公元25年，刘秀推翻王莽政权，建立东汉，定都洛阳。今临汝镇一带没有行政设置，辟为“南囿”。

公元58年，汉明帝继位。汉明帝梦佛求经，佛教由西域传入中原，建立第一古刹白马寺。因白马寺不依山傍水，不是游玩的好地方，因此，只能作藏经的地方。于是便在“南囿”依山傍水的妙水涌泉的上游建起一所寺院，作为皇家临时歇脚之地。妙水寺出土的残碑记载：“盖闻妙水寺其来远矣，肇自汉明帝。”

妙水寺为汝州现存、保护较好的第三大古建筑群，仅次于汝州风穴寺、汝州学宫，占地面积约9900平方米。它是典型的北方古代建筑结构，有明显的中轴线，讲究铺排、对称和陪衬。现存主要古代建筑由南向北依次为天王殿、中佛殿、毗卢殿（大雄宝殿）、东西廊房等。主体建筑两侧各有一个跨院，西跨院谓方丈院，有方丈殿五间，伽蓝殿三间。东跨院有祖师殿五间。

妙水寺坐北面南，地势北高南低，依山势而建，整个建筑群营造方式简约而不简单。寺内现存古代房舍43间。寺内现存的建筑为明清和民国时期。

天王殿为单檐硬山式建筑面阔三间，进深一丈六，梁架简洁，无斗拱装饰。柱础呈扁鼓状，殿顶饰简瓦板瓦合用，正脊采用陶质间有堆塑花卉等图案。

中佛殿位于天王殿之后，系单檐硬山式建筑。面阔三间，进深二丈四尺。殿顶采用灰筒板瓦组成，正饰为陶质，间饰堆塑花卉，脊吻齐全，殿内梁架足材，下设两楹柱作支撑。

大雄宝殿：又称毗卢殿，该殿是妙水寺最大建筑，位于中佛殿之后，殿前有二方形妙水泉池，殿台高筑，系单檐悬山式建筑，面阔五间，进深二丈六尺，柱础石均雕刻成莲花盆状，殿内梁架硕大，梁下附四根楹柱，结构严谨。其前檐斗拱上的龙首双昂、雕刻工艺精细，形态逼真、惟妙惟肖、栩栩如生，为中原古建筑所少见。

明正德十五年（1520年）的《创建玄帝庙记》碑：“太宗文皇帝屡因有辅翊之功，即倾内府之资，铸金殿于山之大顶，以彰其报功之意。”由此可知，唐太宗曾在白云山顶建造视师殿。

《陀罗尼经碑》8棱碑：唐朝后期，妙水寺东侧建有白云庵，尼姑众多，一皇家少女出家于此。她死后，其父“河南府司录”在玉阳山下南坡上择一穴地埋葬，当时的“三朝国师三藏大法师释万空奉诏译”陀罗尼经并刻碑立于墓前。

二程讲学碑：北宋著名理学家“二程”曾应邀来妙水寺讲学，古碑文中有“程子讲座不背佛”的记载。

此外，还有明代正德十五年（1520年）《创建玄帝庙记》碑、嘉靖元年（1522年）《创建天王殿碑记》碑、万历年间《创建大醮坛记》。清代康熙十五年（1676年）《重修妙水寺碑记》、道光二年（1822年）《创建东西陪殿碑记》、咸丰四年（1854年）《重修妙水寺碑记》、光绪年间《光绪游龙门碑记》、宣统三年（1911年）《重修妙水寺碑记》。

据当地一位80多岁的老人说，妙水寺鼎盛时期，有田产数千亩，佃户数十家，骡马成群，石碾、石磨各种工具一应俱全。房舍数百间，塔林20余亩，是一座颇具规模的寺庙庄园。

1958年，大雄宝殿成为临汝镇人民公社党委办公室，中佛殿成为供销合作社，天王殿成为电话总机室。寺内的塑像被横扫一空，碑林、塔林被毁，塔砖运去砌炼铁炉。钟鼓楼被毁，9999斤重的大钟回炉。东侧的阎王殿、祖师殿两院成为水泥厂的办公用房。后妙水寺又变成妙水中学，佛殿改为教室、宿舍、伙房。上世纪90年代中期，学校搬出。

