该片启动于2013年9月。经过选题立项、成立剧组、学术研讨、文本创作等一系列艰难历程，于2014年9月28日在孔子诞辰2565年公祭大典仪式上宣布开机拍摄。在两年多的调研、采访拍摄和制作过程中，摄制组足迹遍及美国、英国和中国的山东、北京、河北、四川、广东、湖南、湖北、贵州、新疆等地。探访了孔子出生地尼山，向当地的老百姓了解孔子对他们生活的影响，也追随考古人员的足迹，勘察鲁国故城的遗址，还深入汉代的古墓，寻找孔子和老子相遇的故事线索。摄制组先后采访了杜维明、艾恺、安乐哲、黎瑞智、田辰山、贝淡宁、金安平、王安国、戴梅可、蒋英炬、舒大刚、鲍鹏山、李山、干春松、田青、谢幼田、蔡德贵、郭沂、赵明等数十位专家、学者和衍圣公孔德成的胞姐孔德懋以及孔家七十五代孙孔祥林、从事家谱修订的七十七代孙孔德明、致力于儒学教育国际化的七十六代孙代孔令涛。摄制组奔赴北京四海孔子学校、山东曲阜北东野村、湖北荆门郭店竹简发掘地，掌握了许多一手资料。为了多角度展现儒学的现状，摄制组还采访了春节回家的湖南衡阳张艳阳一家三口、山东京博石化公司员工、2015年来自世界各地的400多位参加清明家祭的孔子后裔。除此之外，为了艺术再现孔子家族众生相、孔子周游列国、孔子有教无类收徒授课、司马迁写作《孔子世家》等历史场景，2014年4月中旬，摄制组在中国河北的中央电视台涿州影视基地进行了情景再现部分的拍摄。