民国三十四年（1945年），任教育长。

民国三十五年（1946年），调任华中建设大学任教务处主任，并讲授“马克思主义哲学”“社会发展史”等课程，为新中国的成立培养了一批建设人才。

民国三十六年（1947年），调任华东野战军特种兵纵队特科学校副校长，主持日常行政工作。

1949年4月，孙叔平随军南下接管南京，9月，兼任南京大学军事代表。

1950年3月，担任南京大学政治教育委员会主任。

1951年7月，南京大学改行校长制，中央人民政府教育部决定由心理学家潘菽教授和孙叔平担任正、副校长。

1953年5月，南大党委正式成立，孙叔平任党委书记，兼副校长。

1959年，调入江苏省筹建江苏哲学社会科学研究机构，创办了《江海学刊》杂志。

1960年，出任江苏省哲学社会科学研究所长。

1966年，文革开始，孙叔平受到迫害。

1974年，文革结束，从“五七干校”回到家里休息。

1978年，回南京大学工作，任哲学系系主任、教授、博士生导师。

1981年，被国家教育部聘为首批博士生导师，在南京大学哲学系创建了国内第一批中国哲学博士点，并担任第一届国务院学位委员会哲学学科评议组成员。

1983年10月24日清晨，孙叔平因心脏病突发，去世于南京大学上海路宿舍里。

现代哲学

孙叔平的中国哲学史研究成果，其在中国哲学史研究领域所做的筚路蓝缕的艰难探索，对新时期中国哲学史研究做出了别人难以企及的重要开拓。洪修平教授在《孙叔平对新时期中哲史研究的艰难开拓》一文中，回顾了孙叔平在特殊历史条件下研究中国哲学史的艰辛历程和重要开拓以及对求真务实与探索精神的践履。

作为建国后中国学者撰写的第一部历史唯物主义理论专著，孙叔平的《历史唯物主义纲要》从哲学的角度清晰地厘定了历史唯物主义原理的阐述边界，为之后的学术推进确立了正确的发展方向。

道家哲学

孙叔平对道家哲学的历史发展作了系统梳理，确立了道家对中国哲学具有的开创之功，并在当时中国哲学界尚未特别关注道教哲学更未开始系统研究之时，就在《史稿》中立专章对道教哲学家进行研究。孙亦平教授《论孙叔平对道家哲学研究的推进》一文指出，孙叔平的《中国哲学史稿》作为20世纪80年代初中国哲学研究复苏期出版的作品，对道家道教的研究起到了开风气之先的作用。

佛教哲学

孙叔平认为佛教哲学是中国传统哲学的一个重要组成部分，就思辨性而言，它丝毫不亚于传统的儒学和道教哲学，并希望年轻一代能下决心啃一啃这只酸果。提出佛教哲学是中国哲学不可分割的部分，20世纪60年代初，他曾专门邀请佛学研究专家吕澂指导张春波、高振农、杜继文三位年轻人学习和研究佛学。

孙叔平主要从事军政院校教育行政及马克思主义理论教学和研究工作，参与组建南京大学，开创了南京大学哲学系，推动中国哲学学科的发展。为党培养了大批党、政、军干部和理论人才。其中有茅家琦、赖永海、张祥浩、黄浩涛、徐泽洲、黄浩涛等著名学者与官员。孙叔平讲课以理论联系实际，历史结合现代，旁征博引，深入浅出。在传授知识的过程中，特别注意培养学生独立思考的能力，教会学生正确的研究方法。他强调资料和观点相结合的重要性，研究中国哲学史，既要正确地运用马克思主义理论，又要很好地掌握第一手的古代哲学家的资料。

综观孙叔平解放后的学术活动，大体可分为三个阶段：

第一阶段：20世纪50年代。孙叔平被调到南京大学。“拿着黄牛当马骑”，边学边讲。在这建国初期的七、八年中，孙叔平的马克思主义理论修养、政策水平和领导才干得到了充分的发挥。他不仅领导了对中央大学的接管和改造，而且领导了建国初期南京大学的发展与改革。

第二阶段：20世纪60年代，孙叔平赴京出席了全国高校院校长、教务长座谈会后，在中央关于“根据本国情况，走自己的道路”这一精神的启发下，孙叔平总结建国以来高校建设的成就与教训，认为我国高等教育应当进入“创造性的建设工作阶段”。他认为高等教育，在性质上和苏联的高等教育一样，是社会主义的；但在许多方面，它应当是中国的，应当具有中国的特点。孙叔平已经涉及了探索“具有中国特点”的社会主义高等教育建设道路的课题。他的思考与探求，达到了同时代高教工作者所能达到的高度。