妙水寺内仅存古建筑43间。妙水寺最后一次重修是清宣统三年。由于年久失修，妙水寺已是梁落檩弯，椽朽不支，瓦落为砾。

为保护寺内文物，关庙村村民冯成立、冯石滚、张仁娃和李庄村的退休干部李喜亭、东马庄村村民马永章、马玉文在王礼宾老师的倡导下，在汝州市文化局的支持下成立了妙水寺文管会。他们利用群众的集资捐款修补了围墙、大门，对倒塌的房舍进行了维修。村民冯学礼常年驻守在寺内，冯石滚被汝州市文物局聘为妙水寺义务文物保护员 。

古时的妙水寺一带植被繁茂，古木参天。妙水寺北枕白云山，南俯崆峒山，这里半山半水，流若银带，环山而下，灌田育地，绿野荡漾。明代汝州进士张政（字维新）游玩妙水寺后写诗赞道：“春满乾坤水满田，一犁耕进雨和烟。待看秋后黄云熟，共听民歌大有年。”大自然的景色和诗人的赞美勾勒出了一幅瑰丽多彩的“妙水春耕图”。

妙水寺自然环境颇佳，曾列入汝州八景之一，名曰：“妙水春耕”。有诗云：“瞻蒲望杏趁良辰，半水半山腴美地，一蓑一笠太平人。课农花发犁争出，按部风清雉亦驯。最是服畴关至计，红泥绿草绘图新。”

除了刘邦寻水传说之外，这里还有许多美丽的传说。据传紧靠白云山的银洞山悬崖峭壁上有个银洞，内有水潭深不可测，有人把棒槌丢入潭内，第二天却在妙水寺内的清水池中发现，由此得名妙水寺。

巍巍白云不足贵，天赐妙水一涌泉。妙水很早就受到世人的崇爱，仅据妙水寺残碑记载，东汉时期重视兴修水利，先人遂凿渠导水，灌田千顷；北魏孝文帝迁都洛阳后，佛门大兴，妙水因水而建寺；唐宪宗年间，妙水寺大盛，主殿、陪殿、钟楼、鼓楼、碑林、塔林、园林等林立，规模可观。后宋、元、明、清各朝均加重修。

如今，妙水寺年久失修，白云山上的采石场和附近煤矿的开采使妙水寺的泉水断流，“妙水春耕”的美景已荡然无存。

一千多年来，妙水寺几经废兴，遗留许多有价值的文物。67岁、毕业于郑州大学历史系的王礼宾先生多年来一直致力于妙水寺文物的搜集、整理和保护工作。1989年，在临汝镇高中任教的王礼宾被调到妙水寺中学工作。一次偶然的机会，他在大雄宝殿前的妙水池边发现了一块残碑。碑上记载有“妙水寺其来远矣，肇自汉明帝。”身为历史教师的他被妙水寺的悠久历史所震撼，当即将残碑打了拓片。从此，他开始了搜集妙水寺文物的工作。

1992年，继在寺内发现多通古碑后，他又在寺南的朱庄村发现了一个石槽。石槽长1.65米，宽0.8米，高0.6米，重约1300公斤。石槽上刻有“至治三年”（1323年）的字样。石槽上还刻有棉叶、棉花、棉蕾等图案。据考证，元英宗时期，妙水寺周围的东马庄、朱庄一带土地肥沃，均为妙水寺的寺产。当时周围的百姓靠给寺内的和尚种地生活，石槽则是当年和尚们用来拌棉种的。由此可以推断，在元英宗时期，棉花已由南方传到了黄淮流域。在过去的历史教科书里，说棉花是明朝初年才传入黄淮流域的。为此，王礼宾立即将发现石槽的情况报告给了中国历史研究所。拌种石槽的发现为棉花传入黄淮流域找到了实物证据，将棉花传入黄淮流域的时间向前推了近百年。

1957年，妙水寺西侧盆窑村村民冯够山在自家房后土崖上破土时发掘出了俑、猪、狗等彩陶。1977年附近群众在修筑大寨田时发掘出大量的斧、锛等磨制石器。据有关人士认证，此地应属仰韶文化遗址。1992年5月4日，在妙水寺大佛殿前淘井时，又发掘出了青花瓷残盘一件，上有蒙古文。