2007年7月27日至2010年12月，任中信集团公司董事长、党委书记。

2010年12月退休。

2014年11月，中信改革发展研究基金会理事长。

2017年9月，孔丹出任莫干山研究院名誉院长。

中国政法大学商学院理事长。

孔丹的父亲孔原是原中央调查部部长；母亲许明是前总理周恩来的秘书，弟弟孔栋。

孔丹夫人是李晓北。

文革爆发前夕，北京四中高三·五班同学在团支部书记、中共（预备）党员孔丹带领下，联名给毛主席写了信，情绪激昂地要求废除“封建高考制度的桎梏”。此前，北京女一中的同学，已经先一步写了主张废除高考的《致毛主席的信》。后来，《人民日报》把北京女一中和北京四中的两封《致毛主席的信》全部发表，两信发布之后，1966年夏天的高考，即被“废止”，且一“废”就是十一年。

中央发布《十六条》后，西纠成立，全名为首都红卫兵西城区纠察队，目的是在政府机构濒于瘫痪的情况下，约束红卫兵的过激行为，纠察维持社会秩序。西纠先后发布了十个通令，试图引导约束红卫兵要文斗不要武斗。中央文革认为西纠的后台是周恩来，西纠成为周恩来的一个罪状。文革结束后，孔丹向陈云去信，希望对红卫兵区别情况，认真处理，不要把一些好人也列入清理对象。陈云同志1984年2月27日批示孔丹的信，大意是：孔丹同志的意见是对的，有关部门应当研究。这些红卫兵不属于（应被清理的）“三种人”。并批转政治局常委，邓小平、胡耀邦、赵紫阳、李先念等同志批示同意。

文化大革命期间，孔原被打成“黑帮”、“特务头子”，许明也遭到迫害，在1966年服安眠药自杀；孔丹也被迫到陕北“上山下乡”。文革结束后，孔丹在1978年直接考上了中国社会科学院经济所研究生。

2013年初夏，低调的孔丹却因为同学会上的一句国骂而引来广大网友的侧目。“秦晓质问孔丹：百姓的呼声你们就听不见，你有没有信仰啊？你把老婆孩子送到美国，你信仰啥？孔丹恼羞成怒：我肏你妈！”

2013年9月9日，孔丹在香港对亚洲周刊说，那天在校友聚会上，确实发生了争论，不过，他坚决否认自己骂过那样的“粗口”，因为秦晓完全清楚他妻女的状况与美国毫无干系，何来质问一事，又何来所谓恼羞成怒、破口大骂？而且日前秦晓见到他时，当面矢口否认了此事。但不实传言就这么迅即散布，人们都信以为真。

他说：“最近舆论场上的这个关于我的传言，还是那句老话，谎言是不能长久的，谣言止于智者，这是我的基本看法，也是我的希望。首先肯定是谣言，肯定是谎言。我觉得这也是一种悲哀，对一个那么严肃的论争，竟然采用这样的一种方式，捕风捉影、张冠李戴、无中生有，说重一点儿是信口雌黄。基本手法就是对被攻击对象丑化、矮化、妖魔化。这样的传言就是意图贬损我的人格，这是不是很有点文革遗风？Cyber，Bullying，网络暴力，网络欺凌，在舆论场上肆虐，这成为一种话语环境，在我看来这实在是令人不齿的做法。我能说的，我想说的就是这些，清者自清，浊者自浊吧。如果非要一辨真伪，最好去问放出传言的人。”

2020年12月28日，第七届全球深商大会《莫干山时刻》——“破局，让历史告诉未来”论坛举行。中信改革发展研究基金会理事长、莫干山研究院名誉长孔丹以题为“大循环为主，双循环共进的未来发展趋势”作主旨演讲。

2021年6月20日，以“纪念中国共产党领导安源工人运动100周年”为主题的“安源精神”学术研讨会在萍乡市举行。中信改革发展研究基金会理事长孔丹出席并讲话。

1978年，只上到高中的孔丹直接考上了中国社会科学院经济所研究生，成为吴敬琏的首批弟子之一。若干年后，吴敬琏对这位当年的弟子仍赞许有加，“他为人谦逊，做事专注，长于辩论，对中国经济有自己独到的看法。”

被誉为“光大四朝元老”的重量级人物，无论在光大还是在中信，都一直主理金融、保险等核心业务，对于中信而言，他的角色绝不应该是“过渡”这么简单。

非常熟悉孔丹的人，也曾饶有兴致地谈起他的性格。例如，“其实，他完全继承了他父亲风趣幽默的语言风格，也敢说敢骂，很有点‘红卫兵’的劲头。”他们还透露，“孔丹很有语言天才，各地方言说得特像。每次大家聚会吃饭的时候，孔丹都会说上几段，特开心。”