之误，犹为不误，后日之误，终为大误矣。此不可和者，四也。

天下穆民，本属一家，何分低昂，今之所设都督、将军、先锋、统制等官，外虽各有官职，而内实顾持教门。所以远近亲友，无不乐从。若一受大清之职，则某也身荣显贵，某也食贫居贱，富贵失望，贫贱攸分，人心含怨，势必至操戈入室，同类相伤，祸有不可胜言者矣。想朝廷以和相议，以官相饵者，尽在此矣。此不可和者，五也。

抑或谓：既受清职，权自我操。远近亲友，莫不尊亲。岂不思曩日之督提镇州县府厅，实因灭回之故，遂至戕杀多员。彼朝廷命官尚难免此，况由叛而得之官乎？异日人思报复，心怀不平将谓我杀官而得官，彼又杀官而得官，又何不可乎？出乎尔，反乎尔，事有必至者矣。此其不可和者，六也。至若迤西，回之受职者数千，汉之受职者数万。十八土司俱各袭职。文则划策，武则立功。三教同心，联为一体，纵不能远期大成，亦可以偏安小就，效法南诏，历年八百。其诸时势，差堪自信。若一从和，则回之受职者固无庸议，汉之受职者将置之于何地乎？富贵失望，贫贱交迫，势必至操戈入室，同类相残，祸有不可胜言者矣！此难于和者，一也。

凡此旧官，秩然有序。若谓现在城池，即令守其土者仍旧职守，我迤西官多地少，安彼则此怨，安此则彼怨。况此同僚，视为手足，一切英雄，素有大志，誓不愿为贪官所屈。若一从和，则各率兄弟，分别四方。昨接来函，传集百议，无一应者。此难于和者，二也。

现在迤西边患已息，内政就绪。府厅州县安堵如常。士农工商，各归本业。同心捍卫，众志成功。一闻讲和，纷纷聚讼，情愿敌忾，不愿从和。犹恐误中奸计，别生事端，则已安之地，反遭蹂躏。揆之人情，和之一说，不惟回不愿，而汉更不愿矣。此难于和者，三也。②文秀对于当时不能妥协的局势，洞若观火。大理政权领导集团反抗清政府情绪之炽烈，更跃然纸上。同年冬，徐之铭、马德新派田余庆三赴大理招抚，被杜文秀断然拒绝。三年（1864）四月，马德新亲赴大理“和谈”，当他劝杜文秀接受清政府委任的官职时，杜文秀义正词严地说：“以一个合法运动的领袖，竟卑怯地放下武器，从压迫者手里接受一个平凡的职衔，我深深替这些人感到羞耻。”①马德新大理之行也以失败告终。稍后杜文秀致马德新函说：“官吏反覆无常，前车在鉴，未可信也。且满人夺我中夏，主政二百余年，今之官吏大都忘其根本。吾三迤，回汉一心，誓绝满虏，有进无退。况今者太平天国业已克复十有余省，石达开奉命来滇，将与吾歃血为盟，互相援助，扫尽腥膻，以安吾民，指顾间事耳。”②这里指朝廷为“满虏”，革命情绪堂堂正正，坦然无讳。徐之铭的招抚政策宣告完全失败。

同治六年（1867）六月，杜文秀以云贵总督劳崇光病卒，岑毓英引军征黔未归，马如龙围剿滇西“丧师而归，人望顿失”，昆明空虚，遂决计东征。他调集20 万大军，兵分五路，以扬威大都督蔡廷栋为大经略，大司戎马国春为总指挥，率大司平马兴堂、大司寇李芳园等十八大司①统摄之。杜文秀誓师，云：此次出师，本为兴汉，戒勿滥杀。如临其境，如遇其民，各当发明宗旨。但得回汉一心，以雪国仇，是为至要。统兵官等须知仁义之师，以道德为甲胄，以亲爱为戈矛，以相应之攻击。

我军有三事焉：始则锄满，次则拊汉，三则除奸。而彼军反对，然反戈矛相见。彼杀我先杀，彼止我先止。

战胜攻取之际：毋肆掳掠，毋贪财货，毋凌妇女。遇官吏顽梗不服者，杀之。良善被挟者，抚之。诸恶元凶，法所必诛，严加惩办，理宜不赦。②又传檄三迤，宣布东征的原因、目的、任务和有关政策，号召回汉各族被压迫的人民团结起来共同反对清朝统治者，文云：总统兵马大元帅杜，为兴师五路，收复全滇，除残暴以安良善事：窃思滇南一省，回汉夷三教杂处，已千百年矣。出入相友，守望相助，何尝有畛域之分？慨自满清僭位以来，虐我人民二百年余于兹矣。妖官偏袒为计，石羊起衅，池鱼皆殃；强者逞鸱张之威，弱者无鼠窜之地。尔时百姓危若倒悬，可恶妖官犹安然高枕，置苍生于不问，弃黎庶其如遗。甚至汉强则助汉以杀回，回强则助回以杀汉，民不聊生，人心思乱。

