奥托1848年4月27日生于慕尼黑。奥托患有严重的精神疾病，并于1875年被宣布为精神错乱，此后都在接受药物治疗。1883年他被安置在福斯滕里德宫，至死都没有离开。

1886年长兄路德维希二世去世后，奥托继承王位。他虽然名义上是巴伐利亚的国王，但他从未能真正统治他的国家，甚至有可能他都不能意识到自己是个国王，一直都由叔父柳特波德亲王摄政，直到柳特波德去世，其子路德维希成为下一任摄政王。摄政王路德维希通过修宪为自己戴上了巴伐利亚的王冠，成为国王路德维希三世。奥托被废黜，但仍保留国王的头衔。奥托于1916年10月11日因肠扭转在福斯滕里德去世，终年68岁。葬于慕尼黑圣米迦勒大教堂。