孔闻謤出生于万历癸巳年十一月十五日（1593年12月7日），天启二年（1622年）与族兄孔闻诗同榜考中进士，授官为礼部行人司主事，又升任礼部郎中，崇祯七年（1634年）出任河西道副使，后因为丁忧回乡。

1644年，孔闻謤上书清朝摄政王多尔衮，说：“臣家的宗子衍圣公孔衍植已率领四氏的子孙告于祖庙，都遵循命令剃发。但念在先圣孔子是典章礼仪的宗师，颜子、曾子、孟子三大圣贤共同兴起和维护。他们所制定的礼仪，没有比冠服之礼更大的了。先圣的章甫和缝腋，子孙世世代代谨守，所以从汉朝到明朝，各朝制度虽然有增减变化，但下臣家族服制却三千年没有改变。今日一旦变更，恐怕皇上尊崇儒学重视道德的目的没有完全达到。是否应该蓄发，以恢复先世的衣冠？”多尔衮以皇帝名义于顺治二年十月戊申（1645年12月17日）下旨说：“剃发的严格旨意，违反的人绝不赦免。孔闻謤上书请求蓄发，已经触犯了不赦的条令，姑且念他是圣人的后裔免去一死。何况孔子是圣人中能适应时势发展的人，孔闻謤像这样违反法规，是玷污了他祖先的合乎时宜的中庸之道。下令：革去孔闻謤的官职，永不叙用。”不久，孔闻謤就在家中去世。