本帅目击时艰，念关民瘼，不忍无辜之回为汉所杀，更不忍无辜之汉被回所杀。爰举义师，以清妖孽。志在救劫救民，心存安回安汉。至大事之图成，惟天命之是听。无知妖官穷谋诡计，倒行逆施，杀协镇者封以协镇，杀都邮者授以都邮。高明退身，庸愚堕计。始也助汉以杀回，今也助回以杀汉；继也助汉以杀汉，今则助回以杀回。鸿沟之血未干，乌合之师突至；妄思螳臂以当车，奚啻鸡卵之击石。

今者小计略施，月奏三捷；雄师半出，功收数城。然妖官未除，祸根犹在；全滇不取，亿兆难安。况乎卧榻之侧，岂容他人鼾睡！用是师兴虎队，将选龙骧，粮运千仓，饷筹百万，枪炮在其前，弓弩列于后，长矛伏中，短刀相接，分五路以并进，效一怒而安民。剑戟横空，胜气腾云，千里旌旗蔽日，威镇雷动九天。以此制敌，何敌不摧？以此图功，何功不克？

凡尔城乡绅耆，远近士民，达务知时，不乏俊杰，转祸为福，定有同心。或率众而来归，或开门而效顺，定当量才而录用，不别户而分门。自此烽烟永靖，同登衽席之安；如其天命有归，共成王霸之业。岂不乐哉！岂不快哉！若其眷恋穷城，徘徊歧路，坐昧先机，行将后悔。况天命人心，去之久矣，纵背城航海，亦奚以为！檄文到日，凛遵勿违！此檄。③

五路大军出动，东北路由大司衡杨荣等指挥，出武定、禄劝，攻占富民，再东取嵩明、寻甸；东路由大司政刘诚、大司隶刘纲、大司勋米映山等指挥，沿迤西大道东进，经楚雄、禄丰，进攻安宁；东南路由大司戎马国春指挥，由禄丰下易门，占领昆阳、新兴，然后转战晋宁、呈贡；北路自鹤庆、丽江攻取永北；南路由顺宁、云州、缅宁攻取景东、镇远和威远等地。前三路为主力，后二路旨在防御清军两翼攻击。大军东下至楚雄，守将李惟述不能支，遂得楚雄。马如龙遣夏毓秀抵御于禄丰，未及战，退守安宁，再退守梁家河。七年正月，大军已迫近昆明近郊。二月，清军中回族将领杨振鹏、田余庆、杨先芝向义军投诚。至此，昆明西北南三面，悉在重围之中。大司政刘诚驻潘家湾、梨烟村、夏家窑、马街、渔村。大司平马兴堂驻柴村、麻园、黄土坡。大司勋米映山驻大小普吉、马村、小坝。大司疆段成功驻五华寺、西岳庙、土坝河。大司藩安文义、大司戎马国春驻万寿宫。大司卫姚得胜由呈贡据澄江。大司寇李芳园则奉蔡廷栋，由富民过寻甸，破嵩明，击杨林。清军自杨林退驻大板桥、小偏桥一带。清军仅余东路由昆明通宜良的粮道，“尚可绕越行走”。马如龙据守昆明，所部兵才15000 人，署总兵合安国、守备马云龙、军功马学林等回族将领谋以献城。事泄，被马如龙诛杀。

清廷任命刘岳昭为云贵总督，岑毓英为云南巡抚。岳昭驻曲靖以图寻甸。毓英西上赴援，取道宜良，攻陷小板桥、金马寺、古亭庵，进至大树营，得与如龙会合，打通了滇南与省城交通线。此时清军势稍振，连夺呈贡、武定、元谋、禄劝、罗次、晋宁等地。毓英四出督战，与义军激烈争战。澄江与杨林两地的争夺尤为剧烈。双方死亡惨重。杨林之战，义军枪弹伤毓英鼻部，几贯头脑。

同治八年（1869），清军调集了镇压太平天国起义的湘、川、黔、粤等省大军入滇，攻陷杨林后进攻嵩明。此处为义军东路指挥部，由大司寇李芳园、大司平马兴堂率20000 精锐驻守。清军长期围困，城内粮械俱绝。李芳园、马兴堂被俘。寻甸陷于孤立无援，守将马天顺亦降。东征大军总指挥大司戎马国春闻讯后病逝于昆明城郊万寿宫。使东征大军由优势转为劣势。此时，大司疆段成功与马如龙战于五华寺，马如龙腹部中炮伤。段成功粮尽，求于蔡廷栋。蔡廷栋与段成功素有隙，竟拒不与。复贷于马清，亦不得。段成功遂与如龙约降。八月十三日，段成功率所部5000 人降清。所部有不愿降者，仍鏖战至两日，始定。清军以法国开花大炮轰击，起义大军在昆明近郊200 座营垒全线瓦解。蔡廷栋诈降，逸归。自此各大司军心动摇，或败或退，义军最后在土堆地方激战两月余，十一月十六日土堆失守，义军将士壮烈牺牲。杜文秀多年培养的精锐，丧失几尽。义军历时一年十个月之久的围攻昆明战役，以失败告终。