第三阶段：20世纪70-80年代，70年代初孙叔平遭到文革的迫害，学术活动一度中止，直至1978年，正式回南京大学工作，期间有《中国哲学史稿》《中国哲学家论点汇编》等著作出版，代表了20世纪80年代初中国哲学研究复苏期出版的作品，体现了孙叔平的中国哲学史研究成果。孙叔平在《哲学研究》等刊物上撰写了一批学术论文，撰写了一些针对社会现实的理论文章，充分反映了一个哲学家对社会现实的关注。

20世纪50年代，孙叔平在南大工作期间，向全校师生系统讲授了哲学、经济学和社会发展史等课程。他的讲课与报告，受到了全校师生及南京市各高校教师的热烈欢迎。因来慕名来听课的人很多，教室安排不下，只好在大礼堂上课。可每次上课，能够容纳近千人的大礼堂经常挤得满满的，后来者只好站着听。孙叔平的报告不仅鼓舞了全校师生同心同德为建设新南大而努力工作，而且也对南大师资队伍的建设和理论人才的培养做出了重大的贡献。

孙叔平调入江苏哲学社会科学研究机构后，一边负责行政工作，另一方面开始着手研究中国哲学史。当时国内尚没有一部系统的比较通行的中国哲学通史，甚至连一部完整的中国哲学史的资料也没有。于是，他决心从资料工作开始做起。为了搜集第一手资料，一本本地阅读中国哲学家的原著。在阅读时，随手摘录出论点。一个哲学家的原著读完后，参考旧有的传记，写出其生平事迹，并按照其所论述的哲学问题，拟出提纲，分类编排论点。一个时代搞完了，结合当时的历史条件，从经济基础到上层建筑、从社会存在到社会意识，进行全面的分析研究，写出发展概观。前后用了四年的时间，孙叔平阅读了从孔子到李大钊近百个哲学家的原著，并按历史顺序，将摘录出来的大量的哲学家论点，汇编成先秦、两汉、魏晋南北朝、隋唐、宋元、明清七部分，共8册资料，打印成册，取名为《中国哲学家论点汇编》。

疾风知劲草，雪后见红梅。——武汉大学萧箑父教授

孙叔平的思考与探求，达到了同时代高教工作者所能达到的高度。在推动马克思主义哲学和中国哲学史研究方面做出的独特贡献。——中国哲学与宗教文化研究所所长洪修平

孙叔平这些针对性很强，融科学性、艺术性和政治思想性为一体的专题演讲，至今仍为许多老教授津津乐道。——《南京大学史》

先生既是一名学者，也是一名有着丰富经历的革命家，谋国家之繁荣昌盛、人民之幸福安康，求科学之进步发展是他一生努力奋斗的目标。——中国哲学与宗教文化研究所所长洪修平

孙叔平同志的这些思考，已经远远超出了对院系调整后南京大学四年级教改实践的总结的范畴，而是对中国未来高等教育的发展方向、指导思想以及有关原则和环节的系统而深刻的探索。其中诸多真知灼见，在40多年后的今天仍不乏指导意义。”——江苏省哲学社会科学界联合会主编单沙

孙叔平之所以能以清晰的哲学视角来阐发历史唯物主义的基本原理，跟它一开始就明确地界定了历史唯物主义（以及整个马克思主义哲学）跟政治经济学、社会主义理论之间的辩证关系直接相关。——唐正东教授《历史唯物主义在哲学视域中的充分发展——孙叔平的理论贡献》

2016年4月7日，为纪念孙叔平诞辰110周年，《江海学刊》（2016年第2期）特组织刊发了一组专题文章，表达对孙叔平的纪念和缅怀。南京大学中华文化研究院院长赖永海教授、南京大学东方哲学与宗教文化研究中心主任洪修平教授、南京大学哲学系系主任唐正东教授、南京大学哲学系孙亦平教授、澳门科技大学特聘教授李开等多位学者分别从不同角度展现了孙叔平的学术成就，尤其是在推动马克思主义哲学和中国哲学史研究方面所做出的独特贡献。