1985-1996年 国务院发展研究中心，先后担任副总干事、中心主任等职务

1994-1996年中国企业发展研究中心主任、名誉主任

1996年4月29日，孙尚清在北京病逝，享年66岁。

作为新中国自己培养的第一代经济学家，孙尚清先生早在20世纪50年代就在经济学界崭露头角。20世纪60年代初,他就从理论上分析了社会主义的性质问题，不仅指出社会主义社会与资本主义社会存在着质的区别，而且着重探讨了社会主义社会相对于共产主义社会的不完全性和不成熟性。他认为，“社会主义社会与共产主义社会存在着质的差别”，社会主义社会还存在商品生产，价值规律仍起着调节作用。

由孙尚清的文集组合形成的《经济与管理》一书（中国社会科学出版社1982年出版），对清除“左”的错误发挥了积极作用。在书中，他试图总结我国社会主义建设经验，特别是总结“左”的错误教训。比如，1958年在变革生产关系方面，急于扩大集体所有制的规模，向全民所有制过渡，否定按劳分配原则。混淆了社会主义阶段和共产主义阶段以及社会主义的全民所有制和集体所有制的区别。他提出要创建新的生产力经济学科，区别于以往只关注生产关系的传统政治经济学。1961年，孙尚清提出要建立一门“生产力组织学”的建议，并为此进行了许多具有开创性的研究，为中国生产力经济学的创立和发展奠定了基础。生产力组织学后来发展成为生产力经济学，强调经济理论和政策的实践检验，认为社会主义经济效果应以满足社会和人民的需要为前提。

从提高生产力、转变经济增长方式的角度，上世纪70年代，孙尚清对社会主义条件下的竞争问题也进行了探索。他认为，竞争随商品经济而存在，社会主义竞争既受国家宏观计划的制约，又是加强宏观计划指导的一种必要机制。社会主义竞争与社会主义竞赛的根本不同点在于：在竞争中长期安于现状而不求上进的落后企业将被淘汰。竞争使那些经营有方、经济效益高的企业得到更好的发展和更多的经济利益。应从经济上强制那些经营差、效益低的企业努力改善自己的经营管理,提高经济效益，淘汰个别长期靠国家补贴的企业。

在20世纪80年代的国企改革大讨论中，他指出，以扩权、让利为主要内容的企业改革，使得小企业的活力增强，但并没有从根本上解决国有大中型企业的活力问题。国有大中型企业的内部尚未建立起具有热烈的创新动机和积极的企业行为的经营机制。即使到当下，国有企业的动力机制问题仍是需要认真探索的问题之一。

在前一本书中，他对经济结构作了科学定义。指出经济结构是从质和量两个方面衡量。既包括国民经济的各种比例，也包括国民经济各领域、各部门、各产业、各地区以及各种所有制之间的相互联系和相互制约的关系。在《论经济结构对策》一书中，他提出应重点研究产业结构、技术结构、教育结构、就业结构、企业规模结构、地区经济结构、积累和消费结构,投资结构、消费结构、产品结构、进出口结构、所有制结构等11种结构关系，并对每类结构问题提出了相应的对策。

1987年开始，孙尚清先生开始涉猎旅游经济学研究。他认为，应树立旅游业是产业的意识，努力发挥其促进国民经济发展的作用。他还主持了“中国旅游发展战略研究”的重大课题研究，把中国旅游经济的研究从理论推向了实践。

孙尚清先生还紧紧抓住改革开放和社会主义现代化建设中的重大问题，组织政策咨询研究。他主持并参与了一系列重大国际合作项目、国家社会科学基金项目的研究。

1984年，被授予博士生导师资格和首批国家级有突出贡献的中青年专家称号

孙尚清先生是我国经济结构研究领域的开创者和奠基人。上世纪80年代，他的《中国经济结构问题研究》和《论经济结构对策》两本专著，不仅奠定了中国的经济结构理论体系，而且对后来的产业经济学研究发挥了重大影响。

孙尚清先生在学术界享有盛誉，不仅在中国社科院研究生院、北京大学等7所著名院校任兼职教授，同时还被选举为中国生产力学会、中国市场学会、中华日本经济学会等6家全国性学术团体的会长。

孙尚清先生具有强烈的创新精神，他对中国经济学研究的建树，首先体现为在上世纪80年代创立新的学科，经济结构理论体系，这对中国市场经济体系的建立非常重要。其次，他还发扬了实事求是、勇于坚持真理的精神，为建立中国社会主义市场经济理论体系做出了自己的历史贡献。我国的市场经济体制需要借鉴西方的经验，但也需要对西方经济学基本理论进行反思。以孙尚清先生为代表的老一辈经济学家在借鉴西方的同时，将其融入中国背景下，并为此做出了巨大的贡献。