此后，清军得以从容整理昆明附近州县，并分遣杨玉科、李惟述等率师西进。大理方面由进攻转为防御。双方互有大胜负。大司衡杨荣调度军事，杨荣骁勇有余，智谋不足，滇西军事部署大不如清，以致清军节节西上。同治十一年（1872）三月，清军迫近大理。杨荣迎战，时败清军。董飞龙、蔡廷栋守下关，虽居重围，无怯色。杨玉科行反奸计，阴说董飞龙降。董飞龙焚屋庐，易红旗，清军遂入下关。上关守将马国玺见下关火起，亦纵火逃。两关俱失，大理的屏障尽撤，战事进入城郊。时杨荣以出卖杜文秀与大理政权为条件，暗中投降了杨玉科。杜文秀亲冒枪矢，指挥作战。十一月大理环城各垒尽失，外援已绝，然城内皆百战余生，誓死抵抗。清军用开花洋炮四面环攻，并挖地道穿城下点燃火药攻之，东城墙被炸毁10 余丈。义军死守，清军仍不能进。清军以27 门大炮排列城墙，向下轰击，义军退守帅府和几座清真寺内。

二十五日，杜文秀召开大理政权最高军政会议。杜文秀主战，杨荣主降，争论激烈。杨荣说：“今兵临城下，内缺粮草，外无救兵，如背城决一死战，吾所愿也。我毙清军多矣，我虽死，亦得所偿矣。惟兵败之后，玉石不分，鸡犬不留，恐吾人死后，游坟诵经之人亦不可得耳。”他要杜文秀“舍一人之身，救数万生灵”。杜文秀气愤地说：“汝言是也。吾愿舍我一身，救閤城百姓。我庇此俦十八年矣，但愿汝能庇之十八日也。今我当全体同仁，以閤城百姓交于汝，何如？”荣说：“卑职愿负此任。”此时杜文秀的子女已被骗作人质，帅印也被窃走献给杨玉科。会后，杜文秀家属、亲友、佣人共百余人，全部服毒自尽。杜文秀亲率将士数百人出帅府，配合义军，向清军猛攻，奋力血战，直至二十六日天明，撤回帅府。

杜文秀血战归来，按回民习惯换水（沐浴净身），请河州老巴巴念“讨白”（忏悔词），然后升帅座，再次嘱咐杨荣说：“我今以閤城百姓交汝矣。”遂升黄呢大轿，有经生二人随从。文武分班跪送，哭泣不能成声。大理百姓堵塞街头哭送，他们都想最后再看一眼给他们带来10 多年安定生活的杜大元帅。杜文秀不时揭起轿帘向沿途百姓点头致意。轿出大理北门，杜文秀取出胸前预藏的孔雀胆毒药，服之。转至萝卜营东，清军遣四轿夫来接，至五里桥下与杨玉科相会。杜文秀说：“杨大人，本帅凑汝成功。不干城内百姓之事，汝须另眼相看。”杨玉科说：“此事皆因受逼而起，奏明皇上，终须分辨。”杜文秀说：“胜者为王，败者休。尚何言也。”言毕，杜文秀头渐垂于胸，毒发气绝。时在同治十一年十一月二十六日午时，是年杜文秀50 岁。杨玉科取其首级连同帅印、衣冠，派人送省。当地回民将其遗体葬于下兑村。文秀有3 子3 女，长子宗杨、次庚杨、次成杨并次女，均于大理城破后被岑毓英处死。长女凤杨，任东征昆明的监军，同治八年（1869）五月于嵩明被俘，被马如龙杀害于昆明白鹤桥。幼女于襁褓之中被保姆从大理带出，逃至云州，得以长大成人。

十二月，岑毓英到达大理。初九日，杨荣等已降的大理政权高级军政人员悉数被杀。十一日，清军将大理城内外回民驱赶至洛阳村，四面围困，一声炮响，开始屠杀，男女老少无幸免者，大屠杀持续了三天两夜，数万人倒在清军屠刀之下，洱海为赤。事后清军斩人耳人手，装满数十大筐，驰送昆明，炫耀战功。

大理政权大理政权与太平天国革命运动相辅相成，坚持斗争18年，势力发展到西南三省（云南、贵州、四川），西北一省（陕西），沉重打击了腐朽的清朝统治。虽然最终失败，但革命反清的抗争精神永存，激励着更多的仁人志士为推翻清朝封建统治而奋斗。